(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210364547.4 (22)申请日 2022.04.08 (71)申请人 佛山科学技术学院 地址 528000 广东省佛山市南海区狮山 镇 仙溪水库西路佛山科 学技术学院 (72)发明人 赵云翔　郑伟杰　李智丽　孙艳梅　 邹旋　 (74)专利代理 机构 广州新诺专利商标事务所有 限公司 4 4100 专利代理师 梁伟 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 用于猪增重速度评估的SNP分子标记、 筛选 方法和应用 (57)摘要 本发明涉及一种用于猪增重速度评估的SNP 分子标记、 筛选方法和应用， 涉及分子遗传学技 术领域。 该SNP分子标记为猪1号染色体的 rs81349297位点。 该SNP分子标记不同基因型的 猪增重速度有极显著的差异， 通过检测该分子标 记能够早期、 快速、 低成本、 有效的预测猪生长速 度， 在猪种改良方面具有广阔的应用前景， 并能 够取得优异的经济价 值。 权利要求书1页 说明书6页 序列表1页 附图2页 CN 114574599 A 2022.06.03 CN 114574599 A 1.一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP分子标记为猪1号染 色体的rs81349 297位点。 2.根据权利 要求1所述的SNP分子标记， 其特征在于， 当所述SNP分子标记为T， 则提示待 评估猪的增重 速度快， 当所述SNP分子标记为C， 则提 示待评估猪的增重 速度慢。 3.根据权利 要求2所述的SNP分子标记， 其特征在于， 所述增重速度指达115公斤体重日 龄。 4.一种用于评估猪增重速度的基因序列， 其特征在于， 该基因序列包含权利要求1所述 SNP分子标记位 点的上下游20‑100bp的序列片段。 5.根据权利要求 4所述的基因序列， 其特 征在于， 所述基因序列如下 所示： TCTTGTTTTTTTTTTAACTTGCAAGAGCTCCTCATTATTGTATATATTGGCCTTTGTCTA(SEQ  ID NO: 1)‑E‑CTGAGTCATTGAAAAAACTTACTCTGGA GTTGCTATTGTGGCTCA GCGTAACAAATCCAA(SEQ  ID NO: 2)， 其中E为所述SNP分子标记的位 点。 6.一种用于评估猪增重速度的检测试剂 盒， 其特征在于， 包括用于检测权利要求1 ‑3任 一项所述的SNP分子标记的试剂， 或包括用于检测权利要求4 ‑5任一项所述的基因序列的试 剂。 7.权利要求1 ‑3中任一项所述SNP分子标记的筛 选方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： 获取表型 数据： 称重， 记录日龄， 进行第一质控， 得到待测猪增重 速度的表型 数据； 获取SNP分子标记： 对所述待测猪取样， 提取DNA， 基因分型， 得到覆盖全基因组的SNP 分 子标记； 对 所述覆盖全基因组的SNP分子标记进 行物理位置更新， 除去预定的SNP分子标记， 进行第二质控， 对缺失基因型进行填充， 进行第三质控； 数据分析： 结合所述表型数据， 对第二质控后的SNP分子标记进行全基因组关联分析， 并分析不同基因型群体猪增重速度差异情况， 筛选得到用于评估猪增重速度的SNP分子标 记。 8.根据权利要求7所述的筛选方法， 其特征在于， 所述第一质控包括以下步骤： 将所述 终测体重＜85kg， 或终测体重＞13 0kg的表型 数据去除； 所述第二质控和所述第三质控的质控条件均为： 去除SNP检出率<99％、 最小等位基因 频率<0.05、 哈代‑温伯格平衡 检验P值小于10 ‑6或个体检出率<95％的SNP分子标记数据。 9.一种种猪的选育方法， 其特征在于， 该选育方法包括以下步骤： 检测权利要求1 ‑3中 任一项所述的SNP分子标记， 或检测权利要求4 ‑5任一项所述的基因序列， 当猪1号 染色体的 rs81349297位点为T时， 则判断猪的增重 速度快， 留用猪。 10.根据权利要求9所述的选育方法， 其特征在于， 所述留用猪的1号染色体的 rs81349297位点的基因型为T/T。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114574599 A 2用于猪增重 速度评估的SNP分子标记、 筛选方 法和应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子遗传学技术领域， 特别是涉及一种用于猪增重速度评估的SNP分 子标记、 筛 选方法和应用。 背景技术 [0002]我国是一个养猪和猪肉消费大国。 猪肉消费量常年居于肉制品之首。 市场对于猪 肉产量和质量的需求日益增加， 提高猪肉产量、 改善猪肉胴体质量， 是育种科学家长期以来 不断探索的工作。 早期的育种工作主要 是基于猪的表型进行选择， 可靠性低， 导致遗传进展 相对缓慢。 随着遗传标记的广泛开发和育种新技术的不断推陈出新。 分子标记辅助选择育 种， 是在分子水平上对目标性状进行选择， 可以不受环境影响， 通过遗传背景选择， 减少连 锁累赘， 从而加速育种过程及精准度。 因此， 分子标记辅助选择正逐渐成为可靠而有效的选 择方法。 同时， 猪达115kg体重日龄(AGE)直接与猪的生长性能相关， 因此， 研究猪的达115kg 体重日龄， 在育种中具有重要的研究意 义。 [0003]分子标记(Molecular  Markers)， 指可遗传并可检测的DNA序列。 目前， 广泛应用的 第三代分子标记 为单核苷 酸多态性(SNP)， SNP是指基因组上单个核苷 酸的变异， 包括转换、 颠换、 插入和缺失。 SNP在基因组上分布广泛， 数量多， 遗传稳定性高， 更适合用于对复杂性 状与疾病的遗传解剖以及基于群体的基因识别等方面的研究。 同时， 由于SNP具有二态性， 且单个SNP位点突变率低， 易于通过芯片技术 实现自动化和规模化检测。 因此， SNP广泛应用 于基因组分析、 生物信息自动化检测、 简单和复杂疾病的遗传研究、 畜牧育种标记及 全球种 族遗传学等研究。 发明内容 [0004]针对上述问题， 本发明提供一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记， 该SNP分子 标记不同基因型的猪增重速度有极显著的差异， 通过检测该SNP分子标记能够早期、 快速、 低成本、 有效的预测猪生长速度， 在猪种改良方面具有广阔的应用前景， 并能够取得优异的 经济价值。 [0005]为了达到上述目的， 本发明提供一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记， 所述 SNP分子标记为猪1号染色体的rs81349 297位点。 [0006]本发明人利用基因芯片检测技术对猪群体进行GWAS研究， 快速筛选到影响猪增重 速度的有意义的SNP分子标记rs81349297， 为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据， 该SNP分子标记不同基因型的猪增重 速度有极显著的差异。 [0007]在其中一个实施例中， 所述SNP分子标记位于猪1号染色体 161853405bp位置， 所述 猪1号染色体16185 3405bp位置的多态性 为T或C， 猪参 考基因组为Ensembl  Sscrofa 11.1。 [0008]在其中一个实施例中， 当所述SNP分子标记为T， 则提示待评估猪的增重速度快， 当 所述SNP分子标记为C， 则提 示待评估猪的增重 速度慢。 [0009]在其中一个实施例中， 所述增重 速度指达1 15公斤体重日龄 。说　明　书 1/6 页 3 CN 114574599 A 3