(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210282519.8 (22)申请日 2022.03.22 (66)本国优先权数据 202111317423.2 2021.1 1.09 CN (71)申请人 青岛农业大 学 地址 266109 山东省青岛市城阳区长城路 (72)发明人 张恩盈　程丽巧　 (74)专利代理 机构 上海怡恩专利代理事务所 (普通合伙) 31336 专利代理师 牟俊玲 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) A01H 1/04(2006.01) (54)发明名称 玉米花期基因的SNP分子标记的开发及应用 (57)摘要 本发明公开了玉米花期基因的SNP分子标记 的开发及应用， 属于坩埚技术领域。 它包括检测 待测玉米的基因型， 根据待测玉米的基因型鉴定 或辅助鉴定玉米花期； 所述基因型为玉米基因组 中KASP_D8位点的基因型； 所述KASP_D8位点是玉 米基因组中的一个SNP位点， 位于玉米1号染色体 272694744位， 所述SNP位点是核苷酸种类为C或 者G， 为SEQ ID No.4的第101位核苷酸。 与玉米花 期基因D8紧密连锁的KASP标记KASP_D8， 该标记 基于KASP技术开发， 可高通量检测玉米基因组1 号染色体的第272694744位碱基。 本发明应用 KASP技术对玉米花期基因D8 进行基因型鉴定， 具 有操作简便、 成本低廉、 检测周期短、 标记稳定、 绿色环保等优点， 可精准检测玉米花期基因D8， 对促进玉米花期育种具有重要意 义。 权利要求书1页 说明书10页 序列表1页 附图1页 CN 114606334 A 2022.06.10 CN 114606334 A 1.玉米花期基因的SNP分子标记的开发方法， 其特征在于： 包括检测待测玉米的基因 型， 根据待测玉米的基因型鉴定或辅助鉴定玉米花期； 所述基因型为玉米基因组中KASP_D8 位点的基因型； 所述KASP_D8位点是玉米基因组中的一个SNP位点， 位于玉米1号染色体 27269474 4位， 所述SNP位 点是核苷酸种类为C或者G， 为SEQ  ID No.4的第101位核苷酸； 所述KASP_D8位点的基因型为GG基因型或GC基因型的待测玉米的花期早于或者候选早 于所述KASP_D8位点的基因型为CC基因型的待测玉米； 所述KASP_D8位点的基因型为GC基因 型的待测玉米与所述KASP_D8位点的基因型为GG基因型的待测玉米在花期上无显著差异； 其中， 所述GG基因型表示玉米基因组中所述KASP_D8位点的核苷酸种类为G 的纯合型； 所述 CC基因型表 示玉米基因组中所述KASP_D8位点的核苷 酸种类为C的纯合型； 所述GC基因型表 示玉米基因组中所述KAS P_D8位点的核苷酸种类为G和C的杂合型。 2.根据权利要求1所述的方法， 其特 征在于， 应用在玉米育种中。 3.根据权利 要求1中玉米花期基因的SNP 分子标记的开发方法， 其特征在于， 所述KASP_ D8位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定玉米花期中的应用。 4.根据权利 要求1中玉米花期基因的SNP 分子标记的开发方法， 其特征在于， 所述KASP_ D8位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定玉米花期的产品中的应用。 5.根据权利 要求1中玉米花期基因的SNP 分子标记的开发方法， 其特征在于， 所述KASP_ D8位点的多态性或基因型的物质在玉米辅助育种或制备玉米辅助育种产品中的应用。 6.玉米育种的方法， 其特征在于， 包括选择权利要求1中所述KASP_D8位点的基因型为 GG或者基因型为GC的玉米作为亲本进行育种， 所述GG基因型表示玉米基因组中所述KASP_ D8位点的核苷 酸种类为G的纯合型； 所述GC基因型表 示玉米基因组中所述KASP_D8位点的核 苷酸种类为G和C的杂合型； 所述玉米育种可为培 育早花期玉米。 7.含有检测权利要求1中所述KASP_D8位点的多态性或基因型的物质的产品， 为C1） ‑ C3） 中任一种产品： C1） 检测与玉米花期相关的SNP多态性或基因型的产品； C2） 鉴定或辅助鉴定玉米花期的产品； C3） 用于玉米辅助育种的产品。 8.