(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210185115.7 (22)申请日 2022.02.28 (71)申请人 广州燃石医学检验所有限公司 地址 510300 广东省广州市黄埔区广州国 际生物岛螺旋四路7号第二层201、 202 单元 (72)发明人 李冰思　宿静　邱福俊　王晨阳　 李晓玲　张之宏　汉雨生　 (74)专利代理 机构 上海巅石知识产权代理事务 所(普通合伙) 31309 专利代理师 张琤　孙宋暄 (51)Int.Cl. C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6886(2018.01) (54)发明名称 一种基因诊断探 针及其应用 (57)摘要 本申请涉及一种基因诊断探针及其应用， 具 体涉及一种核酸分子组合， 所述核酸分子组合包 含至少一个覆盖一待测核酸的一目标区域的核 酸探针组， 所述核酸探针组至少包含覆盖目标区 域的上下链及其各自互补链的核酸探 针。 权利要求书2页 说明书15页 附图6页 CN 114438080 A 2022.05.06 CN 114438080 A 1.一种核酸分子组合， 其特征在于， 所述核酸分子组合中的核酸分子对于来源于目标 区域的核酸序列的结合自由能与对于来源于非目标区域的核酸序列的结合自由能相差大 于一特定阈值， 所述特定阈值 为约12至 50kcal/mo l。 2.如权利要求1所述的核酸分子组合， 其特征在于， 所述特定阈值为约20 ‑30kcal/mol， 优选为约20kcal/mo l。 3.一种核酸分子组合， 所述核酸分子组合包含至少一个覆盖一待测核酸的一目标区域 的核酸探针组， 其特征在于， 所述核酸探针组至少包含： (1)与第一链互补的第一探针， 所述 第一链为所述目标区域经过碱基替换后的序列； (2)与第二链互补的第二探针， 所述第二链 为所述目标区域的互补区域经过碱基替换后的序列； 并且包含以下两个探针中的任意一个 或同时包含两个： (3)与第三链互补的第三探针， 所述第三链与所述第一链互补； (4)与第四 链互补的第四探针， 所述第四链为第二链的互补序列。 4.如权利要求3所述的核酸分子组合， 其特征在于， 所述经过碱基替换的位点包含胞嘧 啶所在的位 点。 5.如权利要求3 ‑4中任一项所述的核酸分子组合， 其特征在于， 所述碱基替换包含通过 化学和/或生物过程取 得胞嘧啶替换为胸腺嘧啶或尿嘧啶的核酸序列。 6.如权利要求3 ‑5中任一项所述的核酸分子组合， 其特征在于， 所述碱基替换包含取得 所有的胞嘧啶都替换为胸腺嘧啶或尿嘧啶的核酸序列。 7.如权利要求3 ‑6中任一项所述的核酸分子组合， 其特征在于， 所述核酸探针组还包 含： (1)与第五链互补的第五探针， 所述第五链为所述目标区域未 经过碱基替换的序列； (2)与第六链互补的第六探针， 所述第六链为所述目标区域的互补区域未经过碱基替 换的序列； (3)与第七链互补的第七探针， 所述第七链与所述第五链互补； (4)与第八链互补 的第八探针， 所述第八链为第六链的互补序列。 8.如权利要求3 ‑7中任一项所述的核酸分子组合， 其特征在于， 所述核酸分子组合包含 覆盖所述待测核酸的10 000个或更多个不同目标区域的核酸探针组。 9.一种核酸分子组合， 所述核酸分子组合中对于20％甲基化水平的标准品的检测结果 符合以下指标： 波动为25％或更低、 和/或重复性为9E ‑05或更低； 优选地， 所述波动为检测 结果最大值与最小值的差值， 所述重复性 为复孔间甲基化水平均方误差中值。 10.