(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210142781.2 (22)申请日 2022.02.16 (71)申请人 西北农林科技大 学 地址 712100 陕西省咸阳市杨凌示范区 邰 城路3号 (72)发明人 王小龙　吴玉江　李超　陈炳春　 蔡蓓　 (74)专利代理 机构 西安铭泽知识产权代理事务 所(普通合伙) 61223 专利代理师 崔瑞迎 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6858(2018.01) (54)发明名称 一种与山羊低氧适应相关的结构变异分子 标记及应用 (57)摘要 本发明属于遗传生物学技术领域， 具体涉及 一种与山羊低氧适应相关的结构变异分子标记 及应用。 所述结构变异分子标记位于山羊第2 6号 染色体第42 098934位碱基处的245bp插入/缺失， 具体为如SEQ  ID No.1所示核苷酸序列的第98bp 处的插入缺失， 插入/缺失的核苷酸序列如SEQ   ID No.2所示。 本发明还提供了用于检测该结构 变异分子标记的特异性引物对和检测方法， 所述 特异性引物对的序列如SEQ  ID No.3和SEQ  ID  No.4所示。 本发明所述结构变异分子标记不受山 羊年龄、 性别等因素的限制， 可用于山羊高原低 氧适应性引种和品种选 育。 权利要求书1页 说明书5页 序列表2页 附图1页 CN 114438225 A 2022.05.06 CN 114438225 A 1.一种与山羊低氧适应相关的结构变异分子标记， 其特征在于， 所述结构变异分子标 记是山羊第26号染色体的第42098934位碱基后插入或缺失245bp的DNA片段， 所述DNA片段 的核苷酸序列如SEQ  ID No.2所示。 2.根据权利要求1所述的一种与山羊低氧适应相关的结构变异分子标记， 其特征在于， 所述结构变异分子标记位于如SEQ  ID No.1所示核苷酸序列的第98bp处。 3.一种权利要求1或2所述的结构变异分子标记的应用， 其特征在于， 所述结构变异分 子标记与山羊的低氧适应性相关。 4.根据权利要求3所述的一种结构变异分子标记的应用， 其特征在于， 缺失所述结构变 异分子标记的山羊具有低氧适应性， 插入所述结构变异分子标记的山羊不具有低氧适应 性。 5.根据权利要求3所述的一种结构变异分子标记的应用， 其特征在于， 所述结构变异分 子标记用于山羊分子标记辅助育种。 6.一种用于检测权利要求1或2所述的与山羊低氧适应相关的结构变异分子标记的特 异性引物， 其特 征在于， 所述特异性引物的核苷酸序列如下： 正向引物F： 5 ’ ‑ATTTGCCTCCTGTTTTGAATTCCT‑3’； 反向引物R： 5 ’ ‑AGATGGTAATGATAACCCTATATGCG ‑3’。 7.一种权利要求6所述的特异性引物在鉴定山羊低氧适应性品种中的应用。 8.根据权利要求7所述的一种特异性引物在鉴定山羊低氧适应性品种中的应用， 其特 征在于， 鉴定山羊低氧适应性品种的方法如下： (1)提取待测山羊的基因 组DNA； (2)以待测山羊基因组DNA为模板， 使用正向引物F和反向引物 R进行PCR扩增反应， 获得 扩增产物； (3)检测所述扩增产物片段第98bp处结构变异的类型， 若结构变异的类型为缺失SEQ   ID No.2所示核苷酸序列， 则判定待测山 羊具有低氧适应的特征； 若结构变异的类型为插入 SEQ ID No.2所示核苷酸序列， 则判定待测山羊不具有低氧适应的特 征。 9.根据权利要求8所述的特异性引物在鉴定山羊低氧适应性品种中的应用， 其特征在 于， (2)的PCR扩增反应中， 扩增体系为25 μL， 其中包含50 ‑100ng/ μL待测山羊基因组DNA模板 1 μL， 10 μM正向引物F和反向引物R各1 μL， 2 ×Rapid Taq Master Mix 12.5 μL， d dH2O 9.5 μL。 