(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210206840.8 (22)申请日 2022.03.04 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114480673 A (43)申请公布日 2022.05.13 (73)专利权人 江苏省家禽科 学研究所 地址 225000 江苏省扬州市邗江区仓颉路 58号 (72)发明人 刘一帆　束婧婷　章明　邹剑敏　 屠云洁　单艳菊　姬改革　巨晓军　 盛中伟　贾晓旭　周成浩　李云雷　 (74)专利代理 机构 南京源点知识产权代理有限 公司 32545 专利代理师 王佳妹(51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6837(2018.01) C12N 15/11(2006.01) 审查员 武雪梅 (54)发明名称 一种基于靶向捕获测序的鸡低密度SNP液相 芯片及其应用 (57)摘要 本发明公开了一种基于靶向捕获测序的鸡 低密度SNP液相芯片及其应用， 本发明的芯片中 含有包括5912个SNP位点， 其中与屠宰型鸡品种 经济性状显著关联的2582个， 来源于33个中国代 表性地方鸡品种全基因组重测序数据及相关研 究， 适合于地方鸡品种的资源评价和亲缘鉴定， 以及屠宰型肉鸡品种经济性状遗传改良中的应 用。 同时， 本发明的鸡低密度液相芯片可 以通过 直接增减探针的方式对目标SNP位点进行调整， 与固相芯片相比具有更好的灵活性。 权利要求书1页 说明书41页 附图2页 CN 114480673 B 2022.12.23 CN 114480673 B 1.检测鸡全基因组5912个SNP分子标记组合的探针在制备鸡全基因组低密度SNP芯片 中的应用， 其特征在于， 所述芯片为液相芯片， 该芯片由检测鸡全基因组5912个SNP分子标 记组合的探针制得， 所述SNP分子标记在鸡参考基因组GRCg6a上的染色位置和编号如说明 书表1所示。 2.权利要求1中所述的鸡全基因组低密度SNP芯片在屠宰型肉鸡品种经济性状遗传改 良中的应用， 所述经济性状包括， 90日龄饲料报酬和体重、 屠宰产品得率、 鸡冠发育、 皮肤毛 孔密度、 五趾、 皮肤颜色、 胫部颜色、 鸡距长度、 肌纤维面积、 肌纤维类型分布。 3.根据权利要求2所述的应用， 其特征在于， 所述屠宰产品得率包括胸肌、 腿肌、 翅膀屠 宰得率。 4.权利要求1中所述的鸡全基因组低密度SNP芯片在鸡遗传多样性评价、 地方鸡保种效 果评价、 鸡亲缘关系鉴定、 鸡品种鉴定及鸡全基因 组关联分析中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114480673 B 2一种基于靶向捕获测序的鸡低密 度SNP液相芯片及其应用 技术领域 [0001]本申请属于基因芯片 技术领域， 涉及一种基于靶向捕获测 序的鸡低密度  SNP液相 芯片及其应用。 背景技术 [0002]单核苷酸多态性(Single  Nucleoti de Polymorphism， SNP)作为最新一代分子标 记， 因其数量多、 分布广、 多态 性丰富和易于检测等优势， 在医学诊断、 农业育种等领域得到 广泛的应用。 随着分子生物学及相关学科 的飞速发展， 越来越多的物种基因组测序陆续完 成， 高通量SNP检测技 术应运而生， 以满足不断增长的基因 组水平SNP检测需求。 [0003]目前高通量SNP检测技术主要采用固相芯片和测序两种策略。 固相芯片基于探针 与DNA序列的互补杂交， 通过标记物的荧光信号进行分型， 拥有分型准确度高、 周期短等优 势， 但也存在单位 点分型成本高、 不 易于定制等缺点。 [0004]现有的商业化鸡SNP芯片主要包括Illumina  60K、 Axiom  600K、 Pheno ixChip ‑I (Illumina  50K)和IASCHICK(Illumina  50K)， 已经被育种企业和科研单位广泛采用， 主要 应用于鸡基因组选择、 种质资源遗传多样性分析、 亲缘关系鉴定、 基因组关联分析等。 这些 固相芯片SNP密度普遍较高， 因而分型成本较高， 目前市场上缺少中低密度SNP芯片。 同时由 于这些芯片主 要基于国外高产品种设计， 在我国地方家禽品种中应用存在一些限制。 [0005]适合屠宰上市的黄羽肉鸡品种一般胸腿肌发育和 肉质较好， 具有较早的上市日 龄， 且需拥有明显的屠体外观特色。 2021  年， 江苏省家禽科学研究所联合江苏立华牧业股 份有限公司成功培育了国内首个屠宰加工型黄羽肉鸡—— “花山鸡”(http:// xh.xhby.net /pc/con/2 02112/10/c  ontent_1006062.html)。 目前， 鸡屠体外观等屠宰型品 种相关的经济性状仍以常规选择为主， 相关的分子标记研究和应用有待完善， 尚无适合屠 宰型品种选 育的基因芯片。 发明内容 [0006]本发明为了克服上述技术问题， 提供了一种基于靶向捕获测序的鸡低密度SNP液 相芯片， 包括5912个SNP位点。 本发 明的鸡低密度液相芯片可用于我国地方鸡屠宰性状基因 组选择育种 、 遗传多样性分析、 品种鉴定、 亲缘关系鉴定以及全基因 组关联分析。 [0007]本发明第一方面， 提供了一种鸡全基因组SNP分子标记组合， 所述鸡全基因组SNP 分子标记组合由5912个SNP分子标记组成， 所述SNP分子标记在鸡参考基因组GRCg6a上的位 置如表1中NO.0 01至NO.5912所示。 [0008]表1 5912个SNP分子标记位置说　明　书 1/41 页 3 CN 114480673 B 3