(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 20221021071 1.6 (22)申请日 2022.03.03 (71)申请人 佛山市南海百容水产良种有限公司 地址 528000 广东省佛山市南海区丹灶镇 下安村外沙围 申请人 阳新县百容水产良种有限公司 (72)发明人 陈柏湘　艾丽　尹建雄　陈科洁　 张美东　 (74)专利代理 机构 北京金智普华知识产权代理 有限公司 1 1401 代理人 张晓博 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6879(2018.01) C12N 15/11(2006.01)G16B 20/20(2019.01) (54)发明名称 一种江黄颡鱼性别相关SNP分子标记及其应 用 (57)摘要 本申请公开了一种江黄颡鱼性别相关SNP分 子标记及其应用。 与江黄颡鱼性别相关SNP分子 标记为SEQ  ID NO.1所示序列自5 ’端起100、 101 位碱基， 分别是TC或AT， 所述SNP分子标记为TC/ AT杂合基因型的个体为雄性江黄颡鱼， 所述SNP 分子标为TC 纯合基因型的个体为雌性江黄颡 鱼。 通过鉴别该SNP分子标记， 能够快速、 简便、 准确 鉴别江黄颡的于遗传性别， 从而能够推动江黄颡 鱼性别控制育种、 单性养殖技术及产业发展， 带 来巨大的经济效益。 权利要求书2页 说明书7页 序列表1页 附图3页 CN 114395634 A 2022.04.26 CN 114395634 A 1.一种江黄颡鱼性别相关SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP分子标记为SEQ  ID NO.1 所示序列自5 ’端起第10 0、 101位碱基， 分别是TC或AT。 2.根据权利要求1所述的SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP分子标记为TC/AT杂合基 因型的个 体为雄性江黄颡鱼， 所述SNP分子标为TC纯合基因型的个 体为雌性江黄颡鱼。 3.一组用于扩增权利 要求1或2所述SNP 分子标记SEQ  ID NO.1序列的引物对， 其特征在 于， 所述引物对的序列如下： P1:如SEQ ID NO.2所示； P2:如SEQ ID NO.3所示。 4.一种鉴定江黄颡鱼遗传性别的方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： 提取江黄颡鱼待检样本基因 组DNA； 以权利要求3所述的引物进行PCR扩增， 得到PCR产物； 对所述PCR产物进行分组后， 获得分离曲线， 从而鉴定江黄颡鱼雌、 雄 性别。 5.一种检测如权利要求1或2所述的SNP标记的试剂 盒， 其特征在于， 所述试剂盒包含权 利要求3所述引物以及其 他用于扩增所述SNP标记的试剂。 6.权利要求1或2所述SNP分子标记的筛选方法， 其特征在于， 所述筛选方法包括以下步 骤： 获得原始序列集， 所述原始序列集是对DNA样本的进行全基因组测序得到的原始序列 集合构成， 所述DNA样本包括 雄性混合池、 雌性混合池、 8个雄 性单样本和8个雌性单样本； 获得参考序列， 所述参考序列是将所述原始序列分别进行过滤和电子酶切以得到分别 与所述雄性混合池、 所述雌性混合池、 所述8个雄性单样本和所述8个雌性单样本对应的酶 切片段集， 挑选具有 数量较多的特异片段的雄性单样本或 中雌性单样本对应的酶切片段集 进行串联， 即为 参考序列； 获得候选SNPs， 将所述参考序列与来源于所述雄性混合池的酶切片段集或来源于所述 雌性混合池的酶切片段集与所述参考序列比对， 从对应的酶切数据集中得到与参考序列不 一致具有单核苷酸多态性 位点的序列， 以作为 候选SNPs； 以及 获得与与江黄颡鱼性别相关SNP分子标记。 7.根据权利要求6所述的筛 选方法， 其特 征在于， 获得参 考序列的步骤具体包括： 将所述原 始序列集过 滤以得到过 滤序列集； 将所述过滤序列集进行电子酶切以得到酶切片段集， 所述酶切片段集包括来源于所述 雄性混合池的第一酶切片段集、 来源于所述雌性混合池的第二酶切片段集、 来源于所述8个 雄性单样本的8个第三酶切片段集以及来源于所述8个雌性单样本的8个第四酶切片段集； 进行第一比对， 是将所述第一酶切片段集与所述第二酶切片段集进行比对， 以获得仅 存在于所述第一酶切片段集的第一特异片段以及仅存在于所述第二酶切片段集的第二特 异片段； 进行第二比对， 是比较所述第 三酶切片段集中包含的所述第 一特异化片段的数量与在 所述第四酶切片段集中包 含的所述第二特异化片段的数量大小： 若第一特异片段在第 三酶切片段集中出现的数量大于第 二特异片段的数量， 则对随机 挑选1个雄性单样本对应的过滤序列集中的全部过滤序列进行串联， 以作为参考序列； 反 之， 则对随机挑选1个雌性单样本对应的过滤序列集中的全部过滤序列进 行串联， 以作为参权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114395634 A 2考序列。 8.根据权利要求7 所述的筛 选方法， 其特 征在于， 获得候选SNPs的步骤具体包括： 进行第三比对， 将所述参考序列与 所述第一酶切片段集或所述第 二酶切片段集进行比 对， 从所述第二酶切片段集或第一酶切片段集中得到与参考序列不一致的具有SNPs的序 列， 以作为 候选SNPs。 9.根据权利要求7所述的筛选方法， 其特征在于， 从所述第 二酶切片段集或所述第 一酶 切片段集中得到与参 考序列不 一致的具有SNPs的序列的条件 包括以下至少一项： 所述候选SNPs是否出现在同一个15 0bp长度的第二酶切片段集或第一酶切片段集中； 所述候选SNP s是否出现同一个150bp长度的第二酶切片段集或第一酶切 片段集的同一 个酶切片段中且相距不超过3 0bp； 以及 所述候选SNP s是否出现在同一个150bp长度的第二酶切片段集或第一酶切片段集中次 数较多。 10.根据权利要求8所述的筛选方法， 其特征在于， 获得与 江黄颡鱼性别相关SNP分子标 记的步骤具体包括： 进行第四比对， 含有候选SNPs的序列分别与来源于8个雄性单样本和 8个雌性单样本的 过滤序列数据集进行比对， 以判断含有候选SNPs的序列在8个雄性单样本中是否全部为杂 合的， 以及在8尾雌性单样本中是否都是纯合的： 如果是则可确 定为待选SNPs， 否则即可排 除； 对待选SNPs设计引物， 并以及 该引物对待选SNP s进行PCR扩增， 并获得扩增产物的分离 曲线； 根据分离曲线确定性别， 判断确定的性别与样本的真实性别是否一致， 若一致则得到 与江黄颡鱼性别相关的SNP分子标记； 否则即排除。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114395634 A 3