(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 20221010420 0.6 (22)申请日 2022.01.28 (71)申请人 扬州大学 地址 225009 江苏省扬州市大 学南路88号 (72)发明人 许学文　王雪婷　陈学好　 (74)专利代理 机构 扬州苏中专利事务所(普通 合伙) 32222 代理人 许必元 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、 检测SNP标记的dCAP S引物对及其应用 (57)摘要 本发明涉及一种与黄瓜黄色果肉紧密连锁 的一个SNP标记、 检测SNP标记的dCAPS引物对及 其应用， SNP标记是yfSNP01， 位于黄瓜基因组第4 号染色体4964651处， yfSNP01处碱基为C的黄瓜 为白色果肉品种， yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白 色果肉品种。 一组用于检测权利要求1所述的与 黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS 引物对， 引物对包括yfSNP01的正向引物5 ′ ‑ TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA ‑3′和yfSNP01的 反向引物 5′ ‑GTTCAATCATGGGATGGACA ‑3′。 所述的 dCAPS引物对在黄瓜果肉颜色分子 标记辅助育种 中的应用。 通过本发明， 本发明具有如下有益效 果： 本发明利用基因组学和群体遗传学筛选到与 黄瓜果肉颜色紧密连锁的SNP标记， 通过测序和 转化为dCAPS标记的方法鉴定黄瓜基因型， 且这 个SNP标记为共显性标记， 可以区分纯合体和杂 合体， 可以加速 黄瓜果肉分子 育种进程。 权利要求书1页 说明书3页 序列表1页 附图2页 CN 114410824 A 2022.04.29 CN 114410824 A 1.与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记， 其特征在于， SNP标记是yfSNP01， 位于黄 瓜基因组第4号染色体4964651处， yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种， yfSNP01处碱 基为T的黄瓜为白色果肉品种。 2. 一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS 引 物 对 ，其 特 征 在 于 ，所 述 引 物 对 包 括 y f S N P 0 1 的 正 向 引 物 5 ′‑   TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA   ‑3′和yfSNP01的反向引物5 ′ ‑ GTTCAATCATGGGATGGACA   ‑ 3′。 3.权利要求2所述的dCAP S引物对在黄瓜果肉颜色 分子标记辅助育种中的应用。 4.如权利要求3所述的应用， 其特 征在于， 具体方法是：  （1） 提取待检测黄瓜 基因组DNA；  （2） 以待检测黄瓜 基因组DNA为模板， 利用权利要求2所述的引物对， 进行PCR扩增； （3） 使用限制性内切酶Bsphl引物扩增的PCR产物进行酶切； （4） 经酶切后将产物进行电泳检测， 根据电泳检测结果确定黄瓜果肉颜色， 如果条带与 XUE1一致， 则为白色果肉单株； 如果条带与yf ‑1一致， 则为黄色果肉单株； 如果同时具有 XUE1和yf ‑1的条带， 则为白色果肉单株。 5.权利要求2所述的dCAP S引物对在黄瓜黄色果肉基因克隆中的应用。 6.权利要求2所述的dCAP S引物对在黄色果肉黄瓜新品种选 育中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114410824 A 2与黄瓜黄色果 肉紧密连锁的一 个SNP标记、 检测SNP标记的 dCAPS引物对及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及一种与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、 检测SNP标记的dCAPS 引物对及其应用， 属于基因工程及植物分子 育种领域。 背景技术 [0002]黄瓜 （Cucumis sativus L. ） 是我国广泛栽培的蔬菜作物， 由于其清脆爽口， 营养 丰富， 深受大众欢迎。 近年来随着人们生活水平的不断提高， 消费者越来越注重黄瓜品质， 品质研究也成为当前研究的热点。 [0003]目前市场上常见的黄瓜果肉多为白色和绿色。 戚春章等 （1983） 在云南发现的西双 版纳黄瓜以其特有的橙黄 色果肉老瓜成为研究果肉颜色的主要资源， 后经沈镝等 （2009） 研 究表明β‑胡萝卜素的积累是使其呈现橙黄色的主要原因。 β ‑胡萝卜素是维生素A的合成前 体， 维生素A具有 预防夜盲症， 提高抗氧化能力， 增强人体免疫能力等功效， 而 人体自身不能 合成β‑胡萝卜素， 只能从外界获取， 因此筛选高β ‑胡萝卜素的农作物对改进人类膳食营养 尤为关键 。 [0004]随着现代生物技术的快速发展， 分子辅助育种可在植株苗期快速选择目标性状植 株， 大大缩短了育种年限， 且随着2009 年的黄瓜基因组测序完成， 这更为分子标记辅助育种 提供了便利。 由于黄 色果肉黄瓜种质资源少， 研究进展缓慢， 目前已发现的与黄瓜黄 色果肉 连锁标记有： Lu等 （2015） 利用黄色果肉自交系PI200815和白色果肉自交系931构建的F2代 群体， 检测到与黄色果肉基因 yf连锁分子标记yfSS R108和yfIndel129； 沈镝 （2009） 在西双 版纳黄瓜中检测到3与β ‑胡萝卜素含量相关的QTL位点β CC4a、 β CC4b、 β CC7， 贡献率分别为 52.8%、 22.0%、 8.2%， 以及两个与果肉颜色相关的QTL位点FCG5、 FCG7， 贡献率分别为7.5%和 6.7%。 Bo （2012） 利用西双版纳黄瓜系SWCC8和栽培黄瓜系CC3获得的F7代重组自交系， 获得 与黄色内果皮基因 ore连锁的分子标记， 如SSR20710、 SSR19511、 SSR15419、 SSR07706、 SSR23231、 SSR11633、 SSR20270。 因此， 挖掘黄瓜黄色果肉种质资源， 寻找与其紧密连锁的分 子标记， 将为黄瓜的品质育种提供很好的技 术支撑。 发明内容 [0005]本发明的目的是为了解决现有技术的不足， 为了加快黄瓜黄色果肉育种进程， 本 发明提供与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、 检测SNP标记的dCAP S引物对及其应用。 [0006]本发明是通过以下技术方案 实现： 与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记， 其特 征在于， SNP标记是yfSNP01， 位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处， yfSNP01处碱基为C的 黄瓜为白色果肉品种， yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。 [0007]一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个S NP标记的dCAPS 引物对， 其特征在于， SNP标记是yfSNP01； 所述引物对包括yfSNP01的正向引物5 ′ ‑   TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA   ‑3′（SEQ ID NO.1）和yfSNP01的反向引物5 ′ ‑  说　明　书 1/3 页 3 CN 114410824 A 3