(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210078339.8 (22)申请日 2022.01.24 (71)申请人 河北科技师范学院 地址 066000 河北省秦皇岛市海港区河北 大街西段3 60号 (72)发明人 耿立英　孟婕　张传生　张夕霏　 周泽宇　李祥龙　 (74)专利代理 机构 北京慕达星云知识产权代理 事务所 (特殊普通合伙) 11465 代理人 崔自京 (51)Int.Cl. C12Q 1/689(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12Q 1/683(2018.01)C12N 15/11(2006.01) C12R 1/42(2006.01) (54)发明名称 一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位 点、 筛选及应用 (57)摘要 本发明公开了一种鉴别鸡群对沙门 氏菌易 感性的SNP位点， 所述SNP位点为TLR1A基因第 2443位T/C变异和TLR4基因第1147位T/C变异； 其 中， 第2443位T/C变异所在的特征序列为： TATAACCCAA[T /C]GTCTGATTAA， 如 SEQ ID NO.1所 示； 第1147位T/C变异所在的特征序列为： GAGTCTAACT[T /C]ACCTGGAGGT， 如 SEQ ID NO.2所 示。 权利要求书1页 说明书9页 序列表2页 附图1页 CN 114410812 A 2022.04.29 CN 114410812 A 1.一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点， 其特征在于， 所述SNP位点为TLR1A基因 第2443位T/C变异和TLR4基因第1147位T/C变异； 其中， 第2443位T/C变异所在的特征序列 为： TATAACCCAA[T/C]GTCTGATTAA， 如SEQ  ID NO.1所示； 第1147位T/C变异所在的特征序列 为： GAGTCTA ACT[T/C]ACCTGGAGGT， 如SEQ  ID NO.2所示。 2.一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点的筛选方法， 其特征在于， 包括下述过 程： 1)用PAML软件包的位点模型Site  Model分析TLR1A和TLR4各氨基酸位点经受的选择压 力； 2)Datamo nkey中的FEL、 REL、 SLAC方法再次筛 选正选择位 点； 3)整合PAML与Datamo nkey三种及以上 方法选出来的位 点； 4)查看Ensembl数据库TLR 1A和TLR4的变异位 点； 5)整合正选择与变异重合的位 点进行分析。 3.一种扩增权利要求1所述SNP位 点的引物， 其特 征在于， 包括下述序列： TLR1A‑815F： 5'‑GTGGTGTCACTACGAGCTGTACT TT‑3'， 如SEQ ID NO.3所示； TLR1A‑815R： 5'‑AGATAGCCAAGTCACTTAATCAGCT‑3'， 如SEQ ID NO.4所示； TLR4‑383F： 5'‑TTCGGTTGGTGGACCTGAATCT‑3'， 如SEQ ID NO.5所示； TLR4‑383R： 5'‑CTCAAATCTACAACCTCCAGGT‑3'， 如SEQ ID NO.6所示。 4.权利要求1所述的SNP位 点在鉴别对沙门氏菌易感性鸡群中的应用。 5.一种鉴别对沙门氏菌易感性鸡群的方法， 其特 征在于， 包括下述 步骤： 1)注射器采静脉 血2ml； 2)提取待测鸡基因组DNA， 以其为模板， 利用权利 要求3所述的特异性引物对进行PCR扩 增反应， 获得扩增产物片段； 3)对扩增产物酶切， 检测所述分子标记的基因型； 酶切产物中对应基因组版本 Galgal4:chr4:6933479位置， T/C型和T/T型分别对C/C型为沙门氏菌易感型； Galgal4: chr17:3569520位置， C /C型对T/T型为沙门氏菌易感型。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114410812 A 2一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点、 筛选及应用 技术领域 [0001]本发明涉及CAPs遗传标记技术领域， 更具体地说是涉及一种鉴别鸡群对沙门氏菌 易感性的SNP位 点、 筛选及应用。 背景技术 [0002]沙门氏菌是一种无芽孢、 无荚膜的革兰氏阴性肠道杆菌， 在自然界中广泛分布， 是 人畜获得性食源性细菌性肠胃炎的首要病原菌。 禽沙门氏菌病根据感染病原 不同可分为三 类： 鸡白痢、 禽伤寒和禽副伤寒 。 鸡白痢常见于雏鸡， 病雏表现为精神萎顿、 缩头、 翅下垂， 拉 白色浆糊状稀粪； 禽伤寒主要危害3月龄以上的成年鸡， 以肝、 脾肿大， 肝呈黄 绿色或古铜色 为特征； 禽副伤寒可造成血分病， 致使五脏及肠胃的生理功能异常， 引起气虚、 机体衰弱， 死 亡率高达50％。 禽沙门氏菌病传播途径多为蛋垂 直传播， 也可通过接触病 鸡或污染的饲料、 饮水等经消化道水平传播。 虽成年鸡感染沙门氏菌一般不表现明显症状， 呈隐形带菌传播， 但却是鸡沙门氏菌病流行和人类食物的主 要污染源。 [0003]基于鸡TLR4、 TLR1A在相应组织中的表达， 在鸡基因组的位置和结构以及在先天免 疫反应中的作用， 使得它们成为研究沙门氏菌抵抗力理想的候选基因。 具有新功能的新基 因的出现是生物进化过程中的重要事件。 复制 被认为是产生新基因的最重要途径， 而正选 择促进了新基因的出现。 基因的功能要通过蛋白来行使， 基因的变异也是通过改变蛋白结 构而发挥作用。 研究TLR4和TLR1A在阳性和阴性群体间的差异能帮助科研人员了解沙门氏 菌抗性的遗传基础， 进而筛选能够影响抗性的位点和基因型。 鸡对肠炎沙门氏菌感染的表 达调控研究进展， 将肠炎沙门氏菌感染小鸡， 在感染不同天数后取盲肠样品分析， 发现盲肠 组织TLR1A的表达量显著上调。 [0004]目前对于禽沙门氏菌感染的治疗措施还是以抗生素和疫苗为主。 抗生素只能抑制 和杀灭机体内的沙门氏菌， 不能防止病菌在鸡群中的传播。 注射疫苗存在一定的安全隐患， 可能毒力返强造成新疫情的发生。 抗生素和疫苗等方式无法对禽沙门氏菌病进行根治。 相 较而言， 抗病育种可能对提高畜禽 抗病能力更为有效。 [0005]因此， 如何筛选鸡群对沙门氏菌易感性的SNP 位点， 并将其应用于筛选抗沙门氏菌 的畜禽中是本领域 技术人员亟需解决的问题。 发明内容 [0006]有鉴于此， 本发明利用酶切位点PCR ‑RFLP检测技术与抗病力显著关联的SNP， 对 SNP与坝上长尾鸡自然感染率的关联关系， 筛选沙门氏菌抵抗力和易感性特定基因型， 从而 改变育种过程中难以对抗病力进行选择提高的情况。 [0007]为了实现上述目的， 本发明采用如下技 术方案： [0008]一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点， 所述SNP位点为TLR1A基因第2443位 T/C变异和TLR4基因第1147位T/C变异； 其中， 第2443位T/C变异所在的特征序列为： TATAACCCAA[T/C]GTCTGATTAA， 如SEQ  ID NO.1所示； 第1147位T/C变异所在的特征序列为：说　明　书 1/9 页 3 CN 114410812 A 3