(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210200462.2 (22)申请日 2022.03.02 (71)申请人 华中农业大 学 地址 430070 湖北省武汉市洪山区狮子山 街1号 (72)发明人 付亮亮　李京津　项月　齐晓龙　 赵书红　李新云　赵云霞　 (74)专利代理 机构 武汉宇晨专利事务所(普通 合伙) 42001 专利代理师 江丽丽 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种与猪眼肌深度性状相关的SNP分子标记 及其应用 (57)摘要 本发明属于猪 分子标记 技术领域， 具体涉及 一种与猪眼肌深度性状相关的SNP分子标记及其 应用。 通过整 合NCBI数据库和欧洲生物信息研究 所公开的58个品种的469头猪的重测序数据， 并 将重测序数据比对猪参考基因组序列获得基因 分型数据， 联合分析GWAS信号与增强子 ‑启动子 三维互作网络， 筛选得到一种与猪眼肌深度相关 的分子标记， 该标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO： 1和2所示， 在该序列的第51位碱基处存在一个C/ T的等位基因突变， TT基因型有利于猪拥有较高 的眼肌深度。 权利要求书1页 说明书3页 序列表1页 附图2页 CN 114657258 A 2022.06.24 CN 114657258 A 1.一种与猪眼肌深度性状相关的SNP分子标记， 其特征在于， 所述分子标记的核苷酸序 列如SEQ ID NO.1和2所示， 第51位碱基是T或C， 导 致多态性。 2.权利要求1所述的SNP分子标记在猪眼肌深度性状选择中的应用。 3.根据权利要求2所述的应用， 其特征在于， SNP位点的基因型为TT时有利于猪拥有高 的眼肌深度。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114657258 A 2一种与猪眼肌深度性状相关的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明属于猪分子标记技术领域， 具体涉及与猪眼肌深度性状相关SNP分子标记 及其应用。 背景技术 [0002]猪是畜牧生产 中重要的经济动物。 家猪作为人类最早驯化的家养动物之一， 起源 于东亚野猪(Sus  scrofa)， 从1万年前开始， 猪在欧亚大陆的多个地方被驯化(Groenen  MA, Archibald  AL,Uenishi  H,Tuggle  CK,Takeuchi  Y,Rothschild  MF,et al.Analyses  of  pig genomes  provide  insight  into porcine  demography  and  evolution.Nature.2 012； 491(7424):39 3‑8)。 野猪(S us scrofa)的驯化和随后高强度的人 工选择导致了家猪的许多性状的显著表型变化， 包括行为、 身体组成、 繁殖和被毛颜色 (Rubin CJ,Megens  HJ,Martinez  Barrio A,Maqbool  K,Sayyab  S,Schwochow  D,et  al.Strong  signatures  of selection  in the domestic  pig genome.Proc  Natl Acad  Sci U S A.2012； 109(48):19529 ‑36)。 由于驯化过程是相互独立的， 欧洲猪种和亚洲猪种 之间有着区别 分明的种质特色， 例如欧洲猪种拥有更高的瘦肉率和更大 的体型， 亚洲猪种 则脂肪含量更高， 并且拥有高产仔数和早熟的优点。 [0003]在猪的生产过程中， 猪的眼肌深度是重要的经济性状， 在生产活动及市场定价时 被用来评定生猪胴体品质(如 背膘和胴体瘦肉率)， 可以影响消费者的消费选择进而影响经 济效益(Pannier  L,Gardner  GE,Pearce  KL,McDonagh  M,Ball AJ,Jacob  RH,et  al.Associations  of sire estimated  breeding values and objective  meat quality  measurement s with sensory scores in Australian  lamb.Meat  Sci.2014； 96(2Pt  B): 1076‑87.)。 因此， 探索发现眼肌深度遗传机制的相关分子标记有助于更好的展开猪的育种 研究。 [0004]大多数遗传变异位于不编码的调控区域， 正确识别其靶基 因需要对顺式调控元件 在生理上相关的细胞或组织类型中的染色质互作进行重构。 BL ‑HiChIP， 是一种以蛋白质为 中心的染色质构象方法。 与ChIA ‑PET相比， BL ‑HiChIP将构象信息读取的产量提高了10倍以 上， 并将输入需求降低了100倍以上(Mumbach  MR,Rubin  AJ,Flynn RA,Dai C,Khavari  PA, Greenleaf  WJ,et al.HiChIP:efficient  and sensitive  analysis  of protein ‑ directed  genome architecture.Nature  Methods.2016； 13(11):919 ‑22.)， 可用于鉴定与 疾病相关的增强子与远端靶基因的作用(Mumbach  MR,Satpathy  AT,Boyle  EA,Dai C, Gowen BG,Cho SW,et al.Enhancer  connectome  in primary human cells identifies   target genes of disease‑associated  DNA elements.Nature  Genetics.2017； 49(11): 1602‑12.)， 同时将调控元件与靶基因联系起来， 揭示疾病中基因表达失调的潜在机制 (Song M,Yang X,Ren X,Maliskova  L,Li B,Jones IR,et al.Mapping  cis‑regulatory   chromatin  contacts  in neural cells links neuropsychiatric  disorder  risk  variants  to target genes.Nat  Genet.2019； 51(8):1252 ‑62.)。 本发明通过整合H3K27ac  说　明　书 1/3 页 3 CN 114657258 A 3