(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 20221012876 5.8 (22)申请日 2022.02.11 (71)申请人 广东省农业科 学院动物科 学研究所 地址 510645 广东省广州市天河区五山 街 道大丰一 街1号 (72)发明人 周广源　罗成龙　刘天飞　瞿浩　 舒鼎铭　王艳　 (74)专利代理 机构 北京慕达星云知识产权代理 事务所 (特殊普通合伙) 11465 代理人 孙光远 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) G16B 20/20(2019.01) (54)发明名称 一种与鸡黑色腹膜性状相关的SNP分子标记 及应用 (57)摘要 本发明公开了一种与鸡黑色腹膜性状相关 的SNP分子标记及应用。 涉及鸡标记辅助选择技 术领域。 本发明对黑腹膜性状进行分级， 检测NDV 抗体应答， 进行基因分型。 将孵化批次、 性别、 前 三主成分作为固定效应， 进行GWAS分析。 得到显 著的SNP位点(rs317439499)， 后进行关联分析， 得出等位基因A对于黑色腹膜 性状具有极显著的 负效应， 对新城疫抗体应答水平有显著的正效 应； 得出等位基因G对于黑色腹膜性状具有极显 著的正效应， 对新城疫抗体应答水平有显著的负 效应。 分子标记SNP位点可用于鸡黑色腹膜性状 的分子标记辅助育种。 通过该遗传标记进行选育 不仅可以降低群体的黑色腹膜个体数量， 同时还 能提高新城 疫抗体应答水平。 权利要求书1页 说明书4页 序列表1页 附图1页 CN 114231645 A 2022.03.25 CN 114231645 A 1.一种与鸡黑色腹膜性状相关的分子标记， 其特征在于， 分子标记SNP位点位于核苷酸 序列SEQ ID NO.1所示的第101位， 为A或G。 2.如权利要求1所述的一种与鸡黑色腹膜性状相关的分子标记的筛选方法， 其特征在 于， 包括以下步骤： (1)测定试验鸡黑色腹膜和新城疫抗体 应答水平数据； (2)提取试验鸡的DNA； (3)通过mvLM M模型进行GWAS分析， 获得显著SNP位 点； (4)通过单倍型与表型关联分析对显著SNP位 点进行验证； (5)得到显著的SNP位 点。 3.权利要求1所述的一种与鸡黑色腹膜性状相关的分子标记在鸡品系选 育中的应用。 4.如权利要求3所述的应用， 其特征在于， 当所述SNP位点为A时， 鸡具有更低的黑色腹 膜与更高的新城疫抗体 应答水平。 5.如权利要求 4所述的应用， 其特 征在于， 包括以下步骤： (1)提取基因 组DNA； (2)检测试验上述分子标记SNP位 点的基因型； (3)选择基因型A/A的试验鸡进行优势品系的选 育。 6.权利要求1所述分子标记在制备检测试剂盒中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114231645 A 2一种与鸡黑色腹 膜性状相关的SNP分子标记及应用 技术领域 [0001]本发明涉及鸡标记辅助选择技术领域， 更具体的说是涉及一种与鸡黑色腹膜性状 相关的SNP分子标记及应用。 背景技术 [0002]鸡肉是我国的第二大消费肉类， 近年来我国鸡肉人均消费持续增长。 为了防止疫 病传播， 确保活禽产品质量安全， 以活禽交易为主的优质肉鸡产业将逐步向冰鲜和屠宰加 工型转变。 因此， 黑色腹膜性状等直接影响品种的经济效益的肉鸡屠体外观性状的选育得 到重视。 [0003]鸡黑色腹膜性状表现为腹部皮肤呈现深蓝色外观， 当皮肤被去除时， 出现黑色结 缔组织。 其严重影响胴体外观， 影响经济效应。 且黑腹性状在黄羽肉鸡中比较常见， 3周龄 时， 有5％ ‑95％的惠阳胡须鸡存在黑色腹膜， 但目前关于鸡黑色腹膜性状的研究还比较少。 [0004]因此， 如何提供一种与鸡黑色腹膜性状相关的SNP分子标记是本领域技术人员亟 需解决的问题。 发明内容 [0005]有鉴于此， 本发明提供了一种与鸡黑色腹膜性状相关的S NP分子标记及应用。 鸡黑 色腹膜性状作为一个中等遗传力的性状， 存在一定的改良空间， 作为一个复杂性状适用于 利用GWAS(全基因组关联分析)寻找与性状显著关联的SNP(单核苷酸多态性)， 找到的显著 SNP位点有望运用于鸡黑色腹膜性状的后续育种当中。 [0006]此外， 黑色腹膜与新城疫抗体应答存在中等程度的负遗传相关 ‑0.42。 一般来说遗 传相关来自于多基因效应， 然而遗传相关也可以来自于不同基因座之间的连锁不平衡。 本 发明采用多性状GWAS识别多效基因位点， 由此产生的标记 性状关联被称为交叉表型(CP)关 联。 通常所研究性状 之间的遗传相关越高， 多性状 GWAS的效力也就越高。 通过多性状 GWAS我 们可以筛选出具有拮抗作用的SNP， 即SNP对一个性状具有正效应， 另一个性状具有负效应。 这样的SNP位点用于鸡的分子标记辅助育种， 我们 可有得到同时具有低的黑色腹膜和高的 新城疫抗体 应答水平的鸡。 。 [0007]为了实现上述目的， 本发明采用如下技 术方案： [0008]一种与鸡黑色腹膜性状相关的分子标记， 分子标记SNP位点位于核苷酸序列SEQ   ID NO.1所示的第101位， 为A或G。 [0009]本发明还提供了上述的一种与鸡黑色腹膜性状相关的分子标记的筛选方法， 包括 以下步骤： [0010](1)测定试验鸡黑色腹膜和新城疫抗体 应答水平数据； [0011](2)提取试验鸡的DNA； [0012](3)通过mvLM M模型进行GWAS分析， 获得显著SNP位 点； [0013](4)通过单倍型与表型关联分析对显著SNP位 点进行验证；说　明　书 1/4 页 3 CN 114231645 A 3