(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210353871.6 (22)申请日 2022.04.02 (71)申请人 广州医科 大学附属肿瘤医院 地址 510000 广东省广州市横枝岗路78号 (72)发明人 游华　魏丽　 (74)专利代理 机构 广州云领专利代理事务所 (普通合伙) 44441 专利代理师 肖云　文健航 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/686(2018.01) (54)发明名称 基于循环游离DNA 突变进行滤泡性淋巴瘤预 后评估的检测panel、 试剂盒及应用 (57)摘要 本发明公开了一种基于循环游离DNA突变进 行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel、 试剂盒 及应用。 所述检测panel包括检测滤泡性淋巴瘤 预后相关的突变基因。 本专利提供了滤泡性淋巴 瘤的预后评估的非侵入性的检测方法， 具有临床 应用价值， 以便更好地指导治疗、 改善FL患者的 预后。 创造性地选择了与滤泡性淋巴瘤密切相关 的基因组合， 基于二代测序技术， 检测和分析内 容包括： 对FL临床患者的血浆cfDNA(plasma   cfDNA),石蜡淋巴瘤组织DNA(tumor  tissue  gDNA)以及粒细胞DNA(granulocyte  gDNA)进行 二代检测， 本发明的基因组合对预后评估、 治疗 有指导意义， 为医生 提供更多的预后评估维度。 权利要求书2页 说明书10页 序列表3页 附图4页 CN 114752672 A 2022.07.15 CN 114752672 A 1.基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估 的检测panel， 其特征在于， 所述 检测panel包括检测滤泡 性淋巴瘤预后相关的突变 基因。 2.根据权利要求1所述的基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测 panel， 其特 征在于： 所述检测panel的突变 基因由110个基因组成， 所述基因的名称列举如下： ABCC10； AGTPBP1； ARHGEF1； ARID1A； ATP6AP1； ATP6V1B2； AUTS2； B2M； BAZ2B； BCL10； BCL2； BCL6； BCL7A； BRWD3； BTG1； C4orf49； CALR； CARD11； CASC5； CASZ 1； CCAR1； CCND3； CCNK； CD40； CD79A； CD79B； CEP112； CHRM3； CPNE1； CREBBP； CTSS； DIRAS3； DMRT3； DTX1； EBF1； EEF1A1； ENPP3； ENTPD4； EP300； ERBB2； ETV1； EZH2； FAT2； FN1； FOXO1； GNA13； GNAI2； GNE； GRM7； HIST1H1B； HIST1H1C； HIST1H1D； HIST1H1E； HIST1H2AC； HIST1H2AG； HIST1H2BC； HIST1H2BD； HIST1H2BG； IKZF2； IKZF3； IL13RA1； IRF8； KIR2DL3； KLHDC7B； KLHL6； KMT2C； KMT2D； KNDC1； LAMP1； LPHN1； LYST； MATN2； MCL1； MEF2B； MON2； MUC4； MYD88； NEB； NOTCH2； NOTCH1； POU2F2； OR2M3； PCLO； PEX14； PLCG2； PRKCB； RBM23； ROS1； SLC9A6； SOCS1； SP140； STAT3； STAT6； SVIL； TLR1； TNFAIP3； TNFRSF14； TP53； TRAFD1； UPF1； USP6； VPS39； WDR64； ZCCHC6； ZNF141； ZNF23 6； ZNF423； ZNF541； ZNF595； ZNF672。 3.根据权利要求2所述的基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测 panel， 其特 征在于： 所述检测panel还包括用于对滤泡性淋巴瘤相 关基因突变进行交叉验证的引物， 所述 引物用于对1 10个基因中高于20％的体细胞突变位 点进行PCR ‑Sanger测序验证。 4.