一种核酸分子组合， 所述核酸分子组合中对于50％甲基化水平的标准品的检测结 果符合以下指标： 波动为27％或更低、 和/或重复性为9E ‑05或更低； 优选地， 所述波动为检 测结果最大值与最小值的差值， 所述重复性 为复孔间甲基化水平均方误差中值。 11.如权利要求1 ‑10中任一项所述的核酸分子组合， 所述核酸分子组合中的核酸分子 的长度为约80至约120个碱基、 所述核酸分子组合中的任意两个核酸分子重叠的区域包含 约10至约110个碱基和 /或所述核酸分子组合中的核酸分子所互补的区域不包含与重复区 域交叠10个或更多个的连续碱基。 12.一种试剂盒， 包 含权利要求1 ‑11中任一项 核酸分子组合。 13.如权利要求1 ‑11中任一项所述的核酸分子组合和/或如权利要求12所述的试剂盒 在制备人肿瘤基因检测制剂中的应用。 14.如权利要求13所述的应用， 所述检测制 剂用于检测目标区域的碱基修饰水平； 优选权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114438080 A 2地， 所述碱基修饰包 含甲基化 修饰。 15.如权利要求13 ‑14中任一项所述的应用， 其特征在于， 所述人肿瘤来自于同质肿瘤 (homogenous  tumors)、 异质肿瘤、 血液癌和/或实体瘤； 优选地， 所述人肿瘤来自于以下组 的癌症中的一种或多种： 脑癌、 肺癌、 皮肤癌、 鼻咽癌、 咽喉癌、 肝癌、 骨癌、 淋巴瘤、 胰腺癌、 皮肤癌、 肠癌、 直肠癌、 甲状腺癌、 膀胱癌、 肾癌、 口腔癌、 胃癌、 实体瘤、 卵巢癌、 食 管癌、 胆囊 癌、 胆道癌、 乳 腺癌、 宫颈癌、 子 宫癌、 前列腺癌、 头颈癌、 肉瘤、 胸腔恶性肿瘤(除肺外)、 黑色 素瘤、 和睾丸癌。 16.一种检测碱基修饰水平的方法， 包含提供如权利要求1 ‑11中任一项核酸分子组合 和/或权利要求12所述的试剂盒； 优选地， 所述碱基修饰包 含甲基化 修饰。 17.一种储 存介质， 其记载 可以运行权利要求16所述的方法的程序。 18.一种设备， 所述设备包 含权利要求17 所述的储 存介质。 19.如权利要求18所述的设备， 所述设备还包含耦接至所述储存介质的处理器， 所述处 理器被配置为基于存 储在所述储 存介质中的程序执 行以实现权利要求16所述的方法。 20.一种用作碱基修饰程度检测标准品的核酸分子， 其特征在于， 所述核酸分子包含碱 基修饰程度为约0％候选区域， 所述 候选区域的总长度为约1bp ‑约10000bp。 21.如权利要求20所述的核酸分子， 其特征在于， 所述核酸分子选自 以下细胞系中的一 种或多种： GM24385、 GM12878、 GM1287 7、 GM24631。 22.如权利要求20 ‑21中任一项所述的核酸分子， 所述碱基修饰程度包含所述候选区域 内胞嘧啶的 甲基化程度。 23.一种如权利要求20 ‑22中任一项所述的核酸分子中所述候选区域未经碱基修饰处 理的集合， 其用作未 经碱基修饰处 理的标准品的用途。 24.一种如权利要求20 ‑22中任一项所述的核酸分子中所述候选区域全部经碱基修饰 处理的集合， 其用作全部经碱基修饰处 理的标准品的用途。 25.如权利要求23或24所述的核酸分子， 通过预定比例混合所述未经碱基修饰处理的 标准品以及 全部经碱基修饰处理的核酸分子或标准品， 得到预定碱基修饰程度的甲基化标 准品。 26.如权利要求25所述的核酸分子， 其中所述全部经碱基修饰处理的核酸分子或标准 品的占比为20％或5 0％。 27.如权利要求24或26所述的核酸分子， 所述碱基修饰处理包含使所述核酸分子与甲 基化转移酶接触。 28.一种试剂盒， 包 含权利要求20 ‑27中任一项 核酸分子 。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114438080 A 3