(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210532220.3 (22)申请日 2022.05.17 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114657254 A (43)申请公布日 2022.06.24 (73)专利权人 至本医疗科技 （上海） 有限公司 地址 200000 上海市浦东 新区中国 （上海） 自由贸易试验区芳春路40 0号1幢3层 专利权人 上海至本医学检验所有限公司 　 至本医疗科技 （重庆） 有限公司 (72)发明人 王维锋　蔡佳程　张科　武海燕　 郑新　李锋　 (74)专利代理 机构 华进联合专利商标代理有限 公司 44224 专利代理师 陈春渠(51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12Q 1/686(2018.01) C40B 50/06(2006.01) C12N 15/11(2006.01) G16B 30/00(2019.01) (56)对比文件 CN 109929924 A,2019.0 6.25 审查员 陈咪咪 (54)发明名称 用于BCR/TCR基因重排检测的试剂盒和装置 (57)摘要 本发明涉及一种用于BCR/TCR基因重排检测 的引物组合产品， 包括： 用于检测BCR基因重排的 引物和/或用于检测TCR基因重排的引物； 用于检 测BCR基因重排的引物包括用于检测IGH ‑VDJ重 排、 IGH‑DJ重排、 IGK ‑VJ重排、 IGK ‑V‑KDE重排、 intronRSS ‑KDE重排、 IGL ‑VJ重排、 BCL1 ‑IGH重排 以及BCL2 ‑IGH重排的引 物组合物； 用于检测TCR 基因重排的引物包括用于检测TRB ‑VDJ重排和 TRG‑VJ重排的引物组合物。 本发明的试剂盒， 能 够通过一管多重PCR进行9种不同类型的基因重 排检测， 具有操作步骤难度低、 标准化程度高的 优点， 从而 减少假阴性检测。 权利要求书3页 说明书28页 序列表23页 附图3页 CN 114657254 B 2022.08.23 CN 114657254 B 1.一种用于BCR/TCR基因重排检测的引物组合产品， 其特征在于， 包括： 用于检测BCR基 因重排的引物和/或用于检测TCR基因重排的引物； 所述用于检测BCR基因重排的引物包括用于检测IGH ‑VDJ重排、 IGH ‑DJ重排、 IGK ‑VJ重 排、 IGK‑V‑KDE重排、 IGK ‑intronRSS ‑KDE重排、 IGL ‑VJ重排、 BCL1 ‑IGH重排以及BCL2 ‑IGH重 排的引物组合物； 所述用于检测TCR基因重排的引物包括用于检测TRB ‑VDJ重排和TRG ‑VJ重排的引物组 合物； 其中， 用于检测IGH ‑VDJ重排的引物组合物包括如SEQ  ID NO： 1‑22所示的上游引物， 以 及如SEQ ID NO： 23‑26所示的下游引物； 用于检测IGH ‑DJ重排的引物组合物包括如SEQ  ID NO： 27‑34所示的上游引物， 以及如 SEQ ID NO： 23‑26所示的下游引物； 用于检测IGK ‑VJ重排、 IGK ‑V‑KDE重排和IGK ‑intronRSS ‑KDE重排的引物组合物包括如 SEQ ID NO： 35‑46所示的上游引物， 以及 如SEQ ID NO： 47‑50所示的下游引物； 用于检测IGL ‑VJ重排的引物组合物包括如SEQ  ID NO： 51‑52所示的上游引物序列， 以 及如SEQ ID NO： 53所示的下游引物； 用于检测BCL1 ‑IGH重排的引物组合物包括如SEQ  ID NO： 54所示的上游引物， 以及如 SEQ ID NO： 55所示的下游引物； 用于检测BCL2 ‑IGH重排的引物组合物包括如SEQ  ID NO： 56‑64所示的上游引物， 以及 包括如SEQ  ID NO： 55所示的下游引物； 用于TRB‑VDJ重排的引物组合物包括如SEQ  ID NO： 65‑116所示的上游引物， 以及如SEQ   ID NO： 117‑129所示的下游引物； 用于TRG‑VJ重排的引物组合物包括如SEQ  ID NO： 130‑135所示的上游引物， 以及如SEQ   ID NO： 136‑139所示的下游引物； 所述引物组合产品还 包括内参引物， 所述内参引物扩增的目的片段位于内参基因上。 2.根据权利要求1所述的引物 组合产品， 其特征在于， 所述内参引物扩增的目的片段位 于内参基因ACTB上。 3.根据权利要求2所述的引物组合产品， 其特征在于， 所述内参引物包括如SEQ  ID NO： 140所示的上游引物， 以及 如SEQ ID NO： 141所示的下游引物。 