(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210011372.9 (22)申请日 2022.01.06 (71)申请人 武汉大学深圳研究院 地址 518063 广东省深圳市南 山区粤海街 道高新区南区粤兴二道6号 申请人 武汉大学　 袁隆平农业高科技股份有限公司 (72)发明人 陈荣智　何光存　杨远柱　秦鹏　 王凯　邓钊　杜波　祝莉莉　 (74)专利代理 机构 北京路浩知识产权代理有限 公司 11002 专利代理师 商秀玲 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01)C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种用于鉴定水稻抗褐飞虱基因Bph43的 SNP标记及其应用 (57)摘要 本发明涉及植物分子育种领域， 尤其涉及一 种用于鉴定水稻抗褐飞虱基因Bph43的SNP标记 及其应用。 所述SNP位点为如下任意一种或多种： i)位于水稻11号染色体第116 74982bp处， 多态性 为A/T； ii)位于水稻11号染色体第11775428bp 处， 多态性为C/T； iii)位于水稻11号染色体第 11856768bp处， 多态性为A/G。 本发明提供的SNP 位点及相应的KASP引物具有操作简单、 成本低 廉、 周期短等优点， 应用于分子辅助选择中， 可加 快Bph43基因在抗飞虱育种中的应用， 显著缩短 抗褐飞虱水稻品种的选 育周期， 降低选 育成本。 权利要求书1页 说明书8页 序列表2页 附图4页 CN 114438242 A 2022.05.06 CN 114438242 A 1.一种SNP标记， 其特 征在于， 所述SNP标记为如下任意 一种或多种： i)位于水稻1 1号染色体第1 1674982bp处的位 点， 多态性 为A/T； ii)位于水稻1 1号染色体第1 1775428bp处的位 点， 多态性 为C/T； iii)位于水稻1 1号染色体第1 1856768bp处的位 点， 多态性 为A/G。 2.用于扩增权利要求1所述的SNP标记的引物组合， 其特征在于， 包括如下任意一种或 多种： i)如SEQ ID NO.1‑2所示的特异性引物和如SEQ  ID NO.3所示的通用引物； ii)如SEQ ID NO.4‑5所示的特异性引物和如SEQ  ID NO.6所示的通用引物； iii)如SEQ ID NO.7‑8所示的特异性引物和如SEQ  ID NO.9所示的通用引物。 3.根据权利要求2所述的引 物组合， 其特征在于， i)中如SEQ  ID NO.1‑2所示的特异性 引物分别携带不同的荧光标记； 和/或， ii)中如SEQ  ID NO.4‑5所示的特异性引物分别携带 不同的荧光标记； 和/或， iii)中如SEQ  ID NO.7‑8所示的特异性引物分别携带不同的荧光 标记。 4.一种试剂盒， 其特 征在于， 包括权利要求2或3所述的引物组合。 5.权利要求1所述的SNP标记或权利要求2或3所述的引物组合， 或权利要求4所述试剂 盒在检测水稻抗褐飞虱基因B ph43中的应用。 6.权利要求1所述的SNP标记或权利要求2或3所述的引物组合， 或权利要求4所述试剂 盒在抗褐飞虱水稻材 料的选育或水稻分子标记辅助育种中的应用。 7.一种检测水稻抗褐飞虱基因B ph43的方法， 其特 征在于， 包括： 针对待测水稻， 检测其基因组中如权利要求1所述SNP标记的多态性， 根据检测结果判 断所述待测水稻是否含有水稻抗褐飞虱基因B ph43。 8.根据权利要求7所述的方法， 其特征在于， 当出现如下任意一种或多种情况时， 判断 所述待测水稻含有抗褐飞虱基因B ph43： i)位于水稻1 1号染色体第1 1674982bp处的SNP标记多态性 为T； ii)位于水稻1 1号染色体第1 1775428bp处的SNP标记多态性 为T； iii)位于水稻1 1号染色体第1 1856768bp处的SNP标记多态性 为G。 