(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210060680.0 (22)申请日 2022.01.19 (71)申请人 中国农业大 学 地址 100083 北京市海淀区清华 东路17号 中国农业大 学(东区) (72)发明人 朱元娣　李永洲　王利敏　胡恩月　 赵芫　 (74)专利代理 机构 北京集佳知识产权代理有限 公司 11227 代理人 张柳 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) A01H 1/04(2006.01)A01H 6/74(2018.01) (54)发明名称 与苹果树分枝角度相关基因关联的分子标 记及其应用 (57)摘要 本发明涉及分子遗传育种技术领域， 特别涉 及与苹果树分枝角度相关基因关联的分子标记 及其应用。 本发明在苹果7号染色体的基因的上 游启动子区域中， 筛选到一个InDel位点， 该位点 在苹果分枝角 度小(≤30 °)和中(30 ° ‑60°)树型 中的品种序列一致， 而在分枝角度大(≥60 °)树 型的品种中存在6bp缺失。 在InDel位点上下游 370bp内设计了一对特异引物。 利用聚丙烯酰胺 凝胶电泳检测PCR扩增产物， 获得区分苹果分枝 角度大小的多态性片段， 开发了一个基因特异的 InDel分子标记。 本发明的分子标记及其引物可 用于苹果分枝角度性状的早期筛选， 为苹果树型 育种提供有效的分子标记。 权利要求书2页 说明书7页 序列表2页 附图5页 CN 114317809 A 2022.04.12 CN 114317809 A 1.InDel分子标记在鉴定、 区分和/或预测苹果分枝角度中的应用； 所述InDel分子标记位于苹果基因组7号染色体的MdTAC1a基因的启动子上， 序列为 GAGAGA。 2.如权利要求1所述的应用， 其特征在于， 所述鉴定、 区分和/或预测苹果分枝角度的标 准为： 如果存在GAGAGA序列或出现370bp条带， 所述苹果分枝角度＜30 °， 或30°≤所述苹果分 枝角度＜6 0°； 如果缺失GAGAGA序列或出现3 64bp条带， 所述苹果分枝角度≥6 0°。 3.扩增如权利要求1或2所述应用中的所述 InDel分子标记的引物组。 4.如权利要求3所述的引物组， 其特 征在于， 包括： (I)、 正向引物， 具有如SEQ  ID No.2所示的核苷酸序列； 和/或 (II)、 反向引物， 具有如或SEQ  ID No.3所示的核苷酸序列； 和/或 (III)、 具有如(I)或(II)所示的核苷酸序列经取代、 缺失或添加一个或多个碱基获得 的核苷酸序列， 且与(I)或(I I)所示的核苷酸序列功能相同或相似； 和/或 (IV)、 具有与如(I)～(I II)任意所示的核苷酸序列至少有80％同源性的核苷酸序列； 所述多个为2个～10个。 5.试剂盒， 其特征在于， 包括如权利要求3或4所述的引物组以及可接受的辅料和/或助 剂。 6.如权利要求3或4所述的引物 组或如权利要求5所述的试剂 盒在鉴定、 区分和/或预测 苹果分枝角度和/或选择育种中的应用。 7.鉴定、 区分和/或预测苹果分枝角度的方法， 其特征在于， 所述鉴定、 区分和/或预测 苹果分枝角度的标准 为： 如果存在GAGAGA序列或出现370bp条带， 所述苹果分枝角度＜30 °， 或30°≤所述苹果分 枝角度＜6 0°； 如果缺失GAGAGA序列或出现3 64bp条带， 所述苹果分枝角度≥6 0°。 8.如权利要求7 所述的方法， 其特 征在于， 包括如下步骤： 步骤(a)、 引物设计： 设计并筛 选， 得到引物组； 步骤(b)、 DNA提取： 提取待检测苹果总DNA； 步骤(c)、 PCR扩增： 以步骤(b)获得的所述苹果总DNA为模板， 采用步骤(a)所述的引物 组进行PCR扩增， 获得PCR产物； 步骤(d)、 电泳图谱分析： 对所述PCR产物进行电泳， 根据条带大小及位置关系确定所属 基因型。 9.如权利要求8所述的方法， 其特征在于， 步骤(c)中所述引物组中任一引物的浓度均 不小于10 μmo l/L； 步骤(c)中所述PCR扩增的反应体系包括100ng/μL苹果总DNA  2 μL、 正向引物1μL、 反向 引物1 μL、 2 ×Green Taq Mix 10 μL、 ddH2O 6 μL； 反应程序为：权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114317809 A 210.选择育种的方法， 其特征在于， 使用如权利要求7～9任一项所述的方法对苹果进行 选择育种。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114317809 A 3