(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210074921.7 (22)申请日 2022.01.21 (71)申请人 南昌大学附属口腔医院 （江西省口 腔医院） 地址 330006 江西省南昌市福州路49号 (72)发明人 金幼虹　王雪　熊雨　郑欣欣　 陈敬林　陈丽珍　 (74)专利代理 机构 湖北创融蓝图知识产权代理 事务所 (特殊普通合伙) 42276 代理人 黄太林 (51)Int.Cl. C12Q 1/6883(2018.01) C12Q 1/686(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01)C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种侵袭性牙周炎的检测方法 (57)摘要 本发明涉及生物技术牙周 炎相关基因技术 领域， 具体涉及三个与牙周炎易感相关的基因及 其单核苷 酸多态位点的检测方法及引物、 特异性 探针、 试剂盒和应用。 本发明提供了一种与牙周 炎的基因ANKRD36C、 SREK1IP1和TMEM97及其多态 位点及检测该多态位点的方法， 以及在牙周炎的 预防、 辅助诊断与治疗等方面的用途。 利用本发 明提供的与牙周炎的基因及其多态位点的核酸 序列， 构建对牙周炎进行遗传学诊断的试剂盒， 可应用于对牙周炎的辅助诊断和对个体是否具 有牙周炎的易感性进行评判， 有利于牙周炎的预 防、 早期诊断和治 疗。 权利要求书1页 说明书6页 附图2页 CN 114350790 A 2022.04.15 CN 114350790 A 1.检测人基因组中ANKRD36C、 SREK1IP1和TMEM97的多态性或基因型的试剂盒在筛查牙 周炎患者中的应用。 2.如权利要求1所述的应用， 其特征在于， 所述试剂盒包括： 特异性扩增ANKRD36C、 SREK1IP1和TM EM97核苷酸序列中单核苷酸多态性 位点的引物对。 3.如权利要求2所述的应用， 其特征在于， 所述引物对为三对， 其中一个引物对的上游 引物的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示， 下游引物的核苷酸序列如SEQ  ID NO.2所示； 另一 个引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ  ID NO.3所示， 下游引物的核苷酸序列如SEQ  ID  NO.4所示； 再一个引物对的上游引物的核苷 酸序列如S EQ ID NO.5所示， 下游引物的核苷酸 序列如SEQ  ID NO.6所示。 4.如权利要求2所述的应用， 其特征在于， 所述试剂盒还包括PCR反应液， 所述PCR反应 液包括dNTP混合液、 Taq  DNA聚合酶和PCR缓冲液。 5.一种与牙周炎易感相关的ANKRD36C、 SREK1IP1和TMEM97基因单核苷酸多态位点的检 测方法， 其特 征在于： 它包括以下步骤： 步骤一， 确定ANKRD36C、 SREK1IP1和TMEM97基因的单核苷酸多态位点(rs147285461、 rs750306056和rs78183 0688)的核苷酸； 步骤二， 采用聚合酶链式反应(PCR)的分子生物学技术扩增ANKRD36C、 SREK1IP1和 TMEM97基因片段。 步骤三， 应用测序技术检测步骤二扩增片段中的ANKRD36C、 SREK1IP1和TMEM97基因是 否存在单核苷酸多态性以及单核苷酸多态的类型。 6.根据权利要求5所述 的一种与牙周炎易感相关的ANKRD36C、 SREK1IP1和TMEM97基因 单核苷酸多态位 点的检测方法， 其特 征在于： 所述步骤二中， 所述聚合酶链式反应体系为： 每个所述样品进行一个总体积为25ul体 系的扩增反应， 体系中包含制备的基因组DNA  1ul， 10mMdNTP混合液1ul， 扩增引物各1u l， 10 ×Taq Buffer(with  MgCl2)2.5ul， 5U/ μl  Taq DNA聚合酶0.2ul， 最后加入ddH2O将总体积 配为25ul； 所述聚合酶链式反应程序为： 94℃起始5min， 94℃变性30s， 63℃退火30s， 72℃延伸 30s， 退火温度每个循环降0.5℃， 循环10次； 95℃变性30s， 58℃退火30s， 72℃延伸30s， 循环 30次； 72℃延伸10mi n。 