(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210184442.0 (22)申请日 2022.02.25 (71)申请人 山西农业大 学 地址 030801 山西省晋中市太 谷县铭贤南 路1号 (72)发明人 孙朝霞　侯思宇　韩渊怀　王欣芳　 杜伟　 (74)专利代理 机构 北京方圆嘉 禾知识产权代理 有限公司 1 1385 代理人 戴嵩玮 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点、 KASP分 子标记引物组及其应用 (57)摘要 本发明属于生物 技术领域， 具体涉及一种鉴 定苦荞脱壳性状的SNP位点、 KASP分子标记引物 组及其应用。 本发明提供的SNP位点位于苦荞第1 号染色体上第82 50379bp， 所述位点上存在G/A碱 基突变， 与苦荞脱壳性状具有显著的相关性。 当 所述位点为A时， 所述苦荞脱壳性状为易脱壳。 利 用该SNP位点， 能将不易脱壳苦荞和易脱壳苦荞 区分开。 权利要求书1页 说明书9页 序列表2页 附图2页 CN 114317811 A 2022.04.12 CN 114317811 A 1.一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点， 其特征在于， 所述SNP位点位于苦荞第1号染色体 上第8250379bp处， 且多态性 为G/A。 2.根据权利 要求1所述的SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP的多态性位点位于SEQ  ID  No.1所示的核苷酸序列第151bp处。 3.一种鉴定权利要求1所述的SNP位点的KASP分子标记引 物组， 其特征在于， 所述KASP 分子标记引物组包括序列为SEQ  ID NO.2所示的正向引物1、 序列为SEQ  ID NO.3所示的正 向引物2和序列为SEQ  ID NO.4所示的反向引物。 4.根据权利要求3所述的KASP分子标记， 其特征在于， 所述引物组中正向引物1和正向 引物2的使用浓度独立 为100 μmol/L； 所述引物组中的反向引物的浓度为10 0 μmol/L。 5.权利要求1或2所述的SNP位点或权利要求3或4所述的KASP分子标记引物 组在苦荞育 种中的应用。 6.权利要求1或2所述的SNP位点或权利要求3或4所述的KASP分子标记引物 组在筛选易 脱壳苦荞中的应用。 7.一种鉴定 苦荞脱壳性状的方法， 其特 征在于， 包括如下步骤： 利用权利要求3或4所述的引物组对苦荞基因 组DNA进行PCR扩增， 得到扩增产物； 对扩增产物进行KASP基因分型检测， 当KASP基因分型检测结果为GG型时， 鉴定苦荞脱 壳性状为不易脱壳； 当KASP基因分型检测结果为AA型时， 鉴定苦荞脱壳性状为易脱壳； 当 KASP基因分型检测结果 为GA型时， 鉴定 苦荞脱壳性状为 不易脱壳。 8.根据权利要求7所述的方法， 其特征在于， 所述PCR扩增使用的反应体系以10μL计包 括： 苦荞基因 组DNA2 μL， 引物组0.14 μL， HiGen o 2x Probe Mix A溶液5 μL和余 量的ddH2O； 所述PCR扩增反应的程序为： 第一阶段95℃预变性10min； 第二阶段95℃变性20s， 55℃ ～61℃退火40s， 共10个 循环； 第三阶段95℃变性20s， 5 5℃退火40s， 共31个 循环。 9.根据权利要求8所述的方法， 其特征在于， 所述引物 组中， 正向引物1、 正向引物2和反 向引物的体积比为2:2:5 。 10.根据权利要求8所述的方法， 其特征在于， 所述苦荞基因组DNA的浓度 为50～100n g/ μL。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114317811 A 2一种鉴定苦 荞脱壳性状的SNP位点、 KASP分子标记引物组及其 应用 技术领域 [0001]本发明属于SNP分子标记技术领域， 具体涉及一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点、 KASP分子标记引物组及其应用。 背景技术 [0002]苦荞属于双子叶植物纲， 蓼目， 蓼科， 荞麦属一年生的草本植物。 苦荞的整个生长 周期短， 对 逆境适应力强， 耐贫瘠性 也强， 是一种良好的填闲、 救灾作物。 [0003]苦荞皮壳是指荞麦籽粒的外种皮， 占籽粒总重量的25％ ‑30％， 是荞麦籽粒的天然 保护层， 具有柔韧而坚实的结构， 是苦荞籽粒木质化程度最高的部位， 苦荞仁脆性大， 仁与 壳之间缝隙较小， 导致苦荞脱壳难。 苦荞脱壳效率， 主要是检查是否能保存完整的苦荞仁， 完整的苦荞仁对苦荞加工产品的价值有一定的影响。 目前苦荞的脱壳工艺， 需要高温蒸煮 熟化后进行机械磨盘式脱壳， 整半仁率仅能达到约40％。 随着消费者对苦荞加工产品的热 爱， 在针对苦荞壳的厚度相关研究， 培 育易脱壳表型品种已成为苦荞研究的重点。 发明内容 [0004]本发明的目的在于提供一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点、 KASP分子标记引物组 及其应用， 快速 筛选和鉴定 苦荞脱壳性状， 提高易脱壳苦荞种质的选 育效率。 [0005]本发明提供了一种鉴定苦荞脱壳性状的SNP位点， 所述SNP位点位于苦荞第1号染 色体上第825 0379bp处， 且多态性 为G/A。 [0006]优选的， 所述SNP的多态性 位点位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列第151bp处。 [0007]本发明还提供了一种鉴定所述的SNP位点的KASP分子标记引物组， 所述KASP分子 标记引物组包括序列为SEQ  ID NO.2所示的正向引物1、 序列为SEQ  ID NO.3所示的正向引 物2和序列为SEQ  ID NO.4所示的反向引物。 [0008]优选的， 所述引物组中正向引物1和正向引物2的使用浓度独立为100 μmol/L； 所述 引物组中的反向引物的浓度为10 0 μmol/L。 [0009]本发明还提供了所述的S NP位点或所述的KASP分子标记引物组在苦荞育种中的应 用。 [0010]本发明还提供了所述的S NP位点或所述的KASP分子标记引物组在筛选易脱壳苦荞 中的应用。 [0011]本发明还提供了一种鉴定 苦荞脱壳性状的方法， 包括如下步骤： [0012]利用所述的引物组对苦荞基因 组DNA进行PCR扩增， 得到扩增产物； [0013]对扩增产物进行KASP基因分型检测， 当KASP基因分型检测结果为GG型时， 鉴定苦 荞脱壳性状为不易脱壳； 当KASP基因分型检测结果为AA型时， 鉴定苦荞脱壳性状为易脱壳； 当KASP基因分型检测结果 为GA型时， 鉴定 苦荞脱壳性状为 不易脱壳。 [0014]优选的， 所述PCR扩增使用的反应体系以10 μL计包括： 苦荞基因组DNA  2 μL， 引物组说　明　书 1/9 页 3 CN 114317811 A 3