(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210204999.6 (22)申请日 2022.03.02 (71)申请人 福建省农业科 学院水稻研究所 地址 350019 福建省福州市仓山区城门乡 连坂村 (72)发明人 杨德卫　何旎清　黄凤凰　余敏祥　 (74)专利代理 机构 福州科扬专利事务所(普通 合伙) 35001 专利代理师 林朝熙 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子 标记及应用 (57)摘要 本发明公开水稻稻瘟病抗性基因Pita的 dCAPS分子标记机应用， 稻瘟病抗性基因Pita功 能特异性分子标记为Pita ‑dCAPS； 所述Pita ‑ dCAPS分子标记利用引物对SEQ  ID NO.1和SEQ   ID NO.2从携带有稻瘟病抗性基因Pita的水稻品 种的基因组DNA中扩增出来， 并且可以被内切酶 Ecop151特异性识别， 而不含有抗性基因Pita水 稻品种的基因组DNA不能被内切酶Ecop151识别； 其 中 ，S E Q  I D N O . 1 ：5 ’ ‑ ATCACGGGTATGGATTTTTCA ‑3’； SEQ ID NO.2： 5’ ‑ GTGCATCTTCAACCTGACTTGA TGATTGTTTGA ‑3’； 本发 明获得的稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子 标记 能够应用于鉴别水稻品种中稻瘟病抗性基因 Pita。 权利要求书2页 说明书5页 序列表1页 附图1页 CN 114480715 A 2022.05.13 CN 114480715 A 1.一种水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记， 其特征在于： 稻瘟病抗性基因Pita 功能特异性分子标记为Pita ‑dCAPS； 所述Pita ‑dCAPS分子标记利用引物对SEQ  ID NO.1和 SEQ ID NO.2从携带有稻瘟病抗 性基因Pita的水稻品种的基因 组DNA中扩增出来； SEQ ID NO.1： 5’ ‑ATCACGGGTATGGATTTTTCA‑3’； SEQ ID NO.2： 5’ ‑GTGCATCT TCAACCTGACTTGATGATTGTTTGA‑3’。 2.如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记， 其特征在于： 所述 Pita‑dCAPS分子标记可以被内切酶E cop151特异性识别。 3.如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记， 其特征在于： 所述 稻瘟病抗 性基因Pita包括部分编码NBS ‑LRR类蛋白的基因片段SEQ  ID NO.3； SEQ ID NO.3： ATCACGGGTATGGATTTTTCATTCTATTCCCAGGTTACAACTTACAAGGATTATTGAGCTTCTTTCTTTCTC TGCCGTGGCTTCTATCTTTACCTGCTATGCATCT TCAACCTGACTTGATGATTGTTTGA。 4.如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记， 其特征在于： 所述 携带有稻瘟病抗 性基因Pita的水稻品种为水稻抗病品种福恢26 63。 5.水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS 分子标记的筛选方法， 其特征在于： 针对稻瘟病抗 性基因Pita位点序列比对， 筛查出Pita具有特异性的差异位点， 并在差异位点处设计dCAPS 分子标记。 6.如权利 要求5所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS 分子标记的筛选方法， 其特征 在于， 具体包括如下步骤： S1、 Pita碱基替换位点的分析： 从公共数据库中下载得到的Pita及其 同源的基因组序 列以及测序感病品种日本晴相 对应区域的基因组序列， 针对Pita位点进行序列比对， 筛查 Pita特异的、 能 区别于该位 点其他稻瘟病等 位抗性基因的差异位 点； S2、 酶切位点的确定： 根据步骤S1获得的Pita基因编码区的差异位点， 寻找特异的酶切 位点， 对应内切酶为E cop151； S3、 引物设计： 根据I nDel标记的设计原理， 在所述 InDel差异位 点处进行引物设计； S4、 选择水稻代表品种： 利用上述引物对， 以携带有稻瘟病抗性基因Pita的稻瘟病抗性 品种的总DNA为模板， 进行PCR扩增， 获得含有抗 性基因Pita的dCAP S分子标记的片段； S5、 酶切检测， 所获得的产物即为稻瘟病抗性基因Pita基因dCAPS分子标记Pita ‑ dCAPS。 7.水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS 分子标记的应用， 其特征在于： 利用权利 要求1至3 任一项所述的水稻稻瘟病抗病基因Pita的dCAPS分子标记来鉴别水稻品种稻瘟病抗性基 因。 8.如权利要求7所述的水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记的应用， 其特征在 于， 具体包括以下步骤： A1、 扩增： 利用SEQ  ID NO.1所示的引物F1和SEQ  ID NO.2所示的引物R1对待检测的水 稻品种的基因 组进行PCR； A2、 利用特异性内切酶E cop151对 含有Pita和不含有Pita的PCR产物进行酶切； A3、 检测： 利用琼脂糖电泳检测， 根据检测到的核苷酸片段的大小判断待检测的水稻品 种是否携带稻瘟病抗 性基因。权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114480715 A 29.如权利要求8所述的稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记的应用， 其特征在于： 在 步骤A3中若检测到分子量大小为98bp的核苷酸片段， 就是目的片段可以被内切酶Ecop151 酶切， 则待检测的水稻品种携带有稻瘟病抗性基因Pita； 若检测到分子量大小为 123bp的核 苷酸片段， 就是目的片段不能被内切酶Ecop151酶切， 则待检测的水稻品种不携带稻瘟病抗 性基因Pita。 10.一种鉴别水稻品种稻瘟病抗性的试剂盒， 其特征在于： 核酸序列如SEQ  ID NO.1和 SEQ ID NO.2所示的引物对， 还 包括包括特异性内切酶E cop151。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114480715 A 3