(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210198993.2 (22)申请日 2022.03.02 (71)申请人 中国热带农业科 学院椰子 研究所 地址 571339 海南省文昌市文清大道496号 (72)发明人 李静　杨耀东　王永　吴翼　肖勇　 刘蕊　张璐璐　曾春茹　 (74)专利代理 机构 深圳市千纳专利代理有限公 司 44218 专利代理师 张新蕊 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/686(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一组用于鉴别高种椰子的InDel标记及其应 用 (57)摘要 本发明提供了一组用于鉴别高种椰子的 InDel标记及其应用。 其中InDel标记引物对序列 如SEQ ID No.1‑2所示或如SEQ  ID No.3‑4所示， InDel标记引物组由SEQ  ID No.1‑2所述引物对 和SEQ ID No.3‑4所述引物对组成。 同时还公开 了包括所述InDel标记引物对或所述InDel标记 引物组的试剂盒。 采用本发明的InDel标记引物 对或InDel标记引物组或试剂盒对椰子进行PCR 扩增电泳， 即可根据电泳条带鉴别出高种椰子品 种， 可以在苗期到成年大树中随时检测， 鉴定准 确率高， 对于区分高种椰子具有重要意 义。 权利要求书1页 说明书4页 序列表1页 附图1页 CN 114634991 A 2022.06.17 CN 114634991 A 1.一组用于鉴别高种椰子的InDel标记引物对， 其特征在于， 所述InDel标记引物对如 SEQ ID No.1‑2所述引物对或者如SEQ  ID No.3‑4所述引物对。 2.一组用于鉴别高种椰子的InDel标记引物组， 其特征在于， 所述InDel标记引物组由 SEQ ID No.1‑2所述引物对和SEQ  ID No.3‑4所述引物对组成。 3.一种用于鉴别高种椰子的试剂盒， 其特征在于， 其包括权利要求1所述的InDel标记 引物对、 或者权利要求2所述的I nDel标记引物组。 4.根据权利要求3所述的试剂盒， 其特征在于， 其还包括进行PCR反应和/或电泳所需的 试剂。 5.权利要求1所述的InDel标记引物对、 或者权利要求2所述的InDel标记引物组、 或者 权利要求3或4所述的试剂盒在鉴别高种椰子中的应用。 6.一种鉴别高种 椰子的方法， 其特征在于， 采用权利要求1述的InDel标记引物对、 或者 权利要求2所述的I nDel标记引物组、 或者权利要求3或4所述的试剂盒进行。 7.根据权利要求6所述的方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： (1)提取椰子叶片 DNA； (2)采用I nDel标记引物对、 或I nDel标记引物组或试剂盒对椰子叶片 DNA进行PCR扩增； (3)对扩增结果进行凝胶电泳检测； (4)根据检测结果对不同品种椰子进行鉴别， 凝胶电泳与目的条带大小一致的是海南 高种椰子， 而存在 插入或缺 失片段使得电泳小于或大于目的条带或目的片段的是其他品种 椰子， 其中： 当所述InDel标记引物对为SEQ  ID No.1‑2所示引物对时， 目的条带或目的片段为 142bp； 当所述InDel标记引物对为SEQ  ID No.3‑4所示引物对时， 目的条带或目的片段为 141bp。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114634991 A 2一组用于鉴别高种椰子的InDel标记及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子生物学及生物信息学领域， 具体涉及一组用于鉴别高种椰子的 InDel标记 及其应用。 背景技术 [0002]椰子(Cocos  nucifera  L.)又叫胥椰、 胥余或越王头， 是棕榈科椰子属中唯一的一 个种， 属 于单子叶多年生常绿乔木， 是热带地区重要的木本油料作物， 也是食品能源作 物， 经济寿命达  25～60年， 自然 寿命可达10 0年以上。 [0003]按照常规分类方法可将椰子分为高种椰子、 矮种椰子以及介于高种和矮种之间的 中间类 型。 其中高种椰子的主要 特征为植株高大， 椰干基部膨大呈 “葫芦头”， 异花授粉； 而 矮种椰 子植株矮小， 椰干基部 没有“葫芦头”， 自花授粉， 经济寿命和自然寿命较 短； 中间类 型则 介于以上两者之间。 此外,在各类变种中根据果 实大小、 果 实形状和果皮颜色等， 又将 椰子种 质资源分为若干类型， 例如矮种椰子可根据果皮颜色 分为黄矮、 红矮、 绿 矮和褐矮。 [0004]海南高种椰子植株较为高大。 五年龄椰树茎秆可达3～5米， 茎干较粗壮， 抗风能力 强， 抗寒性较好， 椰衣含量较高， 果实较大， 果实的围径达50～60cm， 椰肉脂肪酸含量高 (60％ 以上)， 经济寿命 可达50～60年， 但存在生产周期长， 种植后7～8年才开花结果、 年产 果量 较少等缺点。 [0005]矮种椰子植株较矮， 五年龄椰树茎秆可达 1.5～2米。 茎干偏细， 抗台风、 抗寒力弱； 果 实较小， 果实围径大概30～40cm， 椰肉脂肪酸含量偏低。 经济寿命较短， 约25～30年。 但 其 种植后结果早(4～6年可开花结果)， 产果量高， 椰子水甜度高。 此外由于其产果量高、 种 质 纯， 育种中常作为杂交亲本(母本)用于 培育杂交种。 [0006]InDel标记(Insertion ‑Deletion)是在全基因组重测序的基础上开发的， 是等位 基因位点上  DNA插入或缺 失一段短序列产生的多态 性变异。 简单来说就是两个亲本在 全基 因组中的差  异， 对于其中的一个亲本基因组， 另外一个亲本中有一定数量的核苷酸的插入 或者缺失， 可以  根据基因组中插入或缺失的位点， 设计扩增这些位点的PCR引物， 就是 InDel标记。 [0007]InDels广泛分布在整个基因组中， 与其它的分子标记相比， 在基因组的相同位置 出现相 同大小的InDel标记的几率很小， 避免了后续分析的模糊性。 在基因组序列测 定的 基础上， InDel标记可以通过生物信息学的方法方便简单地获得。 与SSR标记相比， InDel标 记的扩增  产物带型清晰简单， 稳定性和产物分离效果均优于SSR标记。 InDel标记具有其它 分子标记  的优点。 基于全基因组重测序的InDel标记， 具有在基因组内分布广、 密度高、 多 态性强、 检测容易、 分型系统简单、 遗传稳定。 InDel标记适用于全基因组分子标记的开发， 目前已开  始应用于动植物群体遗传分析、 构建高密度分子标记遗传图谱和基因定位、 生物 的遗传多样性  分析、 分子 辅助育种以及人类法医遗传学、 医学诊断等领域。说　明　书 1/4 页 3 CN 114634991 A 3