7.根据权利要求5所述 的一种与牙周炎易感相关的ANKRD36C、 SREK1IP1和TMEM97基因 单核苷酸多态位点的检测方法， 其特征在于： 所述步骤三中， 测序技术可以是Sanger测序或 二代测序技 术。 8.与牙周炎易感相关的ANKRD36C、 SREK1IP1和TMEM97基因的单核苷酸多态位点在对牙 周炎的辅助诊断和对个 体是否具有牙周炎易感性进行判断的应用， 其特 征在于： 所述ANKRD36C、 SREK1IP1和TMEM97基因的单核苷酸多态位点为rs147285461、 rs750306056和rs78183 0688。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114350790 A 2一种侵袭性牙周炎的检测方 法 技术领域 [0001]本发明涉及生物技术领域中单核苷酸多态性rs147285461、 rs750306056和 rs781830688在筛查牙周炎患者中的应用。 背景技术 [0002]侵袭性牙周炎(AgP)是一种发生在牙齿周围组织的、 快速 发展的炎症， 多发于临床 健康的个体中， 表现为早期发生的快速附着丧 失和骨破坏。 由于牙槽骨的大量丢失， 致大多 数牙齿松动、 移位， 从而影响咀嚼功能、 妨碍饮食。 典型的局限性A gP发生在青春期后， 而广 泛性AgP发生在30岁以下。 目前公认的AgP流行率是： 全球人口总流行趋势为1.6％， 其中非 洲和南美洲发病率最高， 分别为4.2％和4.0％； 亚洲的综合患病率为1.2％； 欧洲最低， 只有 0.1％。 上海市青少年侵袭性牙周炎患病率为0.81％。 侵袭性牙周炎是人体基因发生突变或 基因呈现多态性后， 导致机体对细菌的抵抗力下降， 从而引起牙槽骨的大面积破坏。 目前已 知家系组织蛋白酶C(CTS C)基因突变致侵袭性牙周炎发病， 但由于人种、 生活环 境和所处地 球纬度的不同， 还有许多致病基因并不 为人知晓。 [0003]随着基因测序技术发展， 人们对基因功能的研究不断深入。 发现人类基因组的D NA 序列中每600个碱基中便有一个碱基具有多态性， 即单核苷酸多态性(single  nucleoti de  polymorphisms， SNP)。 SNP所表现的多态性涉及到单个碱基的变异， 这种变异可由单个碱基 的转换或颠换 所引起， 也可由碱基的插 入或缺失所致。 [0004]有研究表明， IL ‑6‑572位点上的基因多态性与慢性牙周炎有显著关联， 但也存在 例如捷克人在该位点上不具有多态性以及对照组有32.3％的IL ‑6‑572G等位基因携带者未 发生慢性牙周炎。 (管泽民， 刘京津， 马欣， 吴东红， 鱼 洁， 黄国强。 白细胞介素6基因 ‑572位点 多态性与重度慢 性牙周炎易 感性的相关分析， 中华口腔医学杂志2008年7月底 43卷第7期)。 基于此， 开 发一种具有更高准确性的用于判断侵袭性牙周炎的检测方法对于临床诊断具有 重要意义。 [0005]鉴于此， 特提出本发明。 发明内容 [0006]本发明的目的之一在于针对现有技术的不足， 提供与牙周炎易感相关的 ANKRD36C、 SREK1IP1和TM EM97基因。 [0007]本发明的目的之二为克服现有技术中的缺陷， 提供一种侵袭性牙周炎相关单核苷 酸多态性检测用引物及其试剂盒。 [0008]本发明首先提供了一组侵袭性牙周炎相关单核苷酸多态性检测引物， 包括单核苷 酸多态性 位点rs147285461、 rs75 0306056和rs78183 0688的特异性扩增引物对。 [0009]其中， rs147285461的特异性扩增引物对 包括： [0010]上游引物： 5' ‑TGGCAGACTTGAGGTTTGAATCTAC‑3'(SEQ ID NO:1) [0011]下游引物： 5' ‑TGGCAAGTGAATAAAGCATGGGA‑3'(SEQ ID NO:2)；说　明　书 1/6 页 3 CN 114350790 A 3