SN-T 4714-2016 DNA条形码数据库技术规范

书书书　中华人民共和国出入境检验检疫行业标准犛犖／犜４７１４—２０１６犇犖犃条形码数据库技术规范犜犲犮犺狀犻犮犪犾狊狆犲犮犻犳犻犮犪狋犻狅狀犳狅狉犇犖犃犫犪狉犮狅犱犲狊犱犪狋犪犫犪狊犲２０１６１２１２发布２０１７０７０１实施中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局发布 rHgCb@g · ykbûR60u5[PO 0SÑU.书书书前　　言　　本标准按照ＧＢ／Ｔ１．１—２００９给出的规则起草。本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。本标准起草单位：中国检验检疫科学研究院、国家质量监督检验检疫总局信息中心、中华人民共和国广东出入境检验检疫局、中国科学院微生物研究所。本标准主要起草人：蒋弘山、张燕平、雷荣、岳巧云、马骏、陈克、刘力。 Ⅰ犛犖／犜４７１４—２０１６ rHgCb@g · ykbûR60u5[PO 0SÑU.犇犖犃条形码数据库技术规范１　范围本标准规定了ＤＮＡ条形码的分类代码、实体编码、属性数据的结构、数据库构建、运行与维护等技术规范。本标准适用于指导检疫性有害生物ＤＮＡ条形码数据库建设及数据交换。２　规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。ＧＢ／Ｔ２２６０—２００７　中华人民共和国行政区划代码ＳＮ／Ｔ４６２１　医学媒介生物标本编码规范３　术语和定义下列术语和定义适用于本文件。３．１犇犖犃条形码　犇犖犃犫犪狉犮狅犱犲生物体内能够代表该物种的、标准的、有足够变异的、易扩增的ＤＮＡ特征片段。３．２候选基因　犮犪狀犱犻犱犪狋犲犵犲狀犲狊使用ＤＮＡ条形码进行物种鉴别时供选择的基因。理想的候选基因具有如下特点：种间遗传距离显著大于种内遗传距离，且重叠区小或无。常用的候选基因有线粒体细胞色素Ｃ氧化酶Ｉ亚基（ＣＯＩ）基因、ｒＤＮＡＩＴＳ序列、质体ｔｒｎＨ—ｐｓｂＡ序列、叶绿体ｒｂｃＬ序列等。３．３聚合酶链式反应　狆狅犾狔犿犲狉犪狊犲犮犺犪犻狀狉犲犪犮狋犻狅狀犘犆犚一种分子生物学技术，用于扩增特定的ＤＮＡ片段。在该反应中，使用与目的ＤＮＡ序列互补的寡核苷酸作为引物，进行多轮的ＤＮＡ合成。其中包括ＤＮＡ变性，引物退火和在聚合酶催化下的合成。３．４测序实验信息　狊犲狇狌犲狀犮犻狀犵狉狌狀犻狀犳狅狉犿犪狋犻狅狀测定ＤＮＡ条码相关的包含ＰＣＲ扩增引物、测序引物、实验流程、测序时间、测序机构、测序原始峰图等的信息。３．５凭证标本　狏狅狌犮犺犲狉狊狆犲犮犻犿犲狀具完备的采集、鉴定信息（采集人、日期、地点、生境、鉴定人、种名等），用于物种复核、引证、溯源并永久保存的标本（或腊叶标本）。１犛犖／犜４７１４—２０１６ rHgCb@g · ykbûR60u5[PO 0SÑU.３．６参考物质　狉犲犳犲狉犲狀犮犲犿犪狋犲狉犻犪犾某些具有确定含量或组分，在实际样品定量／定性测定中用作计算被测物质的组分含量的直接或间接的参照标准的一类物质。３．７标本图片　狊狆犲犮犻犿犲狀狆犺狅狋狅犵狉犪狆犺反映标本形态学信息的图片，包含宽度、高度、文件类型等信息。３．８分类学信息　狋犪狓狅狀狅犿狔犻狀犳狅狉犿犪狋犻狅狀由林奈分类法界定的包括界、门、纲、目、科、属、种的分类学信息。３．９分布地点　犱犻狊狋狉犻犫狌狋犻狅狀狊犻狋犲包括经度、纬度、海拔的位置集合。３．１０机构代码　犻狀狊狋犻狋狌狋犻狅狀犮狅犱犲用于唯一标识检疫系统内部机构或与检疫相关的组织机构的６位数字代码。３．１１数据库　犱犪狋犪犫犪狊犲按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库。