(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210375487.6 (22)申请日 2022.04.11 (71)申请人 云南省畜牧兽医科 学院 地址 650224 云南省昆明市金 殿青龙山 (72)发明人 洪琼花　欧阳依娜 　邵庆勇　兰蓉　 江炎庭　李卫娟　朱兰　 (74)专利代理 机构 北京专赢专利代理有限公司 11797 专利代理师 刘梅 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6872(2018.01) C12N 15/11(2006.01) G16B 20/40(2019.01) G16B 25/20(2019.01)G16B 30/00(2019.01) G16B 40/10(2019.01) G16B 40/20(2019.01) (54)发明名称 一种云上黑山羊SNP标记及其在鉴定云上黑 山羊品种中的应用 (57)摘要 本发明涉及一种云上黑山羊SNP标记及其在 鉴定云上黑山羊品种中的应用， 所述云上黑山羊 SNP标记包括26个位点， 检测待测羊基因组中上 述26个SNP位点的分型结果， 将所得2 6个SNP位点 的分型结果带入以参考群数据构建的模型中， 计 算出每一个SNP位点的分型结果所对应的 “是”和 “非”的概率值， 将2 6个SNP位点的概率值求和， 获 得“是”和“非”的总和鉴定概率值， 若 “是”的总和 鉴定概率值大于 “非”的总和鉴定概率值， 则该待 测羊鉴定为 云上黑山羊。 本发明首次提出用于鉴 定云上黑山羊品种的参考群数据模 型， 采用本发 明提供的这26个SNP位点及鉴定技术， 对云上黑 山羊的鉴定准确率高达89.58％， 为今后云上黑 山羊的鉴定、 保种、 以及遗传育种提供了有力的 技术支持。 权利要求书6页 说明书18页 序列表13页 附图1页 CN 114774558 A 2022.07.22 CN 114774558 A 1.一种鉴定云上黑山羊品种的SNP标记， 其特征在于， 所述云上黑山羊SNP标记包括26 个位点， 各位点的位置及多态性如下： 3_116568146位于 3号染色体第1 16568146位， 其脱氧核苷酸 为C或A； 4_27534255位于4号染色体第275 34255位， 其脱氧核苷酸 为G或A； 5_27394846位于 5号染色体第27394846位， 其脱氧核苷酸 为G或T； 5_96914121位于 5号染色体第96914121位， 其脱氧核苷酸 为A或G； 5_112308839位于5号染色体第1 12308839位， 其脱氧核苷酸 为A或G； 7_480924位于7号染色体第4809 24位， 其脱氧核苷酸 为C或T； 7_1901915 3位于7号染色体第1901915 3位， 其脱氧核苷酸 为T或A； 7_67980454 位于7号染色体第67980454 位， 其脱氧核苷酸 为T或C； 9_4210890位于9号染色体第4210890位， 其脱氧核苷酸 为A或G； 9_6480114位于9号染色体第64801 14位， 其脱氧核苷酸 为C或A； 9_19778462位于9号染色体第197 78462位， 其脱氧核苷酸 为C或T； 11_5271241 1位于11号染色体第5271241 1位， 其脱氧核苷酸 为G或A； 13_72160967位于13号染色体第7216 0967位， 其脱氧核苷酸 为A或C； 15_1341438位于15号染色体第1341438位， 其脱氧核苷酸 为G或A； 15_35311828位于15号染色体第3 5311828位， 其脱氧核苷酸 为A或G； 21_9035839位于21号染色体第90 35839位， 其脱氧核苷酸 为G或T； 21_26850780位于21号染色体第2685 0780位， 其脱氧核苷酸 为C或T； 23_33685044位于23号染色体第3 3685044位， 其脱氧核苷酸 为T或A； 23_3423408 8位于23号染色体第3423408 8位， 其脱氧核苷酸 为G或T； 23_35769794位于23号染色体第3 5769794位， 其脱氧核苷酸 为T或G； 24_5617052位于24 号染色体第5 617052位， 其脱氧核苷酸 为C或G； 24_7388496位于24 号染色体第738 8496位， 其脱氧核苷酸 为T或C； 24_37720766位于24号染色体第37 720766位， 其脱氧核苷酸 为C或T； 24_60570385位于24 号染色体第6 0570385位， 其脱氧核苷酸 为A或G； 28_14160630位于28号染色体第1416 0630位， 其脱氧核苷酸 为C或T； 28_4395175 3位于28号染色体第4395175 3位， 其脱氧核苷酸 为T或C； 上述SNP位点的物理位置是基于山羊全基因组标准序列而定， 版本号为GCF_ 001704415 .1_ARS1 ， 所述版本号的标准序列记载在如下网址中https:// www.ncbi.n lm.nih.gov/as sembly/GCF_0 01704415.1。 2.权利要求1所述云上黑山羊SNP标记在鉴定云上黑山羊品种中的应用， 其特征在于， 所述应用为： 检测待测羊基因组中上述26个SNP位点的分型结果， 将所得26个SNP位点的分 型结果带入以参考群数据构建的模型中， 计算出每一个SNP位点的分型结果所对应的 “是” 和“非”的概率值， “是”表示“是云上黑山羊 ”，“非”表示“非云上黑山羊 ”， 将26个SNP位点的 概率值求和， 获得 “是”和“非”的总和鉴定概率值， 若 “是”的总和鉴定概率值大于 “非”的总 和鉴定概率值， 则该待测羊鉴定为云上黑山羊； 反之， 若 “是”的总和鉴定概率值小于 “非”， 则该待测羊鉴定为非云上黑 山羊。 3.根据权利要求2所述云上黑山羊SNP标记在鉴定云上黑山羊品种中的应用， 其特征在权　利　要　求　书 1/6 页 2 CN 114774558 A 2于， 所述以参考群数据构建的模型是以经过表型鉴定的云上黑山 羊和非云上黑山 羊为参考 群， 检测所述26个SNP位点的分型结果， 计算出参考群中的每个SNP位点的分型结果对应羊 品种的概 率值。 4.根据权利要求3所述云上黑山羊SNP标记在鉴定云上黑山羊品种中的应用， 其特征在 于， 所述的以参考群数据构建的模型中的每个SNP位点的分型结果对应羊品种的概率值为P (A|B)取自然对数得到的数值， 所述P(A|B)的计算公式为P(A|B)＝P(B|A)*P(A)/P(B)， 其 中， P(A)为参考群中该位点的该分型经表型鉴定为是云上黑山羊的概率， P(B)为参考群中 该位点的该分型经表型鉴定为非云上黑山 羊的概率， P(A|B)为以参考群数据构建的模 型中 该位点的该分型鉴定为云上黑山 羊的概率值， P(B |A)是根据参考群的分型数据计算得出的 系数值。 5.根据权利要求3所述云上黑山羊SNP标记在鉴定云上黑山羊品种中的应用， 其特征在 于， 以参考群数据构建的模型之一为， 所述26个位点的各分型在不同品种间出现的概率值 如下： 权　利　要　求　书 2/6 页 3 CN 114774558 A 3