(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210242595.6 (22)申请日 2022.03.11 (71)申请人 上海交通大 学 地址 200240 上海市闵行区东川路80 0号 (72)发明人 师咏勇　张满仓　 (74)专利代理 机构 北京纪凯知识产权代理有限 公司 11245 专利代理师 张立娜 (51)Int.Cl. C12Q 1/6869(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6806(2018.01) C12Q 1/6886(2018.01) C12Q 1/6883(2018.01) (54)发明名称 一种基于暗探针技术的NGS靶向捕获方法及 其在差异深度测序中的应用 (57)摘要 本发明公开了一种基于暗探针技术的NGS靶 向捕获方法及其在差异深度测序中的应用。 本发 明提供了一种同时检测全基因组目的区域范围 内外显子和SNP位点的靶向捕获高通量测序方 法， 包括： 根据所述目的区域的核苷酸序列设计 能够捕获所述目的区域内全部外显子和全部SNP 位点的两组原始探针； 两组原始探针中有一组同 时存在标记和不标记的两种形式， 另一组只存在 标记形式； 将两组探针按照标记探针比例不同进 行配比组合然后与待测基因组文库杂交， 得到捕 获文库； 高通量测序。 本发明的暗探针捕获法比 标准的外显子测序操作相同的单管反应下根据 不同区域的需求控制测序覆盖度， 显著提高NGS 的数据利用率。 本发明的暗探针方法可以作为 WGS的高性 价比的替代方案 。 权利要求书2页 说明书7页 附图3页 CN 114540474 A 2022.05.27 CN 114540474 A 1.一种同时检测全基因组目的区域范围内外显子和SNP位点的靶向捕 获高通量测序方 法， 包括如下步骤： (a1)根据所述目的区域的核苷酸序列设计两组原 始探针； 所述两组原始探针分别为能够捕获所述目的区域内全部外显子的捕获探针1， 能够捕 获所述目的区域内全部SNP位 点的捕获探针2； (a2)制备 经标记物标记的原 始探针和未 经标记物标记的原 始探针； 所述经标记物标记的原始探针是指步骤(a1)中所述两组原始探针均经标记物标记； 所 述未经标记物标记的原始探针是指步骤(a1)中所述两组原始探针中的任一组未经标记物 标记； (a3)将步骤(a2)中所述经标记物标记的原始探针和所述未经标记物标记的原始探针 与待测基因组文库进 行杂交， 利用能够与所述标记物相结合的固相载体从杂交产 物中分离 得到捕获文库； (a4)将步骤(a3)所 得捕获文库进行高通 量测序。 2.根据权利要求1所述的方法， 其特征在于： 步骤(a1)中， 所述两组原始探针中的各探 针在与所述目的区域结合时， 在所述目的区域上的任何两个相邻的探针均满足上游探针的 下游有一个或多个核苷酸与下游探针的上游重 叠。 3.根据权利 要求1或2所述的方法， 其特征在于： 步骤(a2)中， 所述未经标记物标记的原 始探针为未 经标记物标记的所述捕获探针2。 4.一种对全基因组目的区域范围内全部外显子和SNP位点进行差异捕获的方法， 包括 权利要求1 ‑3任一所述方法中的步骤(a1) ‑(a3)。 5.根据权利要求1 ‑4中任一所述的方法， 其特征在于： 所述目的区域为全基因组或者为 全基因组中的一部分。 6.根据权利要求1 ‑5中任一所述的方法， 其特征在于： 所述全基因组为人类基因组DNA 标准品。 7.根据权利要求6所述的方法， 其特征在于： 所述人类基因组DNA标准品为人类基因组 DNA标准品NA12878； 或 所述标记物为生物素； 所述 “能够与所述标记物相结合的固相载体 ”为标记有链霉亲和 素的磁珠。 8.根据权利要求1 ‑7中任一所述的方法， 其特征在于： 所述经标记物标记的原始探针 为： 经生物素标记的所述捕获探针1和经生物素标记的所述捕获探针2； 所述未经标记物标 记的原始探针为未 经生物素 标记的所述捕获探针2。 9.成套探针， 由权利要求1 ‑8任一中所述的经标记物标记的原始探针和所述未经标记 物标记的原 始探针组成。 10.如下任一应用： (A1)权利要求4 ‑8中任一所述的对全基因组目的区域范围内全部外显子和SNP位点进 行差异捕获的方法或利用该方法所获得的捕获文库或权利要求9所述的成套探针在同时检 测全基因 组目的区域范围外 显子和SNP位 点的靶向捕获高通 量测序中的应用； (A2)权利要求9所述的成套探针在对全基因组目的区域范围内全部外显子和SNP位点权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114540474 A 2进行差异捕获中的应用； (A3)权利要求1 ‑9中任一所述的同时检测全基因组目的区域范围外显子和SNP位点的 靶向捕获 高通量测序方法或权利要求4 ‑8中任一所述的对全基因组目的区域范围内全部外 显子和SNP位点进行差异捕获的方法或利用权利要求4 ‑8中任一所述的对全基因组目的区 域范围内全部外显子和SNP位点进行差异捕获的方法获得的捕获文库或权利要求9所述的 成套探针在 如下任一中的应用： X1)遗传病检测； X2)制备遗传病检测产品； X3)癌症检测； X4)制备癌症检测产品； X5)全基因 组关联分析检测； X6)制备全基因 组关联分析检测产品。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114540474 A 3