(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210106388.8 (22)申请日 2022.01.28 (71)申请人 上海市嘉定区中心医院 地址 201800 上海市嘉定区嘉定镇城北路1 号 申请人 上海柏辰生物科技有限公司 (72)发明人 余艳芳　孙亚蒙　赵开顺　徐军　 屠春林　谢倩凤　 (74)专利代理 机构 上海创开专利代理事务所 (普通合伙) 31374 专利代理师 李兰兰 (51)Int.Cl. C12Q 1/6858(2018.01) C12Q 1/689(2018.01) C12N 15/11(2006.01)C12R 1/32(2006.01) (54)发明名称 结核杆菌耐药基因位点、 引物组及其基于 MassARRAY核酸质谱平台的检测方法 (57)摘要 本发明涉及结核杆菌的耐药点位及其检测 方法。 结核杆菌耐药基因位点、 引物组及其基于 MassARRAY核酸质谱平台的检测方法， 包括设计 覆盖如rpoB、 inhA、 katG、 eis、 rrs、 gyrB及gyrA耐 药位点的扩增引物和如rpoB、 inhA、 katG、 eis、 rrs、 gyrB及gyrA耐药位点的延伸引物； 制备核酸 模板， 配置对应的延伸混合反应液， 进行PCR扩增 反应， 获得目的产物； SAP酶消化反应和延伸反 应： 得到的延伸扩增产物经脱盐 处理后进行点样 并使用质谱仪的分析软件进行分析。 本发明通量 较高， 灵活性较好， 易于实现， 性 价比高。 权利要求书3页 说明书9页 附图6页 CN 114507720 A 2022.05.17 CN 114507720 A 1.一种用于检测结核杆菌耐药基因及位 点， 其特征在于， 所述基因及位 点如下： rpoB： CAG ‑482‑CAA、 CTG‑511‑CCG、 CAA‑513‑AAA、 CAA‑513‑CTA、 CAA‑513‑CCA、 CAA‑513‑ CCT、 CAA‑513‑CCC、 GAC‑516‑TAC、 GAC‑516‑GTC、 GAC‑516‑GGC、 TCG‑522‑CCG、 TCG‑522‑TTG、 TCG‑522‑TAG、 CAC‑526‑AAC、 CAC‑526‑TAC、 CAC‑526‑GAC、 CAC‑526‑CTC、 CAC‑526‑CCC、 CAC‑ 526‑CGC、 CAC‑526‑TGC、 TCG‑531‑CCG、 TCG‑531‑TAG、 TCG‑531‑TTG、 TCG‑531‑TGG、 TCG‑531‑ TCC、 TCG‑531‑TCT、 TCG‑531‑TTT、 CTG‑533‑CCG、 ATC‑572‑TTC、 ATC‑572‑CTC； inhA： C(‑15)T、 T(‑8)C、 T(‑8)A； katG： AGC ‑315‑ACC、 AGC‑315‑AAC； eis： C(‑37)T、 C(‑14)T、 G(‑10)A； rrs： C(1300)T、 G(1321)A、 A(1401)G； gyrB： GAC ‑500‑CAC、 GAC‑500‑AAC、 AAC‑538‑ACC、 GAA‑540‑GAT； gyrA： GCC ‑74‑TCC、 GCG‑90‑GTG、 TCG‑91‑CCG、 GAC‑94‑AGC、 GAC‑94‑TGC、 GAC‑94‑GGC、 GAC‑94‑GCC、 GAC‑94‑AAC、 GAC‑94‑CAC、 GAC‑94‑TAC。 2.基于如权利要求1所述的用于检测结核杆菌耐药基因位点的引物组， 其特征在于， 包 括： rpoB基因533位点(rpoB ‑533)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:1上游引物， SEQ ID NO:2下游引物和SEQ  ID NO:67延伸引物； gyrA基因90位点(gyrA ‑90)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:3上游引物， SEQ   ID NO:4下游引物和SEQ  ID NO:68延伸引物； rpoB基因511位点(rpoB ‑511)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:5上游引物， SEQ ID NO:6下游引物和SEQ  ID NO:69延伸引物； rpoB基因513位点(rpoB ‑513‑1)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:7上游引 物， SEQ ID NO:8下游引物和SEQ  ID NO:70延伸引物； rpoB基因482位点(rpoB ‑482)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:9上游引物， SEQ ID NO:10下游引物和SEQ  ID NO:71延伸引物； rrs基因1321位点(rr s‑1321)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:11上游引物， SEQ ID NO:12下游引物和SEQ  ID NO:72延伸引物； gyrB基因538位点(gyrB ‑538)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:13上游引物， SEQ ID