扩增反应程序为： 95℃预变性3min， 95℃变性15sec， 68℃退火15sec， 72℃延伸10sec， 10个循环， ‑1℃/cycle； 95℃变性15sec， 58℃退火15sec， 72℃延伸10sec， 30个循环， ‑0.1 ℃/cycle； 72℃延伸5mi n， 4℃保存。 10.一种包括权利要求6所述的特异性引物的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒用于鉴 定山羊的低氧适应性。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114438225 A 2一种与山羊 低氧适应相关的结构变异分子标记及应用 技术领域 [0001]本发明属于遗传生物学技术领域， 具体涉及一种与山羊低氧适应相关的结构变异 分子标记及应用。 背景技术 [0002]山羊被认为是最早驯化的家养动物之一， 可追溯到约10000年前， 伴随着人类迁移 逐渐扩散到世界各个地方。 为适应高原的极端环境条件， 山羊形成了独特 的生理和遗传特 征。 高原环境是指海拔大于2500m的高原地区， 此环境对当地居民和家养动物都具有挑战 性。 安第斯人、 埃塞俄比亚人、 藏人及这些地方生存的家畜是高海拔环境的主要定居者， 其 通过克服低氧和高紫外线辐射形成了独特的生理和遗传适应性。 研究这种环境适应调节机 制能够促进对当地 适应和气候变化的解析。 [0003]变异是导致基 因组差异的重要因素， 根据碱基对变换的数量和类型可分为单个碱 基对的变异、 小的插入或缺失(InDels≤50bp)和结构变异(SVs>50bp)。 结构变异的类型较 多， 根据结构变异的不同类型分为插入、 缺 失、 反转、 染色体易位、 染色体间异 位及拷贝 数变 异等。 结构变异是造成动物表型差异的一个重要原因， 模式动物果蝇的缺刻翅和棒眼性状 便是由于其染色体部分缺失和重复造成的。 在生物体与环境的长期适应性进化过程中， 某 些高频率结构 变异在种间受到强烈的正向选择， 表现出独特的生理特性和极强的环境适应 能力， 对农业生产种质资源的开发和保护具有重要意义。 通过比对短绒和长毛绵羊的基因 组序列， 定位到25号染色体上IRF2BP2基因3 ’UTR区域存在asEIF2S2基因的片段插入， 影响 IRF2BP2基因的转录表达进而控制短绒性状。 FGF5基因与羊绒生长密切相关， 研究人员发现 绒山羊FGF5基因座中505b p的片段插入 可作为转录因子结合位点的增强子促进其在非绒山 羊的转录表达， 为 绒山羊育种中羊绒 生长提供分子标记。 [0004]3’ ‑磷酸腺苷 ‑5’ ‑磷酸硫酸合 成酶2(3’ ‑phosphoadenosine ‑5’ ‑phosphosul ‑fate  synthetase  2， PAPSS2)基因是生物体内催化合 成活性硫酸根供体的重要酶类基因， 广泛参 与细胞外基质蛋白聚糖硫代谢相关酶， 在ATP的分解代谢 过程中具有重要作用。 [0005]现有技术存在的问题是， 缺乏一种与山羊低氧适应相关的分子标记。 发明内容 [0006]为了解决上述技术问题， 本发明提供了一种与山羊低氧适应相关的结构变异分子 标记。 [0007]本发明的第一个目的是提供一种与山羊低氧适应相关的结构变异分子标记， 所述 结构变异分子标记是山羊第26号染色体的第42098934位碱基后插入或缺失245bp的DNA片 段， 所述DNA片段的核苷酸序列如SEQ  ID No.2所示。 [0008]优选的， 所述结构变异分子标记位于如SEQ  ID No.1所示核苷酸序列的第98bp处 (即在SEQ ID No.1的98bp位 点之后添加245个SEQ  ID No.2所示核苷酸片段)。 [0009]本发明的第二个目的是提供一种结构变异分子标记的应用， 所述结构变异分子标说　明　书 1/5 页 3 CN 114438225 A 3