３．１２服务器　狊犲狉狏犲狉也称伺服器。通常指一个管理资源并为用户提供服务的计算机软件，分为文件服务器、数据库服务器和应用程序服务器等。运行以上软件的计算机或计算机系统也被称为服务器。３．１３犇犖犃（犱犲狅狓狔狉犻犫狅犖狌犮犾犲犻犮犪犮犻犱）脱氧核糖核酸。３．１４犆犗Ⅰ（犮狔狋狅犮犺狉狅犿犲犆狅狓犻犱犪狊犲 Ⅰ）线粒体细胞色素Ｃ氧化酶Ｉ亚基，为最常见的ＤＮＡ条形码基因。３．１５犐犜犛（犻狀狋犲狉狀犪犾狋狉犪狀狊犮狉犻犫犲犱狊狆犪犮犲狉）核糖体转录间隔区，常作为植物的ＤＮＡ条形码基因。３．１６犅犗犔犇（犫犪狉犮狅犱犲狅犳犾犻犳犲犱犪狋犪）生命条形码系统，总部设在加拿大的全球最大的ＤＮＡ条形码数据库系统。３．１７犖犆犅犐（狀犪狋犻狅狀犪犾犮犲狀狋犲狉犳狅狉犫犻狅狋犲犮犺狀狅犾狅犵狔犻狀犳狅狉犿犪狋犻狅狀）美国国家生物技术信息中心。３．１８犈犚（犲狀狋犻狋狔狉犲犾犪狋犻狅狀狊犺犻狆犱犻犪犵狉犪犿）实体关系图，用于设计数据库系统的一种图形表示。２犛犖／犜４７１４—２０１６ rHgCb@g · ykbûR60u5[PO 0SÑU.４　数据编码规则４．１　基本内容ＤＮＡ条形码数据主要包含如下数据实体：ａ）　样本／标本；ｂ）　参考物质；ｃ）　ＤＮＡ条形码；ｄ）　数字影像。４．２　编码规则４．２．１　总则数据编码由数据分类和数据属性两部分组成，具体规定为：起始为表示数据分类的３字母编码，之后为对应的数据属性编码。两部分之间通过 “－”号连接。４．２．２　分类的表示表１　分类的表示第１位检疫类群编码对应英文第２位实体类型编码对应英文第３位获取方式编码对应英文１昆虫ＩＩｎｓｅｃｔ１样本／标本ＳＳｐｅｃｉｍｅｎ１采集ＣＣｏｌｌｅｃｔ２线虫ＮＮｅｍａｔｏｄｅ２参考物质ＲＲｅｆｅｒｅｎｃｅ２截获ＩＩｎｔｅｒｃｅｐｔ３蜗牛Ｏｍｏｌｌｕｓｃ３ＤＮＡ条形码ＢＢａｒｃｏｄｅ３提取ＥＥｘｔｒａｃｔ４杂草ＷＷｅｅｄｓ４数字影像ＰＰｈｏｔｏ４双端测序ＰＰａｉｒｅｄ５细菌ＢＢａｃｔｅｒｉａ５单端测序ＳＳｉｎｇｌｅ６真菌ＦＦｕｎｇｕｓ６克隆测序ＶＶｅｃｔｏｒ７病毒ＶＶｉｒｕｓ７数字照相ＤＤｉｇｉｔａｌ８啮齿动物ＧＧｌｉｒｅｓ８显微照相ＭＭｉｃｒｏ  ９节肢动物ＲａＲｔｈｒｏｐｏｄ未知ＵＵｎｋｎｏｗｎ１０动物ＡＡｎｉｍａｌ１１植物ＰＰｌａｎｔ１２原生生物ｚｐｒｏｔｏｚｏａ１３非检疫真菌ｆｆｕｎｇｉ１４古菌ａａｒｃｈａｅａ３犛犖／犜４７１４—２０１６ rHgCb@g · ykbûR60u5[PO 0SÑU.表１（续）第１位检疫类群编码对应英文第２位实体类型编码对应英文第３位获取方式编码对应英文１５非检疫细菌ｂｂａｃｔｅｒｉａ１６色藻ｃｃｈｒｏｍｉｓｔａ未知ＵＵｎｋｎｏｗｎ　　第１位检疫类群的说明（参考ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃａｔａｌｏｇｕｅｏｆｌｉｆｅ．ｏｒｇ／中的物种分类）：１  １、昆虫（Ｉ）表示检疫性有害的昆虫纲物种；１  ２、线虫（Ｎ）表示检疫性有害的线虫动物门物种；１  ３、蜗牛（Ｏ）表示蜗牛等检疫性有害的软体动物门物种；１  ４、杂草（Ｗ）表示检疫性有害的植物物种；１  ５、细菌（Ｂ）表示检疫性有害的细菌界物种；１  ６、真菌（Ｆ）表示检疫性有害的真菌界物种；１  ７、病毒（Ｖ）表示检疫性有害的病毒界物种；１  ８、啮齿动物（Ｇ）表示能够传播疫病的媒介生物中的啮齿目物种；１  ９、节肢动物（Ｒ）表示能够传播疫病的媒介生物中的节肢动物门物种；１  １０、动物（Ａ）表示除传统检疫类群之外的属于动物界的物种；１  １１、植物（Ｐ）表示除传统检疫类群之外的属于植物界的物种；１  １２、原生生物（ｚ）表示除传统检疫类群之外的属于原生生物界的物种；