4.根据权利要求1~3任一项所述的引物 组合产品， 其特征在于， 所述引物 组合产品还包 括测序接头， 所述测序接头的核苷酸序列包括如S EQ ID NO： 142所示的上游引物固定序列， 以及如SEQ ID NO： 143所示的下游引物固定序列。 5.根据权利要求4所述的引物 组合产品， 其特征在于， 所述测序接头还包括第 一标签序 列和第二标签序列， 所述上游引物固定序列连接有第一标签序列， 所述下游引物固定序列 连接有第二标签序列。 6.一种含有权利要求1~5任一项所述的引物组合产品的试剂盒。 7.根据权利要求6所述的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒还包括PCR扩增试剂， 所述 PCR扩增试剂包括扩增酶、 扩增缓冲液以及无核酸酶水中的至少一种。 8.一种用于BCR/TCR基因重排检测的测序文库建库方法， 其特 征在于， 包括： 采用权利要求1~5任一项所述的引物组合产品或权利要求6或7所述的试剂盒， 对受试权　利　要　求　书 1/3 页 2 CN 114657254 B 2者的DNA进行多重PCR扩增， 构建用于BCR/TCR基因重排检测的高通 量测序文库。 9.一种用于BCR/TCR基因重排检测的装置， 其特 征在于， 包括： 第一数据获取模块： 用于获取受试者的测序 数据， 所述测序 数据是权利要求8构建的高 通量测序文库的测序数据； 聚类分类模块： 用于对所述受试者的测序数据进行聚类分类， 以获得每个克隆重排的 reads数占比； 主克隆信息分析模块： 用于根据所有克隆重排的reads数占比确 定受试者的 主克隆信息， 所述主克隆信息包括主克隆序列以及主克隆reads数占比； 其中， 每个克隆重 排的reads数占比是指每个克隆重排reads集的reads数与每个克隆重排对应种类基因重排 的测序数据的reads数的比值； 每个克隆重排对应属于IGH ‑VDJ重排、 IGH ‑DJ重排、 IGK ‑VJ重排、 IGL ‑VJ重排、 TRB ‑VDJ 重排和TRG ‑VJ重排中的任意 一种。 10.根据权利要求9所述的装置， 其特 征在于， 所述聚类分类模块包括： 第一数据 预处理单元： 用于对受试者的测序 数据进行预处理获得含有基因重排序列的 目标测序数据； 聚类单元： 用于根据含有基因重排序列的目标测序数据确定每个克隆重排的CDR3区域 的碱基序列， 按照CDR3区域的碱基序列对受试者含有基因重排序列的测序数据进 行聚类分 类， 以获得每 个克隆重排的reads集； reads数占比计算模块： 用于根据每个克隆重排的reads集的reads数和每个克隆重排 对应种类 基因重排的测序数据的reads数的比值确定每 个克隆重排的reads数占比。 11.根据权利要求10所述的装置， 其特 征在于， 所述第一数据预处 理单元包括： 第一数据预处理子单元： 用于对受试者的测序数据进行第一预处理， 以获取含有IGH ‑ VDJ重排、 IGH ‑DJ重排、 IGK ‑VJ重排、 IGL ‑VJ重排、 TRB ‑VDJ重排和TRG ‑VJ重排的目标测序 数 据； 其中， 所述第一预处理包括： 对受试者的测序数据进行引物序列切除， 将引物序列切除 的测序数据比对到每种基因重排对应的重排基因组成的参考基因组上并计算比对分值， 保 留比对分值 最高的测序数据； 和/或 第二数据预处理子单元： 用于对受试者的测序数据进行第二预处理， 并将经第二预处 理的受试者的测序数据输入第一数据预 处理子单元； 其中， 所述第二预处理包括： 在受试者 的测序数据中根据IGH ‑D基因的引物序列提取IGH ‑D基因测序数据， 将所述IGH ‑D基因测序 数据中比对到IGH ‑V、 IGH‑D基因上， 并在比对到IGH ‑V、 IGH‑D基因上的测序数据中剔除比对 到IGH‑V基因的测序数据， 以得到含有IGH ‑DJ重排的原始测序数据， 在含有IGH ‑DJ重排的原 始测序数据的5 ’端固定预设序列。 12.根据权利要求10所述的装置， 其特 征在于， 所述装置还 包括： 基因融合分析模块： 用于根据受试者的测序数据与BCL1基因、 BCL2基因或者KDE基因的 比对信息确定受试者的基因融合信息 。 13.根据权利要求12所述的装置， 其特 征在于， 所述基因融合分析模块包括： 第二数据预处理单元： 用于对受试者的测序 数据进行第 三预处理提取目标数据， 其中， 所述第三预处理包括： 根据BCL1基因、 BCL2基因或KDE基因的引物序列以及预设长度的BCL1 基因、 BCL2基因或者KDE基因的序列提取测序数据； 基因融合信息输出单元： 用于根据第三预处理提取的