(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210279909.X (22)申请日 2022.03.22 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114369688 A (43)申请公布日 2022.04.19 (73)专利权人 深圳联合医学 科技有限公司 地址 518052 广东省深圳市南 山区西丽留 仙洞留仙文化园 （桑泰科技园） 6 栋202 (72)发明人 谭爱女　郭永超　王艳平　 (74)专利代理 机构 北京派特恩知识产权代理有 限公司 1 1270 专利代理师 胡亮　张颖玲 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01) C12Q 1/6851(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12R 1/93(2006.01) (56)对比文件 CN 111455114 A,2020.07.28 CN 114107574 A,202 2.03.01 CN 111979353 A,2020.1 1.24 CN 113881812 A,202 2.01.04CN 110172497 A,2019.08.27 CN 111719016 A,2020.09.2 9 CN 106350595 A,2017.01.25 CN 113981152 A,202 2.01.28 CN 114085928 A,202 2.02.25 AU 2021103139 A4,2021.08.26 CN 111304372 A,2020.0 6.19 AU 2021103139 A4,2021.08.26 CN 113005226 A,2021.0 6.22 Wei Lin Lee 等.“Quantitative detection of SARS- CoV-2 Omicron BA.1 and BA.2 variants i n wastewater through allele-speci fic RT-qPCR ”. 《https： // www.medRxiv.org》 .202 2, Carmina A. Perez -Romero 等. “SARS-CoV- 2 Omicron Variant AI-based Primers ”. 《https： //www.bioRxiv.org》 .202 2, (续) 审查员 陈小燕 (54)发明名称 检测SARS-CoV-2奥密克戎变异 株的组合物、 试剂盒、 方法及其用途 (57)摘要 本发明属于分子生物学检测领域； 具体地， 涉及SARS ‑CoV‑2的检测； 更具体地， 涉及检测 SARS‑CoV‑2奥密克戎变异株的组合物、 试剂盒、 方法及其用途。 本发明提供了包含 所述组合物的 试剂盒， 所述组合物的用途， 以及用于检测SARS ‑ CoV‑2奥密克戎变异株并分型的方法。 通过检测 SARS‑CoV‑2奥密克戎变异株的5个不同的特征功 能变异位点， 对奥密克戎变异株进行分型， 从而 在单管反应体系中同时实现SARS ‑CoV‑2病毒及 奥密克戎变异 株分型的检测。 本发 明的组合物成本低， 通量高， 操作 简便， 结果读取过程通过熔解 峰Tm值即可以判定。 检测全 过程均在单管封闭条 件下进行， 避免了假阳性和环境污染。 [转续页] 权利要求书2页 说明书7页 序列表3页 附图6页 CN 114369688 B 2022.06.03 CN 114369688 B (56)对比文件 Taxiarchis Chassalevris 等. “Wastewater mo nitoring using a novel, cost-effective PCR-based method that rapidly captures the t ransition patterns of SARS- CoV-2 variant prevalence (from Delta to O micron)in the absence of conventional survei llance evidence ”. 《https： //www.medRxiv.org》 .202 2, Priscilla S.-W. Yeung 等. “Evaluati on of a Rapid and Ac cessible RT-qPCR Approach for SARS- CoV-2 Variant of Concern Identificati on”. 《https： // www.medRxiv.org》 .202 2,2/2 页 2[接上页] CN 114369688 B1.一种用于多重荧光PCR熔解曲线分析检测并区分SARS ‑CoV‑2奥密克戎变异株BA.1和 BA.2的组合物， 所述组合物同时包括第一、 第二、 第三以及第四核酸组合物： 所述第一核酸组合物由 如SEQ ID NO:1所示的上游引物、 如SEQ  ID NO:2所示的下游引物和如SEQ  ID NO:3所 示的探针组成， 用于检测突变G142D； 所述第二核酸组合物由 如SEQ ID NO:4所示的上游引物、 如SEQ  ID NO:5所示的下游引物和如SEQ  ID NO:6所 示的探针组成， 用于检测突变G3 39D； 所述第三核酸组合物由 用于检测 突变L981F的如SEQ  ID NO:7所示的上游引物、 如SEQ  ID NO:8所示的下游引 物、 如SEQ ID NO:9所示的探针和 用于检测突变S373P的如SEQ  ID NO:10所示的上游引物、 如SEQ  ID NO:11所示的下游 引物、 如SEQ  ID NO:12所示的探针组成； 所述第四核酸组合物由 如SEQ ID NO:13所示的上游引物、 如SEQ  ID NO:14所示的下游引物和如SEQ  ID NO:15 所示的探针组成， 用于检测突变N969K； 其中， 所述第 一、 第二、 第 三以及第四核酸组合物之间的探针的荧光基团彼此互不相同 且互不干扰。 2.根据权利要求1所述的组合物， 其中， 如SEQ  ID NO:3所示的探针的荧光报告基团为 FAM； 如SEQ  ID NO:6所示的探针的荧光报告基团为HEX； 如SEQ  ID NO:9和12所示的探针的 荧光报告基团为ROX； 如SEQ  ID NO:15所示的探针的荧 光报告基团为C Y5。 3.根据权利要求1所述的组合物， 其中， 所述组合物包括通用上游引物以及通用下游引 物， 其中， 所述通用上游引物连接在上游引物的5 ’末端； 所述通用下游引物连接在下游引物 的5’末端。 4.根据权利要求3所述的组合物， 其中， 所述组合物还包括： 如SEQ  ID NO:16所示的通 用上游引物和如SEQ  ID NO:17所示的通用下游引物。 5.根据权利要求1~4中任一项所述的组合物， 其中， 所述组合物的各组核酸组合物存在 于同一个包 装中。 6.权利要求1~5中任一项所述的组合物在制备用于多重荧光PCR熔解曲线分析检测并 区分SARS ‑CoV‑2奥密克戎变异株BA.1和BA.2的试剂盒中的用途。 7.一种用于多重荧光PCR熔解曲线分析检测并区分SARS ‑CoV‑2奥密克戎变异株BA.1和 BA.2的试剂盒， 所述试剂盒包括权利要求1~5中任一项所述的组合物。 8.根据权利要求7所述的试剂盒， 其中， 所述试剂盒还包括核酸释放试剂、 核酸提取试 剂、 dNTP、 逆转录酶、 尿嘧啶糖 基化酶、 DNA聚合酶、 PCR缓冲液以及Mg2+中的至少一种。 9.一种用于以非诊断目的检测并区分SARS ‑CoV‑2奥密克戎变异株BA.1和BA.2的方法， 所述方法包括以下步骤： 1） 提取或释放待测样本的核酸； 2） 使用如权利要求1~5中任一项所述的组合物或如权利要求7~8中任一项所述的试剂 盒对步骤1） 获得的核酸进行荧 光定量PCR及熔解曲线分析； 3） 根据突变位点G142、 G339D、 L981F、 S373P以及N969K存在与 否来区分奥密克 戎变异株权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114369688 B 3