ICS11.100.10 CCSC30 中华人民共和国国家标准 GB/T46942.1—2025 单分子基因测序 第1部分:术语 Single-moleculegenesequencing—Part1:Terminology 2025-12-31发布 2027-01-01实施 国家市场监督管理总局 国家标准化管理委员会发布前 言 本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则 第1部分:标准化文件的结构和起草规则》的规定 起草。 本文件是GB/T46942《单分子基因测序》的第1部分。GB/T46942已经发布了以下部分: ———第1部分:术语。 请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。 本文件由国家药品监督管理局提出。 本文件由全国医用临床检验实验室和体外诊断系统标准化技术委员会(SAC/TC136)归口。 本文件起草单位:中国食品药品检定研究院、深圳华大生命科学研究院、北京齐碳科技有限公司、 北京贝瑞和康生物技术有限公司、北京普译生物科技有限公司、安序源生物科技(深圳)有限公司、成都 今是科技有限公司、浙江迪谱诊断技术有限公司、中国海关科学技术研究中心、北京市医疗器械检验研 究院(北京市医用生物防护装备检验研究中心)、湖南省药品检验检测研究院、北京希望组生物科技有限 公司、奈米谱科技(上海)有限公司、帕菲克(上海)生物科技有限公司。 本文件主要起草人:黄杰、曾涛、董宇亮、林建勋、毛爱平、刘克胜、董立增、苏云鹏、郭惠民、王艺凯、 任宇捷、王瑞霞、刘园园、王洋、蒲子婧、郗睿、李丽莉、张文新。 ⅠGB/T46942.1—2025 引 言 单分子基因测序是继高通量基因测序之后的新一代长读长、快速、实时、直接检测修饰的基因测序 技术,其核心技术特征为对单个核酸分子产生的信号进行连续观测与分析,从而实现序列测定。需从术 语、测序仪性能评价、样本处理规范及质量要求、数据质控要求及分析流程和格式,以及软件要求等方 面,建立系统的技术规范要求。 GB/T46942《单分子基因测序》旨在规定单分子基因测序的术语,测序仪性能评价,样本处理规范 及质量要求,数据质控要求、分析流程及格式,以及软件要求。拟由五个部分构成。 ———第1部分:术语。目的在于界定单分子基因测序的相关术语和定义,明确具有连续测序特征的 单分子基因测序主要参数指标术语和技术相关术语。 ———第2部分:测序仪性能评价。目的在于规定单分子基因测序仪性能评价的要求,描述相应的试 验方法。 ———第3部分:样本处理规范及质量要求。目的在于规范适用于单分子基因测序的样本类型及样 本处理技术要求,规定样本质量要求及评价方法。 ———第4部分:数据质控要求、分析流程及格式。目的在于规定数据质量要求及评价方法,描述测 序信号至碱基序列的分析流程及测序序列层级目录格式和数据整体格式。 ———第5部分:软件。目的在于规定对单分子基因测序数据进行生物信息学分析的软件结构组成、 通用要求、专用要求和检验方法,及测序软件的计算机配置要求、接口规范等。 ⅡGB/T46942.1—2025 单分子基因测序 第1部分:术语 1 范围 本文件界定了单分子基因测序领域的术语和定义。 本文件适用于单分子实时荧光测序法、单分子纳米孔链测序法、单分子纳米孔标签测序法等技术为 主要技术原理的具有连续测序特征的单分子基因测序领域。 本文件中参数指标术语、技术相关术语不适用于: ———桑格(Sanger)测序为主要技术原理的第一代基因测序领域; ———半导体测序法、可逆末端终止测序法、联合探针锚定连接测序法、联合探针锚定聚合测序法、焦 磷酸测序法等技术为主要技术原理的大规模平行高通量测序领域; ———利用多个分立步骤进行非连续测序的单分子基因测序技术; ———利用共标签进行短序列连接的单分子长片段基因测序技术。 2 规范性引用文件 本文件没有规范性引用文件。 3 术语和定义 3.1 一般术语 3.1.1 基因 gene 作为遗传信息的基本单位,编码一个特定功能产物(如蛋白质或RNA分子)的一段核苷酸序列。 [来源:GB/T30989—2014,3.1,有修改] 3.1.2 基因组 genome 生物体具有的所有遗传信息的总和。 [来源:GB/T30989—2014,3.2,有修改] 3.1.3 核酸 nucleicacid 作为遗传信息载体或信息表达中充当媒介的大分子。 注:存在两种类型的核酸,脱氧核糖核酸(3.1.4)和核糖核酸(3.1.5)。 [来源:GB/T39367.1—2020,3.35,有修改] 3.1.4 脱氧核糖核酸 deoxyribonucleicacid;DNA 以双链(dsDNA)或单链(ssDNA)形式存在的脱氧核糖核苷酸聚合物。 [来源:GB/T39367.1—2020,3.18] 3.1.5 核糖核酸 ribonucleicacid;RNA 以双链或单链的形式存在的核糖核苷酸聚合物。 1GB/T46942.1—2025 [来源:GB/T39367.1—2020,3.49] 3.1.6 碱基 base 组成嘌呤和嘧啶的主要成分,拼出遗传密码“字母”的含氮原子有机杂环化合物。 注:DNA中的碱基主要有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T);RNA中的碱基主要有腺嘌呤(A)、 鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。 [来源:GB/T30989—2014,3.16,有修改] 3.1.7 碱基序列 basesequence 测序片段中记录碱基(3.1.6)排列的字符串。 注:序列中的碱基用对应的大写或小写字母表示,未测定的碱基用字母N或n表示。 [来源:GB/T35890—2018,3.6,有修改] 3.1.8 基因测序 genesequencing 对核酸(3.1.3)的腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)等碱基的组成或 排列顺序以及碱基修饰信息的测定。 [来源:YY/T1723—2020,3.1,有修改] 3.1.9 文库 library 测序文库 sequencinglibrary 通常包含接头和/或用于测序引物结合的特定序列、序列捕获和/或识别特定区域的标识的,具有特 定大小范围的,作为测序模板的核酸片段。 [来源:ISO20397-1:2022,3.5,有修改] 3.1.10 碱基识别 basecalling 测序过程中从电信号、光信号或其他由于测序反应而产生的信号转换成碱基序列(3.1.7)信息的 过程。 3.1.11 碱基识别质量 qualityofbasecalling 衡量碱基(3.1.6)正确识别的概率。 注1:通常以数值直接表示。 注2:碱基识别质量与碱基识别错误率之间的关系用公式(1)表示: Q=-10lgP ……………………(1) 式中: Q———碱基识别质量; P———碱基识别错误率。 [来源:GB/T30989—2014,3.29,有修改] 3.1.12 单分子基因测序 single-moleculegenesequencing 在单分子水平上对核酸(3.1.3)进行连续碱基序列(3.1.7)测定的测序方式。 注1:通常基于光学或电学等信号转换成碱基信息的单分子长片段测序方式,区别于依赖核酸模板扩增实现碱基序 列测定的桑格测序、大规模平行高通量测序等以及基于共标签进行短序列连接的单分子测序方式。 注2:单分子基因测序中,根据不同的测序平台和建库方式,能实现万级或兆级连续碱基直接测量。 2GB/T46942.1—2025 3.1.13 直接测序 directsequencing 测序过程中不对单分子测序文库(3.1.17)进行任何扩增与转化处理,直接读取原始模板链碱基(包 括带有修饰的碱基)所产生的测序信号的测序方式。 注:直接测序是单分子基因测序(3.1.12)的技术特征。 3.1.14 直接 RNA测序directRNAsequencing 待测RNA分子经文库构建后,直接读取原始RNA模板链碱基或修饰碱基所产生的测序信号的 测序方式。 3.1.15 实时测序 real-timesequencing 在单分子水平对核酸(3.1.3)进行连续测序反应并同步进行碱基识别(3.1.10)和序列输出的测序 方式。 注:实时测序是单分子基因测序(3.1.12)的技术特征。 3.1.16 表观修饰直接测序 directsequencingforepigeneticmodifications 待测核酸(3.1.3)不进行任何化学、生物等方法转化预处理,直接测定核酸(3.1.3)上带有的表观遗 传修饰的测序方式。 注:表观遗传修饰包括DNA上的5-甲基胞嘧啶(5mC)、5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)、6-甲基腺嘌呤(6mA),以及 RNA分子上的m5C和m6A等修饰。 3.1.17 单分子测序文库 single-moleculesequencinglibrary 通常通过核酸工具酶或其他方法将待测核酸(3.1.3)与同单分子基因测序平台适配的接头偶联后 获得的,为单分子基因测序(3.1.12)准备的核酸(3.1.3)特殊结构。 注:根据文库的拓扑结构分为单链DNA环状文库、双链DNA环状文库、双链线性DNA文库等。 3.1.18 单分子一致性序列 single-moleculeconsensussequence 在单分子基因测序(3.1.12)中,通过整合目标区域/目标片段的多重拷贝、重复读段或互补链进行 互相校正后得到的单条高置信度碱基序列。 3.2 参数指标术语 3.2