(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210384426.6 (22)申请日 2022.04.13 (71)申请人 中国农业科 学院北京畜牧兽医研究 所 地址 100193 北京市海淀区 圆明园西路2号 (72)发明人 储明星　贺小云　王翔宇　狄冉　 (74)专利代理 机构 北京高沃 律师事务所 1 1569 专利代理师 刘奇 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、 引 物组、 试剂盒及检测方法和应用 (57)摘要 本发明涉及与绵羊单胎产羔数相关的SNP分 子标记、 引物组、 试剂盒及检测方法和应用， 属于 分子标记与遗传育种技术领域。 本发 明提供了一 种与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记， 基于 绵羊基因组序列信息版本号Oar_v3.1， 所述SNP 分子标记位于绵羊第12号染色体上41926327bp 位点处。 本发 明所述分子标记与绵羊单胎高产羔 数性状显著相关， 利用所述分子标记对初生绵羊 PIK3CD基因型进行快速分型即可确定待测绵羊 产羔性能， 便 于种羊选留。 权利要求书1页 说明书6页 序列表1页 附图1页 CN 114717330 A 2022.07.08 CN 114717330 A 1.一种与绵羊单胎产 羔数相关的SNP分子标记， 其特征在于， 基于绵羊基因组序列信 息 版本号Oar_v3.1， 所述SNP分子标记位于绵羊第12号染色体上419 26327bp位点处。 2.根据权利 要求1所述的分子标记， 其特征在于， 所述分子标记的核苷酸序列如SEQ  ID  NO.1所示， 所述分子标记在SEQ  ID NO.1所示的核苷酸序列自5 ’端起第100位存在G/A碱基 突变。 3.基于权利要求 1或2所述的分子标记的利用Sequ enom SNP技术检测绵 羊单胎产羔数的引物组， 其特征在于， 所述引物组包括核苷 酸序列如S EQ ID NO.2所示的上 游引物、 核苷 酸序列如SEQ  ID NO.3所示的下游引物和核苷 酸序列如SEQ  ID NO.4所示的延 伸引物。 4.一种利用Sequenom SNP技术检测绵羊单胎产羔数的试剂盒， 其特征 在于， 所述试剂盒包括检测权利要求1或2所述分子标记的试剂或权利要求3所述的引物组。 5.根据权利要求4所述的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒还包括dNTPs、 Taq  DNA聚合 酶、 Mg2+、 PCR反应缓冲液、 SAP酶和SNP分子标记标准阳性模板 。 6.基于权利要求3所述引物组或权利要求4或5所述试剂 盒的检测 绵羊单胎产 羔数的方 法， 其特征在于， 包括以下步骤： 1)提取待测绵羊的基因 组DNA； 2)以所述待测绵羊的基因组DNA为模板， 利用权利 要求3所述引物组或权利要求4或5所 述试剂盒中的正向引物和反向引物进行PCR反应， 获得PCR产 物， 用SAP酶消化所述PCR产 物， 得到消化产物； 3)以所述消化产物为模板， 使用权利要求3所述引物组或权利要求4或5所述试剂盒中 的延伸引物进行延伸反应， 得到延伸产物； 4)利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术分析延伸产物， 确定绵羊PIK3CD基因 型。 7.根据权利 要求6所述方法， 其特征在于， 所述PCR反应的反应体系， 每5 μL包括： 浓度为 10ng/μL基因组DNA样品1μL， 10 ×PCR反应缓冲液0.5μL， 25mmol/L  MgCl2溶液0.4μL， 25μ mol/L dNTPs 0.1μL， 5U/ μL  Taq DNA聚合酶0.2 μL， 10pmol/L正向引物和反向引物各0.5 μL 和去离子水1.8 μL； 所述PCR反应的反应程序为： 95℃2min； 95℃20s， 58℃30s， 72℃60s， 40个循环； 72℃ 5min。 8.