(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210200747.6 (22)申请日 2022.03.02 (71)申请人 华中农业大 学 地址 430070 湖北省武汉市洪山区狮子山 街1号 (72)发明人 付亮亮　齐晓龙　代雪婷　李京津　 赵书红　李新云　赵云霞　 (74)专利代理 机构 武汉宇晨专利事务所(普通 合伙) 42001 专利代理师 江丽丽 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6837(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6869(2018.01) (54)发明名称 一种与猪生长速度性状相关的SNP分子标记 及其应用 (57)摘要 本发明属于猪 分子标记 技术领域， 具体涉及 一种与猪生长速度性状相关SNP分子标记及其应 用。 通过整 合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所 公开的58个品种的469头猪的重测序数据， 猪参 考基因组序列获得基因分型数据， 联合分析GWAS 信号与增强子 ‑启动子三维互作网络， 筛选得到 一种与猪生长速度性状相关的分子标记， 该标记 的核苷酸序列如SEQ  ID NO： 1和2所示， 在该序列 的第51位碱基处存在一个T/C的等位基因突变, TT基因型是猪生长 速度性状的有利标记。 权利要求书1页 说明书4页 序列表1页 附图2页 CN 114657260 A 2022.06.24 CN 114657260 A 1.一种与猪生长速度性状相关的SNP分子标记， 其特征在于， 所述分子标记的核苷酸序 列如SEQ ID NO.1和2所示， 第51位碱基是T或C， 导 致多态性。 2.权利要求1所述分子标记在猪生长速度性状选择中的应用， 其特征在于， SNP位点的 TT基因型是猪生长 速度性状的有利标记。 3.根据权利要求2所述的应用， 其特 征在于， 猪生长 速度性状为达 到100kg体重的日龄 。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114657260 A 2一种与猪生长速度性状相关的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明属于猪分子标记技术领域， 具体涉及一种与猪生长速度性状相关的SNP分 子标记及其应用。 背景技术 [0002]猪是家畜生产 中重要的经济动物。 一万年来， 猪和人类一直有着密切而复杂的关 系， 野猪出现在东南亚， 随后传播到欧亚大陆， 家猪源自欧亚野猪的驯化， 从驯化到现代育 种实践， 人类塑造了家猪的基因组。 (Groenen,M.A.,A.L.Archibald,H.Uenishi, C.K.Tuggle,Y.Takeuchi,M.F.Rothschild,C.Rogel ‑Gaillard,et  al.Analyses  of Pig  Genomes Provide Insight into Porcine Demography  and Evolution.Nature  491, no.7424(Nov  15 2012):393 ‑8.)。 经过几千年自然选择和人工选择， 欧洲猪种和亚洲猪种 之间存在很大 的遗传差异， 例如欧洲猪种拥有更高的瘦肉率和更快 的生长速度， 亚洲猪种 则脂肪含量更高， 并且拥 有高产仔数和早熟的优点(Rubin,C.J.,H.J.Megens,A.M artinez  Barrio,K.Maqbool,S.Sayyab,D.Schwochow,C.Wang,et  al.Strong  Signatures  of  Selection  in the Domestic  Pig Genome.Proc  Natl Acad Sci USA 109,no.48(Nov  27  2012):1952 9‑36.)。 [0003]在不同生长阶段测量的生长率是生猪育种计划的一个重要目标， 因为它直接关系 到经济优势。 通常用达到100kg体重的日龄(AGE)作为生长速度指标， 进行生长性状相关研 究(Hoque,M.,Suzuki,K.,Kadowaki,H.,Shibata,T.and  Oikawa,T.(2007),Genetic   parameters  for feed efficiency  traits and their relationships  with growth and  carcass traits in Duroc pigs.Journal  of Animal Breeding  and Genetics,124:108 ‑ 116.)。 因此， 探索发现生长速度遗传机制的相关分子标记有助于更好的展开猪的育种研 究。 [0004]全基因组关联分析(Genome ‑wide association  study,GWAS)作为一种关联分析 方法， 在复杂性状的相关研究中具有比连锁分析效果更好， 统计效力更高的优点， 最初是 1996年由首次提出的(Risch  N,Merikangas  K.The future of genetic studies of  complex human diseases.[J].Scienc e,1996,273(3):350 ‑354.)。 GWAS是通过LD检测基因 分型(或估算的)常见单核苷酸多态 性标记和未知因果变异之 间的关联的有力工具， 全基因 组关联分析已经被广泛应用于各类研究， 其中包括人类各种复杂疾病以及家畜重要经济性 状等等(Visscher  P M,Brown M A,McCarthy  M I,et al.Five years of GWAS discovery [J].The American  Journal of Human Genetics,2012,90(1):7 ‑24.)。 大多数遗传变异位 于假定的调控区域， 正确识别它们的目标基因需要注释顺式调控元件和 生理相关细胞/组 织类型的多层染色质层次。 我们之前 的工作系统地描述了4个猪种12个组织中的顺式调控 元件和LW中的染色质组织， 为探索三 维精细调控的转录调控奠定了坚实的基础。 然而， GWAS 系统和高分辨 率的定位 仍然缺乏， 特别是在复杂的肌肉相关性状的背景 下。 [0005]BL‑HiChIP(in  situ bridge‑linked Hi‑C followed  by chromatin  说　明　书 1/4 页 3 CN 114657260 A 3