(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210201003.6 (22)申请日 2022.03.03 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114317812 A (43)申请公布日 2022.04.12 (73)专利权人 中国农业科 学院生物技 术研究所 地址 100081 北京市海淀区中关村南大街 12号 (72)发明人 王娟　朱睿　梁宇航　权瑞党　 秦华　黄荣峰　 (74)专利代理 机构 北京诚呈知识产权代理事务 所(普通合伙) 11883 专利代理师 杨凌波 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01)C12Q 1/6837(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (56)对比文件 CN 108486273 A,2018.09.04 CN 109371 162 A,2019.02.2 2 审查员 张丽颖 (54)发明名称 一种水稻耐盐性相关的分子标记及其应用 (57)摘要 本发明公开了一种水稻耐盐性相关的分子 标记及其应用。 所述分子标记是通过全基因组关 联分析得到， 包括水稻参考基因组第3号染色体 上的第1796216bp处的核苷酸单碱基突变、 第 1797072bp处的核苷酸单碱基突变、 第1797131bp 和1797132bp处的两个核苷酸碱基突变、 第 1797233bp处的9 个核苷酸碱基缺失。 利用本发明 提供的所述分子标记， 可 以快速、 准确地检测水 稻OsDSK2a 基因的耐盐基因型， 有利于该基因在 水稻耐盐性分子 育种中的高效应用。 权利要求书1页 说明书4页 序列表2页 附图1页 CN 114317812 B 2022.05.20 CN 114317812 B 1.水稻耐盐性相关的分子标记在水稻育种中的应用， 其特征在于， 所述分子标记为 SNP_3_1796216_T/C、 SNP_3_1797072_T/C、 SNP_3_1797131_GG/AT和INDEL_3_1797233_ GTATGAGGC/‑的组合； 所述分子标记SNP_3_1796216_T/C位于水稻第3号染色体上的第1796216bp处， 存在核 苷酸单碱基突变T/ C； 所述分子标记SNP_3_1797072_T/C位于水稻第3号染色体上的第1797072bp处， 存在核 苷酸单碱基突变T/ C； 所述分子标记SNP_3_1797131_  GG/AT位于水稻第3号染色体上的第1797131bp处， 存在 连续两个核苷酸碱基突变G G/AT； 所述分子标记INDEL_3_1797233_  GTATGAGGC/ ‑位于水稻第3号染色体上的第 1797233bp处， 存在9个核苷酸碱基缺失。 2.检测权利要求1所述水稻耐盐性相关的分子标记的引物对， 其特征在于， 检测分子标 记SNP_3_1796216_T/C的引物对为特异上游引物X1F、 Y1F和下游通用引物C1R， 引物序列分 别如序列表SEQ  ID NO： 1‑3所示； 检测分子标记SNP_3_1797072_T/C的引物对为特异上游引物X2F、 Y2F和下游通用引物 C2R， 引物序列分别如序列表SEQ  ID NO： 4‑6所示； 检测分子标记SNP_3_1797131_  GG/AT的引物对为特异上游引物X3F、 Y3F和下游通用引 物C3R， 引物序列分别如序列表SEQ  ID NO： 7‑9所示； 检测分子标记INDEL_3_1797233_  GTATGAGGC/ ‑的引物对为特异上游引物4F和下游引 物4R， 引物序列分别如序列表SEQ  ID NO： 10‑11所示。 3.