(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210161389.2 (22)申请日 2022.02.22 (71)申请人 武汉市农业科 学院 地址 430000 湖北省武汉市洪山区白沙洲 大道173号 (72)发明人 宋莉萍　汪爱华　汤利光　余楚英　 王斌才　高长斌　张雪丽　耿启华　 (74)专利代理 机构 武汉宇晨专利事务所(普通 合伙) 42001 专利代理师 龚莹莹 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 用于不结球白菜的SNP-Panel检测的引物组 及其应用 (57)摘要 本发明属于分子生物学技术领域， 公开了用 于不结球白菜的SNP ‑Panel检测的引物组及其应 用。 本发明提供了一种通量高、 成本低的覆盖全 基因组的分子标记检测体系， 是不结球白菜基因 组SNP‑Panel， 包括表1中引 物组合。 本发明还提 供了所述不结球白菜基因组SNP ‑Panel的应用。 该不结球白菜基因组SNP ‑Panel是高效育种技术 体系， 通过一次扩增反应， 可实现500个SNP位点 的同时检测。 本发明的技术方案能够实现不结球 白菜分子设计育种的流程化、 信息化， 大幅度提 高我国不结球白菜育种效率， 缩短育种周 期， 促 进蔬菜种业发展。 权利要求书1页 说明书24页 序列表154页 附图2页 CN 115044692 A 2022.09.13 CN 115044692 A 1.用于不结球白菜的SNP ‑Panel检测的引物组， 所述的引物组的引物序列如说明书表1 所示。 2.权利要求1所述的引物组在构建不结球白菜DNA指纹数据库中的应用。 3.权利要求1所述的引物组在不结球白菜育种鉴定各项指标的表型中的应用。 4.权利要求1所述的引物组在不结球白菜种质资源基因分型中的应用。 5.权利要求1所述的引物组在种子纯度检测中的应用和转基因成份鉴定中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115044692 A 2用于不结球白菜的SNP ‑Panel检测的引物组及其应用 技术领域 [0001]本发明属于分子生物学技术领域， 具体涉及用于不结球白菜的SNP ‑Panel检测的 引物组及其应用。 背景技术 [0002]不结球白菜(Brassica  campestris  ssp.chinensis  Makino)属十字花科芸薹属 芸薹种白菜亚种， 又称小 白菜、 青菜、 油菜等主要分布在南方地区。 在长江流域中、 下游地 区， 其播种面积约占蔬菜总面积的三分之一， 生长期短， 四季可种， 成为周年供应的 “当家蔬 菜”。 日本、 韩国等东亚国家 不结球白菜栽培十 分广泛， 近年来随着欧美等国家广泛引种， 不 结球白菜逐渐成为世界性的重要蔬菜。 [0003]不结球白菜原产于我国， 栽培历史悠久， 品种资源丰富。 作物种质资源是种质创新 和新品种选育的物质基础。 传统的田间种植观察鉴定其效率低， 误差大， 难以鉴定。 近年来 随着高通量测序技术的快速发展， 不结球白菜的基因组信息越来越丰富， 为开展不结球白 菜分子设计育种打下了良好的基础。 而DNA指纹鉴定技术由于不受环境和人为因素影响， 且 具有快速和准确的特性， 已成为目前品种 鉴定的重要手段。 SNP ‑Panel是一种高通量SNP分 型， 是基于目标捕获测序技术的一种基因型分析方法， 包含目标SNP的基因组序列设计探针 或引物， 然后进行目标区域捕获， 再利用新一代高通量测序平台完成测序并进行基因型分 析。 该测序优势表现在： 数据量少， 分析简单； 通量高， 成本低； 覆盖倍数高， 结果准确； 速度 快， 周期短。 [0004]目前在不结球白菜中尚未有较为广泛应用的DNA指纹图谱以及品种鉴定标准， 不 结球白菜全基因组SNP ‑Panel是一种高效育种 技术体系， 能够实现不结球白菜分子设计育 种的流程化、 信息化， 大幅度提高我国不结球白菜育种效率， 缩短育种周期， 促进产业发展。 发明内容 [0005]本发明的目的在于提供了用于不结球白菜的SNP ‑Panel检测的引物组， 所述的引 物组为表1所示。 [0006]本发明的另一个目的在于提供了SNP ‑Panel检测引物组在不结球白菜中的应用。 [0007]为了达到上述目的， 本发明采取以下技 术措施： [0008]申请人分析全基因组SNP(全基因组序列的版本号为Brapa_genome_v3.0， 网址为 https://db.cngb.org/b rassica/download_genome/Brassica_Genome_data/Brapa30/)， 先从所有SNP中按较小等位基因频率(MAF)>0.4， 缺失基因型比例少于0.25筛选出396741个 高频SNP。 按10Kb的距离均匀筛选得到16911个SNP位点。 使用Primer3软件来设计这些位点 的扩增引物， 设置的参数包括： 1)引物序列的长度在 17‑32bp之间； 2)Tm值在60 ‑64℃之间， 最优为62； ℃3)产物大小不超 过300bp； 4)测序reads必须能够覆盖目标位点。 对每个目标位 点， 我们会设计多对引物， 然后使用e ‑PCR软件来检测每对引物的扩增特异性。 挑选出可以 特异扩增的引物共42873对， 然后检测两两之间的引物二聚体之后剩 余728对引物， 最后从说　明　书 1/24 页 3 CN 115044692 A 3