(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210139090.7 (22)申请日 2022.02.15 (71)申请人 中国热带农业科 学院南亚热带作物 研究所 地址 524094 广东省湛江市麻章区湖秀路 (72)发明人 赵秋芳　肖熙鸥　马智玲　马海洋　 魏长宾　 (74)专利代理 机构 重庆信必达知识产权代理有 限公司 5 0286 专利代理师 陈小东 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与茄子果实颜色紧密连锁的SNP分子标记及 应用 (57)摘要 本发明公开了与茄子果实颜色紧密连锁的 SNP分子标记及应用， 属于分子遗传育种技术领 域， 其技术方案要点是： SNP分子标记包括SNP分 子标记Ⅰ和SNP分子标记 Ⅱ； SNP分子标记 Ⅰ包含 SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列， 且SEQ  ID NO.1 所示的核苷酸序列自5 ’端起第51位碱基 是SNP位 点Ⅰ； SNP分子标记 Ⅱ包含SEQ ID NO.2所示 的核 苷酸序列， 且SEQ  ID NO.2所示的核苷酸序列自 5’端起第51位碱基 是SNP位点 Ⅱ； SNP位点Ⅰ和SNP 位点Ⅱ分别位于茄子10号染色体的第95538422 位碱基和第98266374位碱基， 第9 5538422位碱基 为C或T； 第98266374位碱基为C或T； SEQ  ID NO.1 为 TACATCAGTGCATAGTTTCATTTGAGTTGATA TTTCGTATA C A G T G T T T C [ C / T ] TGCCTTATATATTCAATACATTATCTCGTACTGA TGTCCCT T A C G G G G G A ；S E Q  I D N O . 2 为GATTATAATATGAGAAAT CGAACATTCATTAA TAATAATAA A T A A A A G T T [ C / T ] AAATAATCAACTGATTAAACTATTAAGAAAGTTGATTTAGC CTATTACAA。 本发明主要用于减少育种工作量， 提 高育种效率的优点。 权利要求书2页 说明书7页 序列表2页 附图3页 CN 114703312 A 2022.07.05 CN 114703312 A 1.与茄子果实颜色紧密连锁的SNP 分子标记， 其特征是： 所述SNP分子标记包括SNP 分子 标记Ⅰ和SNP分子标记 Ⅱ； 所述SNP分子标记 Ⅰ包含SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列， 且所述 SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列自5 ’端起第51位碱基是SNP位点 Ⅰ； 所述SNP分子标记 Ⅱ包含 SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列， 且 所述SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列自5 ’端起第51位碱 基是SNP位 点Ⅱ； 所述SNP位点 Ⅰ和SNP位点 Ⅱ分别位于茄子10号染色体的第95538422位碱基和第 98266374位碱基， 所述第95 538422位碱基为C或T； 所述第9826 6374位碱基为C或T； 所述SEQ ID NO.1为TACATCAGTGCATAGTTTCATTTGAGTTGATATTTCGTATACAGTGTTTC[C/T] TGCCTTATATATTCAATACATTATCTCGTACTGATGTC CCTTACGGGGGA； 所述SEQ ID NO.2为GATTATAATATGAGAAATCGAACATTCATTAATAATAATAAATAAAAGTT[C/T] AAATAATCAACTGATTAAACTATTAAGAAAGTTGATTTAGCCTATTACAA。 2.根据权利要求1所述的与茄子果实颜色紧密连锁的SNP分子标记的检测方法， 其特征 是， 具体步骤如下： S1、 提取所述SNP分子标记的核苷酸序列； S2、 将步骤S1的核苷酸序列中的SNP分子标记通过引物设计软件转 化为KASP标记； S3、 将步骤S2转化得到的整体核苷酸序列， 通过基因分型检测平台， 进行基于KASP的 SNP基因分型检测。 3.根据权利要求2所述的与茄子果实颜色紧密连锁的SNP分子标记的检测方法， 其特征 是： 所述KASP所在的反应体系包含KASP引物混合物、 KASP主混合物和DNA模板； 所述KASP引 物混合物包括正向引物F ‑1、 正向引物F ‑2和反向引物； 所述KASP主混合物包括正向引物F ‑1 尾部FAM标记的寡序列、 正向引物F ‑2尾部HEX标记的寡序列、 FAM染料、 HEX染料和淬灭剂； 所 述DNA模板为茄子基因 组DNA。 4.根据权利要求2所述的与茄子果实颜色紧密连锁的SNP分子标记的检测方法， 其特征 是， 用于检测SNP分子标记 Ⅰ的KASP标记引物核苷酸序列为： 正向引物 F‑1为GAAGGT GACCAAGTTCAT GCTTTTTTAGT GCATCCCAAAAAGAATGTC； 正向引物 F‑2 为GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGAGTTGATATTTCGTATACAGTGTTTCT； 反向引物R为ACATCAGTACGA GATAATGTATTGAATATATAAG。 5.根据权利要求3所述的与茄子果实颜色紧密连锁的SNP分子标记的检测方法， 其特征 是， 用于检测SNP分子标记 Ⅱ的KASP标记引物核苷酸序列为： 正向引物 F‑1为GAAGGTGACCAAGTTCAT GCTTCGAACATTCATTAATAATAATAAATAAAAGTTC； 正向 引物F‑2为GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAAATCGAA CATTCATTAATAATAATAAATAAAAGTTT； 反向引物R 为GCTAAATCAACTTTCTTAATAGTTTAATCAGTTGAT。 6.根据权利要求1所述的与茄子果实颜色紧密连锁 的SNP分子标记 的应用， 其特征是： 将所述SNP分子标记应用于茄子果实颜色性状的早期鉴定和筛 选。 7.根据权利要求1所述的与茄子果实颜色紧密连锁 的SNP分子标记 的应用， 其特征是： 将所述SNP分子标记应用于 选育高花青素含量的辅助育种。 8.根据权利要求1所述的与茄子果实颜色紧密连锁 的SNP分子标记 的应用， 其特征是： 将所述SNP分子标记的分子 探针或引物应用于制备检测花青素含量的试剂盒。 9.一种茄子辅助育种的方法， 其特征是： 检测 SNP分子标记的类型， 根据SNP基因分型确权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114703312 A 2定茄子品种花青素含量高低。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114703312 A 3