(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210041402.0 (22)申请日 2022.01.13 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114350841 A (43)申请公布日 2022.04.15 (73)专利权人 广东省农业科 学院水稻研究所 地址 510000 广东省广州市天河区五山路 省农科院 (72)发明人 马晓智　朱满山　付崇允　王丰　 柳武革　刘迪林　廖亦龙　李金华　 曾学勤　霍兴　 (74)专利代理 机构 北京众达德权知识产权代理 有限公司 1 1570 专利代理师 田灵菲 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6806(2018.01)C12Q 1/6869(2018.01) (56)对比文件 CN 108441574 A,2018.08.24 CN 110029187 A,2019.07.19 CN 114350841 A,202 2.04.15 CN 103725768 A,2014.04.16 CN 101323878 A,20 08.12.17 CN 110684858 A,2020.01.14 Gopala K. Sub baiyan等.Genome-wide DNA polymorphis ms in elite indica rice inbreds discovered by who le-genome sequenci ng. 《Plant Bi otechnology Journal》 .2012,第10卷 柳武革等.水稻三系不育系的分子设计改良 与应用. 《广东农业科 学》 .2021,第48卷(第10 期), 审查员 陈依晗 (54)发明名称 基于全基因组测序的多态性分子标记和制 备方法及应用 (57)摘要 本申请涉及生物信息技术领域， 尤其涉及基 于全基因组测序的多态性分子标记和制备方法 及应用； 所述分子标记包括81组引物对， 引物对 的序列如SEQ  ID NO.1至SEQ  ID NO.162所示； 所 述方法包括： 将五丰B和广恢308的基因组DNA建 库和测序， 得到原始数据， 质控筛选， 得到有效数 据； 将有效数据和参考基因组比对组装， 得到比 对文件； 得到五丰B和广恢308的一致性序列； 比 对一致性序列， 得到InDel位点； 根据InDel位点， 得到设计引物序列； 将设计引物序列在基因组中 检索比对， 得到标记引物； PCR扩增和电泳检测， 得到电泳结果图； 根据电泳结果图， 判断标记引 物是否为多态性分子标记； 所述应用包括： 将分 子标记用于 水稻遗传图谱构建、 QT L定位、 分子标记辅助育种及遗传多样性分析中。 权利要求书1页 说明书15页 序列表26页 附图15页 CN 114350841 B 2022.11.01 CN 114350841 B 1.基于全基因组测序的多态性分子标记， 其特征在于， 所述分子标记包括81组引物对， 所述引物对的序列如SEQ  ID NO.1至SEQ  ID NO.162所示， 其中， 所述分子标记以籼型保持 系杂交水稻和籼型恢复系杂交水稻的全基因组制备得到， 其中， 所述籼型保持系杂交水稻 为籼稻品种五丰B， 所述籼型恢复系杂交水稻为广恢3 08。 2.基于全基因组测序的多态性分子标记的应用， 其特征在于， 所述应用包括： 将权利要 求1所述的分子标记用于水稻遗传图谱构建、 QTL定位、 分子标记辅助育种及遗传多样性分 析中。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114350841 B 2基于全基因组测序的多态性分子标记和制备方 法及应用 技术领域 [0001]本申请涉及 生物信息技术领域， 尤其涉及基于全基 因组测序的多态性分子标记和 制备方法及应用。 背景技术 [0002]水稻是我国主要粮食作物 之一， 也是我国植物新品种保护条例涵盖的第一批保护 作物之一。 水稻的分类方式繁杂， 按照稻谷类型， 水稻可分为籼稻和粳稻、 早稻和中晚稻， 糯 稻和非糯稻， 而如何准确判定水稻种苗属于何种水稻， 是衡量种苗质量的重要指标， 直接影 响水稻的产量、 品质和经济效益， 因此各级农作物品种审定机构和种子种苗生产部门对水 稻品种伪劣鉴定日益重视， 目前多采用SSR标记或构建指纹 图谱等方式进行鉴定。 同时， 分 子标记也被广泛应用于连锁图谱构建、 基因定位、 分子辅助育种等， 但是由于现有的SSR标 记在水稻12条染色体上的位点分布不均， 并且大部分SSR标记仅对于籼稻和 粳稻的组合才 有较好的多态性选择， 而对于占据绝大部分种植面积是籼稻与籼稻的组合品系， 都不具有 多态性或者差异性极小 而难以区分。 [0003]因此， 如何提供针对籼稻组合的多态性分子标记， 是目前亟需解决的技 术问题。 发明内容 [0004]本申请提供了基于全基因组测序的多态性分子标记和制备方法及应用， 以解决现 有技术中籼稻组合的多态性分子标记匮乏的技 术问题。 [0005]第一方面， 本申请提供了基于全基因组测序的多态性分子标记， 所述分子标记包 括81组引物对， 所述引物对的序列如SEQ  ID NO.1至SEQ  ID NO.162所示， 其中， 所述分子标 记以籼型保持系杂交水稻和籼型恢复系杂交水稻的全基因 组制备得到。 [0006]可选的， 所述籼型保持系杂交水稻为籼稻品种五丰B， 所述籼型恢复系杂交水稻为 广恢308。 [0007]第二方面， 本申请还提供了基于全基因组测序的多态性分子标记的制 备方法， 所 述方法用于制备第一方面所述的分子标记， 所述方法包括： [0008]分别得到籼型保持系杂交水稻和籼型恢复系杂交水稻； [0009]将所述籼型保持系杂交水稻和所述籼型恢复系杂交水稻进行DNA文库构建和测 序， 得到包 含籼型保持系杂交水稻基因 组和籼型恢复系杂交水稻基因 组的原始数据； [0010]根据所述原 始数据经 过质控筛 选， 得到质控后的有效数据； [0011]将所述有效数据和参 考基因组进行比对组装， 得到比对文件； [0012]根据所述比对文件， 分别得到所述籼型保持系杂交水稻的一致性序列和所述籼型 恢复系杂交水稻的一 致性序列； [0013]将籼型保持系杂 交水稻的所述一致性序列和籼型恢复系杂 交水稻的所述一致性 序列进行比对， 得到I nDel位点； [0014]根据每个所述InDel位点， 得到多对设计引物序列；说　明　书 1/15 页 3 CN 114350841 B 3