根据权利要求3 ‑5任一所述的应用或权利要求7所述的产品， 其特征在于： 所述检测 权利要求1中KAS P_D8位点的多态性或基因型的物质为如下D1） 、 D2） 或D3） ： D1） 所述检测权利要求1中KASP_D8位点的多态性或基因型的物质含有扩增包括所述 KASP_D8位点在内的玉米 基因组DNA片段的PCR引物； D2） 所述检测权利要求1中KASP_D8位点的多态性或基因型的物质为含有所述PCR引 物 的PCR试剂； D3） 含有D1） 所述PCR引物或D2） 所述PCR试剂的试剂盒。 9.根据权利要求8所述的应用或产品， 其特征在于： 所述PCR引物为由核苷酸序列是序 列表中SEQ  ID No.1的第22 ‑40位的单链DNA、 核苷酸序列 是序列表中SEQ  ID No.2的第22 ‑ 40位的单链DNA和核苷酸序列是序列表中SEQ  ID No.3的单链DNA组成的引物组。 10.根据权利要求8或9任意一项所述的应用或产品， 其特征在于： 所述PCR引物为由序 列表中SEQ  ID No.1所示的单链DNA、 序列表中SEQ  ID No.2所示的单链DNA和由序列表中 SEQ ID No.3所示的单链DNA的引物组。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114606334 A 2玉米花期基因的SNP分子标记的开发及应用 技术领域 [0001]本发明涉及生物技术领域， 尤其是涉及与玉米花期基因相关的SNP分子标记的开 发及应用。 背景技术 [0002]开花是植物从营养生长阶段到生殖生长 的重要生理转变。 较早进入开花阶段， 缩 短作物栽培周期， 可以降低田间管理成本， 提升产值， 对提高百姓收入有重要的意义。 通过 培育早花期玉米品种 是缩短玉米栽培周期的最高效、 经济、 环保的方法(王迪.玉米花期及 雄穗相关性状的QTL定位与遗传基础研究[ D].中国农业科 学院,201 1.)。 [0003]目前， 部分玉米花期基因已被克隆， 如ZCN8基因和D8基因(田丰,郭丽,王雪涵.玉 米开花期基因ZCN8的两个特异性分子标记及其应用:,CN108866227A[P].2018.； 欧杨虹,吴 雯雯,邵元健,等.CAPS标记开发及其在D8基因功能标记开发中的应用[J].分子植物育种, 2016(10):2716 ‑2721.)。 同时， 也开发了与基因连锁的分子标记， 通过分子标记辅助选择技 术(Marker ‑assisted  Selection， MAS)进行玉米花期改良育种， 弥补了传统育种中出现的 诸多弊端， 成为 解决品种选 育难这一问题的有效途径。 [0004]然而， 玉米花期相关基因的连锁标记虽然可以用于分子标记辅助选择， 但多为 CAPS标记、 SSR标记、 InDel标记或酶切标记， 检测效率低， 同时还可能会产生气溶胶污染环 境， 不适用于高通量的分子检测平台(田丰,郭丽,王雪涵.玉米开花期基因ZCN8的两个特异 性分子标记及其应用:,CN108866227A[P].2018； 欧杨虹,吴雯雯,邵元健,等.CAPS标记开发 及其在D8基因功能标记开发中的应用[J].分子植物育种,2 016(10):2716 ‑2721.)。 因此， 开 发低成本、 可高通量检测的分子标记是促进玉米早花期基因鉴定、 增加 早花期育种准确度 与提高育种效率的迫切需求。 [0005]KASP(Kompetit ive Allele‑Specific  PCR， 竞争性等位基因特异 性PCR)通过荧光 探针特异性识别基因位点达到基因分型的效果， 可快速检测SNP位点。 与SSR、 RFLP、 InDel等 分子标记相比， KASP标记具有检测快速， 成本低， 易于规模化应用等特点， KASP标记不需要 根据DNA片段大小进行分型， 能够摆脱传统凝胶电泳这种步骤相 对繁琐， 低通量， 价格又较 贵的检测方法， 更加适用于现阶段飞速发展的高通量分子检测平台。 因此， 开发低 成本、 适 合于高通量分子检测平台的玉米花期基因KASP分子标记对于推广普及分子标记技术的应 用、 提高我国玉米早 花期育种效率和育种水平具有重要意 义。 发明内容 [0006]本发明的目的是提供一种与玉米花期基因D 8紧密连锁的SNP标记及其应用方法。 [0007]本发明提供一种与 玉米花期基因D8紧密连锁的SNP分子标记 KASP_D8， 所述分子标 记KASP_D8是基于玉米花期基因D8中一个SNP位点开发的标记， 所述SNP位点是核苷酸种 类 为C或者G， 为序列表中SEQ  ID No.4的第101位核苷酸。 [0008]所述与玉米花期基因D8紧密连锁的KASP分子标记在C1、 C2、 C3或C4中的应用也应说　明　书 1/10 页 3 CN 114606334 A 3