9.根据权利要求7或8所述的方法， 其特 征在于， 包括： 提取所述待测水稻的基因组DNA， 采用权利 要求2或3所述引物组合针对所述基因组DNA 进行PCR扩增以检测如权利要求1所述SNP标记的多态性； 根据检测结果判断所述待测水稻 是否含有水稻抗褐飞虱基因B ph43。 10.根据权利要求9所述的方法， 其特 征在于， 所述PCR扩增的程序为： 94℃预变性3分钟； 94℃变性20秒； 65℃ ‑57℃退火并延伸 60秒， 10个循环， 每个循环退火及延伸的温度降 低0.8℃； 94℃变性20秒， 57℃退火并延伸6 0秒， 26个 循环。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114438242 A 2一种用于鉴定水稻抗褐飞虱基因 Bph43的SNP标记及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及植物分子育种领域， 尤其涉及一种用于鉴定水稻抗褐飞虱基因Bph43 的SNP标记及其应用。 背景技术 [0002]水稻是目前最重要的粮食作物之一。 褐飞虱是水稻单食性害虫， 通过口针吸食水 稻韧皮部中的汁液， 对于水稻有着广泛的危害， 其轻度危害导致水稻植株生长活力降低、 分 蘖减少、 产量下降和空瘪粒增加； 而重度危害可致使水稻全株死亡， 甚至颗粒无收。 遏制褐 飞虱的发展和危害是保障现有水稻生产安全的重大需求。 [0003]传统的褐飞虱的防治主要是依靠施用化学杀虫剂。 由于褐飞虱爆发多发生在水稻 成熟灌浆期， 此时稻株长势旺盛， 将杀虫剂施到稻株基部的操作非常 困难。 而且化学杀虫剂 的长时间施用， 也会导致褐飞虱抗药性成倍增加， 降低药剂的防治效果。 此外， 化学杀虫剂 的施用也消灭了稻田中的褐飞虱天敌， 极易诱发褐飞虱的 “再猖獗”， 给防治带来更大 的困 难。 农药的施用也会增 加生产成本， 带来环境和粮食污染等 生态问题。 [0004]传统的水稻抗虫育种是通过抗虫性状鉴定对植株进行表型选择。 由于水稻材料抗 虫性鉴定的复杂性， 利用常规育种手段进行抗虫基因的转育效率低下。 分子标记辅助选择 是一种利用与抗性基因紧密连锁或基因内部功能标记， 在后代中进 行基因型分析， 可快速、 准确分辨出育种材料是否带有抗褐飞虱基因， 大大提高抗褐飞虱育种的效率和准确 性， 节 约了成本， 缩短了 育种周期。 发明内容 [0005]为了解决现有技术存在的问题， 本发明提供一种用于鉴定水稻抗褐飞虱基因 Bph43的SNP标记及其应用。 [0006]第一方面， 本发明提供一种SNP标记， 所述SNP标记为如下任意 一种或多种： [0007]i)位于水稻1 1号染色体第1 1674982bp处的位 点， 多态性 为A/T(K_1 1674982)； [0008]ii)位于水稻1 1号染色体第1 1775428bp处的位 点， 多态性 为C/T(K_11775428)； [0009]iii)位于水稻1 1号染色体第1 1856768bp处的位 点， 多态性 为A/G(K_1 1856768)。 [0010]本发明将抗褐飞虱基因Bph43精细定位在水稻染色体一个特定区域基础上。 通过 抗褐飞虱基因Bph43亲本材料的基因组测序， 将与Bph43紧密连锁或共分离的区域序列， 与 水稻测序公共数据库资源对比分析， 筛选并验证Bph43紧密连锁区间稀有或特有的SNP标 记。 针对Bph43紧密连锁区间开 发高效的SNP标记鉴定体系， 可准确进 行Bph43基因的导入和 聚合， 高效选育含Bph43基因的抗褐飞虱水稻品种， 从而为少打农药、 减少粮食损失， 发展环 境友好型和资源节约型农业做出重要贡献。 [0011]第二方面， 本发明提供用于扩增所述SNP标记的引物组合， 包括如下任意一种或多 种： [0012]i)如SEQ ID NO.1‑2所示的特异性引物和如SEQ  ID NO.3所示的通用引物；说　明　书 1/8 页 3 CN 114438242 A 3