(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210144071.3 (22)申请日 2022.02.16 (71)申请人 湖北省农业科 学院粮食作物研究所 地址 430064 湖北省武汉市洪山区南湖大 道3号 (72)发明人 秦丹丹　董静　许甫超　徐晴　 刘瑞　彭严春　 (74)专利代理 机构 武汉智嘉联合知识产权代理 事务所(普通 合伙) 42231 专利代理师 姜婷 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与大麦穗部和籽粒形态相关的SNP标记、 引 物组及其应用 (57)摘要 本发明属于分子遗传育种技术领域， 公开了 与大麦穗部和籽粒形态相关的SNP标记、 引物组 及其应用， 所述SNP分子标记位于大麦HvTUB8基 因第三个外显子上且多态性为G/A， 所述引物组 的序列如SEQ  ID NO.2～4所示； 分子 标记和引物 组大麦HvTUB8等位基因检测以及大麦育种， 通过 PARMS技术， 该引物组可特异性检测HvTUB8基因 的G‑A等位变异， 其在大麦青稞穗部形态和籽粒 形态相关的新种质创制方面具有重要意 义。 权利要求书1页 说明书4页 序列表2页 附图2页 CN 115369181 A 2022.11.22 CN 115369181 A 1.一种与大麦穗部和籽粒形态相关的SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP分子标记位 于大麦HvTUB8基因第三个外显子上且多态性为 G/A， 所述HvTUB8基因序列如SEQ  ID NO.1所 示。 2.用于特异性检测权利要求1所述SNP分子标记 的引物组， 其特征在于， 所述引物组序 列为： HvTUB8‑1061‑F： AGTTGCCGATGAATGTGGAG； HvTUB8‑1061‑Rc:GAAGGTGACCAAGTTCATGCTA ACGTCAAGTCGACG GTGTG； HvTUB8‑1061‑Rt： GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCAACGTCAAGTCGACG GTGTA。 3.如权利要求1所述分子标记在大麦 育种中的应用。 4.如权利 要求2所述引物组在大麦HvTUB8等位基因检测和/或大麦穗部、 籽粒性状的选 择性育种中的应用。 5.根据权利要求2所述的应用， 其特征在于， 使用权利要求2所述引物组对待测大麦样 品的基因组DNA进行PCR反应， 扩增完成后用酶标仪读取荧光信号， 得到待测大麦样品的基 因型； 其中， A/A基因型表现为侧小穗呈点状、 短芒、 颖壳厚、 籽粒圆形。 6.根据权利要求5所述的应用， 其特征在于， 所述PCR反应的反应体系为： 共100μL； 2 × PARMS master mix， 5 μL； HvTUB8 ‑1061‑Rc， 150nM； HvTUB8 ‑1061‑Rt， 150nM； HvTUB8 ‑1061‑F， 400nM； DNA template， 10～10 0nM； ddH2O余量。 7.根据权利要求5所述的应用， 其特征在于， 所述PCR反应的反应程序为： 94℃， 15min； 94℃， 20s， 6 5～57℃， 1mi n， 10个循环； 94℃， 20s， 57℃， 1mi n， 30个循环。 8.一种检测试剂盒， 其特 征在于， 包 含权利要求1所述的引物组。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115369181 A 2与大麦穗部和籽粒 形态相关的SNP标记、 引物组及其应用 技术领域 [0001]本发明属于分子遗传育种技术领域， 具体涉及一种与大麦穗部和籽粒形态相关的 调控基因HvT UB8的定位、 克隆， 以及SNP分子标记的开发和应用。 背景技术 [0002]大麦(Hordeum  vulgare)是全球也是我国第四大禾谷类作物， 是典型的 “多元”作 物， 具有食用、 饲用、 酿造及保健等多种用途， 如我国青藏高原地区人民长期以青稞(裸大 麦)为主食。 与其它近缘禾本科物种不同， 大麦的小穗是由一个中间小穗和两个侧小穗所 组 成的“三联小穗 ”； 根据三联小穗中侧小穗是否可育， 将大麦分成六棱(侧小穗可育)和二棱 (侧小穗不育)两种类型。 [0003]目前已克隆的大麦棱型调控基因共有5个， 其中， VRS1位于染色体2H上， 编码 homeodomain‑leucine zipper class I protein(HD ‑ZIP1)； VRS2位于染色体5H 上， 编码拟 南芥SHORT  INTERNODES(SHI)转录因子的同源基因； V RS3(syn.INTERMEDIUM ‑A)位于1H上， 编码Jumonji  C‑type H3K9me2/me3  demethyl ase； VRS4(syn.INTERMEDIUM ‑E)位于染色体 3H上， 编码转录因子LATERAL  ORGAN BOUNDARIES(LOB)； VRS5(syn.INTERMEDIUM ‑C)位于染 色体4H上， 编码转录因子 class II TCP。 [0004]发明人在大麦研究过程中， 构建了自育品种鄂大麦934(已通过国家农业农村部 非 主要农作物品种登记， 品种登记号： GPD大麦(青稞)(2018)420016)的饱和突变体库， 从中筛 选到突变体rls。 鄂大麦934为典型的二棱大麦品种， rls具有明显区别于鄂大麦934的穗部 和籽粒形态， 表现为： 侧小穗呈点状、 芒变短、 颖壳变厚、 籽粒圆形。 发明内容 [0005]有鉴于此， 本发明的目的在于， 利用突变体rls， 对大麦穗部和籽粒相关性状的调 控基因进 行精细定位和克隆， 挖掘出与目标性状共分离的SNP分子标记， 并针对 该突变位点 设计引物， 以辅助大麦穗部和籽粒相关性状的遗传改良。 [0006]为了实现上述目的， 本发明的技 术方案具体如下： [0007]本发明第一方面提供了一种与大麦穗部和籽粒形态相关的SNP分子标记， 该分子 标记位于大麦HvTUB8基因第三个外显子上且多态性为G/A， HvTUB8基因位于染色体4H上， 其 核苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示。 [0008]所述分子标记与目标性状共分离， 可用于大麦 育种。 [0009]本发明第二方面提供了一种用于特异性检测上述SNP分子标记的引物组， 其中引 物组序列为： [0010]HvTUB8‑1061‑F： AGTTGCCGATGAATGTGGAG(SEQ ID NO.2)； [0011]HvTUB8‑1061‑Rc:GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAACGTCAAGTCGACGGTGTG(SEQ  ID  NO.3)； [0012]HvTUB8‑1061‑Rt： GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCAACGTCAAGTCGACGGTGTA(SEQ  ID 说　明　书 1/4 页 3 CN 115369181 A 3