一种水稻基因OsDSK2a耐盐基因型的检测方法， 其特征在于， 以水稻基因组DNA为模 板， 利用权利要求2所述引物进行PCR反应检测； 若前三组引物检测到引物核苷酸序列SEQ   ID NO： 1、 SEQ  ID NO： 4、 SEQ  ID NO： 7所对应的碱基， 第四组引物检测PCR产物大小为125bp 的， 判定水稻样品为纯合的不耐盐OsDSK2a基因型； 若前三组引物检测到引物核苷酸序列 SEQ ID NO： 2、 SEQ  ID NO： 5、 SEQ  ID NO： 8所对应的碱基， 第四组引物检测PCR产物大小为 116bp的， 判定水稻样品为纯合的耐盐OsDSK2a基因型； 若 同时检测到引物核苷酸序列SEQ   ID NO： 1、 SEQ ID NO： 2、 SEQ  ID NO： 4、 SEQ  ID NO： 5、 SEQ  ID NO： 7、 SEQ  ID NO： 8所对应的碱 基和125bp、 1 16bp的PCR产物， 则判定水稻样品为杂合的耐盐O sDSK2a基因型。 4.一种检测权利要求1所述分子标记的试剂 盒， 其特征在于， 所述试剂 盒中包括权利要 求2所述引物。 5.一种基因芯片， 其特征在于， 所述基因芯片包括核苷酸序列如序列表SEQ  ID NO： 1‑ 11所示的引物。 6.一种水稻育种方法， 其特征在于， 按照权利要求3所述检测方法对水稻基因OsDSK2a 的基因型进行检测， 选择携带耐盐O sDSK2a基因型的水稻样品进行后续育种。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114317812 B 2一种水稻耐盐性相关的分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明属于作物遗传育种技 术领域， 具体涉及一种水稻耐盐性相关的分子标记。 背景技术 [0002]我国可利用的盐碱地约有5.5亿亩， 可开发潜力巨大， 是我国重要的潜在耕地资 源。 这些盐碱地主要分布在东北、 华北、 西北内陆地区以及长江以北沿海地区。 通过培育耐 盐碱作物品种和科学改良盐碱地是开 发利用这些土地资源的重要 前提， 而挖掘鉴定作物重 要耐盐碱基因并开发分子标记， 是加速耐盐碱作物品种培 育过程的最经济有效的手段。 [0003]水稻是我国重要的粮食作物之一， 对盐胁迫高度敏感， 在盐胁迫条件下水稻的生 长发育和产量均会受到严重限制。 目前发现提高水稻耐盐性的基因并不一定保持产量的稳 定，OsDSK2a是一个平衡水稻生长发育和耐盐性的关键基因， 其低水平的表达可使水稻维持 较低的代谢水平以提高对盐胁迫的适应。 OsDSK2a通过调控赤霉素代谢调控因子EUI的稳定 性影响水稻体内活性 赤霉素的含量， 其功能缺失后对植株的生长发育影响较小， 但可提高 水稻耐盐性， 使盐胁迫下 水稻的产量保持稳定 。 [0004]由于许多基因的自然变异位点往往会导致基 因的功能增强或减弱， 其中的优异等 位变异可用于作物分子育种， 分子标记技术能实现对优异性状的快速高能量筛选， 因此在 作物遗传改良中被广泛使用。 作物耐盐性是一个十分复杂的多位点控制的数量性状， 但目 前关于水稻耐盐分子标记的挖掘还远 远不够。 发明内容 [0005]本发明的目的是提供一种与水稻耐盐性相关的分子标记及其应用， 为水稻耐盐性 遗传改良提供基因资源。 本发明还提供了用于水稻耐盐基因 OsDSK2a 的SNP分子标记和 INDEL分子标记分别对应的引物组和检测方法， 可同时结合KASP方法和电泳检测技术对样 品进行精准 鉴定。 [0006]一种水稻耐盐性相关的分子标记， 所述分子标记包括SNP _3_1796216_T/C、 SNP _3_ 1797072_T/ C、 SNP_3_1797131_G G/AT、 INDEL_3_179723 3_GTATGAG GC/‑； [0007]所述分子标记SNP_3_1796216_T/C位于水稻第3号染色体上的第1796216bp 处， 存 在核苷酸单碱基突变T/ C； [0008]所述分子标记SNP_3_1797072_T/C位于水稻第3号染色体上的第1797072bp 处， 存 在核苷酸单碱基突变T/ C； [0009]所述分子标记SNP _3_1797131_  GG/AT位于水稻第3号染色体上的第1797131b p处， 存在连续两个核苷酸碱基突变G G/AT； [0010]所述分子标记INDEL_3_1797233_  GTATGAGGC/ ‑位于水稻第3号染色体上的第 1797233bp处， 存在9个核苷酸碱基缺失。 [0011]检测所述水稻耐盐性相关的分子标记的引物对， 包括检测分子标记SNP_3_ 1796216_T/C的引物对包括特异上游引物X1F、 Y1F和下游通用引物C1R， 引物序列分别如序说　明　书 1/4 页 3 CN 114317812 B 3