(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210036446.4 (22)申请日 2022.01.13 (71)申请人 宁波市农业科 学研究院 地址 315040 浙江省宁波市 鄞州区德厚街 19号 (72)发明人 唐志明　马荣荣　王晓燕　陆永法　 蔡克锋　周华成　蔡亭康　 (74)专利代理 机构 宁波奥圣专利代理有限公司 33226 专利代理师 何仲 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种水稻抗白叶枯病基因XA2 3的SNP分子标 记及其扩增引物和应用 (57)摘要 本发明公开了一种水稻抗白叶枯病基因 XA23的SNP分子标记及其扩增引物和应用， 特点 是通过XA23基因区域抗病与感病品种序列差异 分析， 其核苷酸序列如序列表SEQ  ID NO:1所示， 第44碱基处存在SNP位点A /C， 该水稻抗白叶枯病 基因XA23的SNP位点， 根据序列设计并开发分子 标记的扩增引物， 核苷酸序列如序列表SEQ  ID  NO:7‑9所示， 该水稻抗白叶枯病基因XA23的SNP 分子标记的扩增引物在筛选水稻抗白叶枯病品 种中的应用， 优点是快速、 准确、 有效地利用SNP 标记检测水稻抗病个 体。 权利要求书1页 说明书6页 序列表3页 附图1页 CN 114480705 A 2022.05.13 CN 114480705 A 1.一种水稻抗白叶枯病基因XA23的SNP分子标记， 其特征在于： 其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示， 第4 4碱基处存突变 类型为A/ C。 2.权利要求1所述的一种水稻 抗白叶枯病基因XA23的SNP分子标记的扩增引物， 其特征 在于具体序列如下： XA23npFGC： GA AGGTGACCAAGTTCATGCTAGCTACTATA AAAGTCCCTTCCGC； XA23npFGA： GA AGGTCGGAGTCAACGGATTAGCTACTATA AAAGTCCCTTCCGA； XA23npR： GATGCA ACAAGGAAGGGCTTTTA。 3.权利要求2所述的一种水稻抗白叶枯病基因XA23的SNP分子标记的扩增引物在筛选 水稻抗白叶枯病品种中的应用。 4.根据权利要求3所述的一种水稻抗白叶枯病基因XA23的SNP分子标记的扩增引物在 筛选水稻抗白叶枯病品种中的应用， 其特征在于该应用为： 检测水稻品种存在的第44位点 的基因型为A A或AC， 被选为水稻抗白叶枯病品种。 5.根据权利要求4所述的一种水稻抗白叶枯病基因XA23的SNP分子标记的扩增引物在 筛选水稻抗白叶枯病品种中的应用， 其特 征在于具体步骤如下： 1） 从待测品种中剪取叶片， 提取cDNA； 2） 以提取的DNA为模板， 利用所述的水稻抗白叶枯病基因XA23的SNP 分子标记的扩增引 物进行PCR扩增和并对扩增产 物进行荧光扫描， 对每个品种样品进 行基因分型， 将存在第44 位点的基因型为A A或AC的个 体保留， 即为水稻抗白叶枯病品种。 6.根据权利要求5所述的一种水稻抗白叶枯病基因XA23的SNP分子标记的扩增引物在 筛选水稻抗白叶枯病品种中的应用， 其特征在于： 所述的PCR扩增反应体系为0.15ul的10mM XA23npFGC， 0.15ul的10mM XA23npFGA， 0.4ul的10mM XA23npR， 5ul 的PARMS2X， 超纯水 4.3ul； PCR反应条件为： 94℃预变性15min； 第一步扩增反应， 94℃变性20s， 65℃～5 7℃退火 并延伸60s， 10个循环， 每个循环退火及延伸的温度降低0.8℃； 第二步扩增反应， 94℃变性 20s， 57℃退火并延伸6 0s， 30个循环。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114480705 A 2一种水稻抗白叶枯病基因XA23的SNP分子标记及其扩增引物 和应用 技术领域 [0001]本发明属于分子生物学DNA标记技术， 尤其是涉及一种水稻抗白叶枯病基因XA23 的SNP分子标记及其扩增引物和应用。 背景技术 [0002]白叶枯病是细菌性病害， 水稻三大病害之一。 近年来， 由于白叶枯病菌变异， 导致 原抗病品种抗性丧 失， 使白叶枯病发病加重， 特别是沿海地区， 这将造成水稻减产并对品质 也有影响。 之前利用的XA4、 XA7、 XA21等抗性基因， 由于长久使用， 导致抗性下降， 需要发掘 新的抗性基因。 章琦等 （章琦,2000.  普通野生稻的抗水稻白叶枯病(Xanthomonas  oryzae  pv.oryzae)新基因Xa ‑23(t)的鉴定和分子 标记定位[J].  作物学报,  2000, 26(005):536 ‑ 542. ） 在野生稻种发现新的白叶枯 抗性基因XA 23。 [0003]XA23是具有广谱抗性的白叶枯病抗性基因， 对白叶枯病菌具有极好的抗性。 含该 基因品种在田间具有优秀的抗病特性， 目前XA23作为主要抗源， 应用于白叶枯病抗病育种。 王春连等(Wang,  C.,2013 . High‑resolution  genetic mapping of rice bacterial   blight resistance  gene Xa23 . Mol Genet Genomics  289, 745–753 (2014))将XA23基 因精细定位于水稻的第11染色体。 为便于XA23基因筛选和应用， 赵开军等 （2015） 开发了分 子标记， 通过PCR扩增及电泳得到983bp条带的品种含XA23基因， 而869bp条带的品种不含 XA23基因， 该标记的应用提供了一条很好途径， 可以免除田间大量的接种鉴定工作， 但该方 法需要电泳检测， 很难做到高通 量、 高效检测。 [0004]彭佩等 （2020） 筛选出与XA23紧密连锁的SNP标记， 紧密连锁标记存在目的基因与 标记分离情况， 如标记表现为抗病， 但目的基因为感病， 这样就存在小概率的错误结果。 而 针对于XA23基因 区域抗病 与感病品种 序列差异 位点设计标记， 标记的基因型直接对应抗病 或感病。 在此对 XA23基因 区域抗感病关键位点开 发SNP标记， 并利用KASP技术构建新一代标 记检测体系， 免去电泳检测等， 构建精确、 高效、 高通 量检测方法。 发明内容 [0005]本发明所要解决的技术问题是提供一种快速、 准确、 有效地利用SNP标记检测水稻 抗病个体的水稻抗白叶枯病基因XA 23的SNP分子标记及其扩增引物和应用。 [0006]本发明解决上述技术问题所采用的技术方案为： 一种水稻抗白叶枯病基因XA23的 SNP分子标记， 其核苷酸序列如SEQ  ID NO:1所示， 第4 4碱基处存突变 类型为A/ C （图1） 。 [0007]上述水稻抗白叶枯病基因XA23的SNP位点， 根据序列设计并开发分子标记的扩增 引物， 具体序列如下： XA23npFGC： GA AGGTGACCAAGTTCATGCTAGCTACTATA AAAGTCCCTTCCGC； XA23npFGA： GA AGGTCGGAGTCAACGGATTAGCTACTATA AAAGTCCCTTCCGA； XA23npR： GATGCA ACAAGGAAGGGCTTTTA。说　明　书 1/6 页 3 CN 114480705 A 3