根据权利要求6所述方法， 其特征在于， 所述延伸反应的反应体系， 每2μL包括： 10 × iplex Buffer Plus 0.2 μL， iplex  Terminator  0.2 μL， 0.6～1.3 μmol/L延伸引物0.94 μL， iplex Enzyme 0.041 μL， 去离 子水0.619 μL； 所述延伸反应的反应程序为： 95℃30s； 95℃ 5s， (52℃5s， 80℃ 5s， 5个循环)， 40个循环； 72℃3min。 9.检测权利要求1或2所述SNP分子标记的试剂在单胎多羔绵羊新品种培育或绵羊群体 繁殖力提升中应用。 10.权利要求3所述的引物组或权利要求4或5所述的试剂盒在检测绵羊PIK3CD基因型 中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114717330 A 2与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、 引物组、 试剂盒及检 测方法和应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子标记与遗传育种技术领域， 具体涉及与绵羊单胎产羔数相关的 SNP分子标记、 引物组、 试剂盒及检测方法和应用。 背景技术 [0002]我国是全球肉羊养殖和羊肉生产消费第一大国。 我国全年羊肉消费占所有肉类消 费的6.5％以上， 排在肉类消费第4名。 据 2021年国家统计局数据， 2020年底我国活羊存栏量 3亿多只， 其中绵羊1.73亿只， 占比56.5％。 绵羊产单羔极大的制约了肉羊产业的发展。 因 此， 提高母羊的每胎产羔数是快速提升肉羊群体产肉量、 提高生产经济效益的重要措施。 应 用基因组学方法能在整个基因组的水平去筛选出与绵羊产羔数性状相关的候选基因和分 子标记， 在群体中广泛推广应用， 可对我国绵羊业的高质量 发展带来巨大的经济效益。 挖掘 出与绵羊产羔 数相关的分子标记对绵羊育种提供有效工具。 发明内容 [0003]本发明的目的在于提供与绵羊单胎产羔数相关的S NP分子标记、 引物组、 试剂盒及 检测方法和应用。 本发明所述分子标记与绵羊单胎高产羔数性状显著相关， 利用所述分子 标记对初生绵羊PIK3 CD基因型进行 快速分型即可确定待测绵羊产羔性能， 便 于种羊选留。 [0004]本发明提供了一种与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记， 基于绵羊基因组序列 信息版本号Oar_v3.1， 所述SNP分子标记位于绵羊第12号染色体上419 26327bp位点处。 [0005]优选的是， 所述分子标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示， 所述分子标记在SEQ   ID NO.1所示的核苷酸序列自5 ’端起第10 0位存在G/A碱基突变。 [0006]本发明还提供了基于上述技术方案所述的分子标记的利用Sequenom SNP技术检测绵羊单胎 产羔数的引物组， 所述引物组包括核苷酸序列如SEQ   ID NO.2所示的上游引物、 核苷酸序列如SEQ  ID NO.3所示的下游引物和核苷酸序列如SEQ   ID NO.4所示的延伸引物。 [0007]本发明还提供了一种利用Sequenom SNP技术检测绵羊单胎产羔数 的试剂盒， 所述试剂盒包括检测上述技术方案所述分子标记的试剂或上述技术方案所述的 引物组。 [0008]优选的是， 所述试剂 盒还包括dNTPs、 Taq  DNA聚合酶、 M g2+、 PCR反应缓冲 液、 SAP酶 和SNP分子标记标准阳性模板 。 [0009]本发明还提供了基于上述技术方案所述引物组或上述技术方案所述试剂盒的检 测绵羊单胎 产羔数的方法， 包括以下步骤： [0010]1)提取待测绵羊的基因 组DNA； [0011]2)以所述待测绵羊的基因组DNA为模板， 利用上述技术方案所述引物组或上述技 术方案所述试剂盒中的正向引物和反向引物进 行PCR反应， 获得P CR产物， 用SAP酶消化所述说　明　书 1/6 页 3 CN 114717330 A 3