根据权利要求3所述的基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测 panel， 其特 征在于， 所述引物包括： (1)用于检测CREB BP基因突变的引物： 上游引物SEQ  ID NO： 1对应的核苷酸序列为5' ‑AAATGACAGGACGGTACTTACG‑3'； 下游引物SEQ  ID NO： 2对应的核苷酸序列为5' ‑GGACCAGTTCACCCAAGTATG‑3'； (2)用于检测HIST1H1E基因突变的引物： 上游引物SEQ  ID NO： 3对应的核苷酸序列为5' ‑GGGAAGCCAAGCCTAAG‑3'； 下游引物SEQ  ID NO： 4对应的核苷酸序列为5' ‑GGCTTCTTCGCCTTCTTT‑3'； (3)用于检测ARID1A基因突变的引物： 上游引物SEQ  ID NO： 5对应的核苷酸序列为5' ‑AATTCTGTTCTTAGGCCACTTT‑3'； 下游引物SEQ  ID NO： 6对应的核苷酸序列为5' ‑CACCCACCTCATACTC CTTTA‑3'； (4)用于检测STAT6基因突变的引物： 上游引物SEQ  ID NO： 7对应的核苷酸序列为5' ‑TATGGCTGCTCAGACTAC C‑3'； 下游引物SEQ  ID NO： 8对应的核苷酸序列为5' ‑CCCTAGGAGATCCTGCTG‑3'； (5)用于检测CTS S基因突变的引物： 上游引物SEQ  ID NO： 9对应的核苷酸序列为5' ‑ACTAAGCATTTAAAGAGCTCTAC CT‑3'； 下游引物SEQ  ID NO： 10对应的核苷酸序列为5' ‑TTGCCTGATTCTGTGGACTG‑3'； (6)用于检测HIST1H1E基因突变的引物： 上游引物SEQ  ID NO： 11对应的核苷酸序列为5' ‑GCTCATTACTAAAGCTGTTGCC‑3'； 下游引物SEQ  ID NO： 12对应的核苷酸序列为5' ‑TGTTGTTCTTCTCCACGTCAT ‑3'；权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114752672 A 2(7)用于检测ATP6AP1基因突变的引物： 上游引物SEQ  ID NO： 13对应的核苷酸序列为5' ‑CCTCGAAGTCCACAGCAAT‑3'； 下游引物SEQ  ID NO： 14对应的核苷酸序列为5' ‑ACGAGGAGACTAC CCTTCTT‑3'； (8)用于检测IRF8基因突变的引物： 上游引物SEQ  ID NO： 15对应的核苷酸序列为5' ‑TCTGTCTTTCCAAGGATGTGTG ‑3'； 下游引物SEQ  ID NO： 16对应的核苷酸序列为5' ‑CAGCGTGT TTCCAAGGGAT‑3'； (9)用于检测KMT2D基因突变的引物： 上游引物SEQ  ID NO： 17对应的核苷酸序列为5' ‑TGCAGCTGT TTCCTTCTCC‑3'； 下游引物SEQ  ID NO： 18对应的核苷酸序列为5' ‑CCCTATATCGCTC CTGTCTCT ‑3'。 5.一种预后评估滤泡性淋巴瘤的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒包括探针panel和/ 或检测引物， 所述探针panel 为针对权利要求1或2所述的突变 基因。 6.一种预后评估滤泡性淋巴瘤的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒包括探针panel和/ 或检测引物； 所述探针panel用于检测 权利要求3或4所述的与滤泡性淋巴瘤预后相关的突 变基因； 所述检测引物为权利要求3或4所述的用于对突变 基因进行交叉验证的引物。 7.一种根据权利要求1至4任意一项所述的检测panel在制备滤泡性淋巴瘤医学产品中 的应用， 所述滤泡 性淋巴瘤医学产品包括用于预后评估滤泡 性淋巴瘤。 8.基于循环 游离DNA中的基因 组合在预后评估滤泡 性淋巴瘤的应用， 其特 征在于： 所述的基因组合由如下110个基因组成： ABCC10； AGTPBP1； ARHGEF1； ARID1A； ATP6AP1； ATP6V1B2； AUTS2； B2M； BAZ2B； BCL10； BCL2； BCL6； BCL7A； BRWD3； BTG1； C4orf49； CALR； CARD11； CASC5； CASZ1； CCAR1； CCND3； CCNK； CD40； CD79A； CD79B； CEP112； CHRM3； CPNE1； CREBBP； CTSS； DIRAS3； DMRT3； DTX1； EBF1； EEF1A1； ENPP3； ENTPD4； EP300； ERBB2； ETV1； EZH2； FAT2； FN1； FOXO1； GNA13； GNAI2； GNE； GRM7； HIST1H1B； HIST1H1C； HIST1H1D； HIST1H1E； HIST1H2AC； HIST1H2AG； HIST1H2BC； HIST1H2BD； HIST1H2BG； IKZF2； IKZF3； IL13RA1； IRF8； KIR