NO:14下游引物和SEQ  ID NO:73延伸引物； rrs基因1401位点(rr s‑1401)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:15上游引物， SEQ ID NO:16下游引物和SEQ  ID NO:74延伸引物； gyrA基因74位点(gyrA ‑74)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:17上游引物， SEQ ID NO:18下游引物和SEQ  ID NO:75延伸引物； rrs基因1300位点(rr s‑1300)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:19上游引物， SEQ ID NO:20下游引物和SEQ  ID NO:76延伸引物； rpoB基因522位点(rp oB‑522)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:21上游引物， SEQ ID NO:22下游引物和SEQ  ID NO:77延伸引物； katG基因315位点(katG ‑315)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:23上游引物， SEQ ID NO:24下游引物和SEQ  ID NO:78延伸引物；权　利　要　求　书 1/3 页 2 CN 114507720 A 2rpoB基因526位点(rpoB ‑526‑1)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:25上游引 物， SEQ ID NO:26下游引物和SEQ  ID NO:79延伸引物； gyrA基因94位点(gyrA ‑94)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:27上游引物， SEQ ID NO:28下游引物和SEQ  ID NO:80延伸引物； gyrB基因500位点(gyrB ‑500)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:29上游引物， SEQ ID NO:30下游引物和SEQ  ID NO:81延伸引物； ropB基因526位点(rpoB ‑526‑2)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:31上游引 物， SEQ ID NO:32下游引物和SEQ  ID NO:82延伸引物； rpoB基因531位点(rpoB ‑531‑1)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:33上游引 物， SEQ ID NO:34下游引物和SEQ  ID NO:83延伸引物； rpoB基因531位点(rpoB ‑531‑2)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:35上游引 物， SEQ ID NO:36下游引物和SEQ  ID NO:84延伸引物； rpoB基因513位点(rpoB ‑513‑2)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:37上游引 物， SEQ ID NO:38下游引物和SEQ  ID NO:85延伸引物； rpoB基因572位点(rp oB‑572)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:39上游引物， SEQ ID NO:40下游引物和SEQ  ID NO:86延伸引物； inhA基因( ‑15)位点(inhA ‑15)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:41上游引 物， SEQ ID NO:42下游引物和SEQ  ID NO:87延伸引物； gyrB基因540位点(gyrB ‑540)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:43上游引物， SEQ ID NO:44下游引物和SEQ  ID NO:88延伸引物； rpoB基因522位点(rp oB‑522)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:45上游引物， SEQ ID NO:46下游引物和SEQ  ID NO:89延伸引物； gyrA基因94位点(gyrA ‑94)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:47上游引物， SEQ ID NO:48下游引物和SEQ  ID NO:90延伸引物； rpoB基因513位点(rpoB ‑513‑3)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:49上游引 物， SEQ ID NO:50下游引物和SEQ  ID NO:91延伸引物； rpoB基因516位点(rp oB‑516)扩增引物和延伸引物， 具体包括SEQ  ID NO:51上游引物， SEQ ID NO:52下游引物和SEQ  ID NO:92延伸引物； eis基因启动子区域( ‑