(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210388545.9 (22)申请日 2022.04.14 (71)申请人 中国农业科 学院作物科 学研究所 地址 100081 北京市海淀区中关村南大街 12号国家作物种质库515A (72)发明人 周永力　李健敏　 (74)专利代理 机构 北京纪凯知识产权代理有限 公司 11245 专利代理师 关畅 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记的 应用及其引物组合物 (57)摘要 本发明公开了一种鉴定或辅助鉴定水稻白 叶枯病抗性相关的SNP分子标记应用及其引物组 合物。 该方法包括检测待测水稻基因组中SNP位 点的多态 性或基因型(等位基因)， 根据所述基因 型鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性， 所述SNP 位点为水稻5号染色体上的一个位点， 其核苷酸 种类为A或G， 为序列表中序列4的第30位核苷酸。 该方法可用于预测水稻对 白叶枯病的抗性和进 行水稻育种。 可将检测所述SNP位点多态性和基 因型的物质与其他物质(如检测其他与水稻抗白 叶枯相关的分子标记的单核苷酸多态性或基因 型的物质)联合在一起制备鉴定水稻抗白叶枯品 种产品。 权利要求书2页 说明书12页 序列表2页 附图1页 CN 115029466 A 2022.09.09 CN 115029466 A 1.检测水稻基因 组中SNP位 点的多态性或基因型的物质在 如下任一中的应用， (1)鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗 性； (2)筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种； (3)筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种； (4)水稻育种； (5)制备鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗 性的产品； (6)制备筛 选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品； (7)制备筛 选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品； (8)制备水稻育种的产品； 所述SNP位点为水稻5号染色体上的一个位点， 其核苷酸种类为A或G， 为序列表中序列 4 的第30位核苷酸。 2.鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性的方法， 其特征在于： 包括检测待测水稻基因组 中SNP位点的基因型， 根据所述基因型鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性， 所述SNP位点为 水稻5号染色体上的一个位 点， 其核苷酸种类为A或G， 为序列表中序列4的第3 0位核苷酸。 3.根据权利要求1所述的应用或权利要求2所述的方法， 其特征在于： 所述SNP位点的基 因型为AA、 AG或GG， 所述GG是所述SNP位点为G的纯合型， 所述AA是所述SNP位点为A的纯合 型， 所述AG是 所述SNP位 点为A和G的杂合型； 所述鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗 性为如下任一种方式： 1)所述SNP位 点的基因型为A A或AG的待测水稻为或候选为 抗白叶枯病的水稻， 2)所述SNP位 点的基因型为G G的待测水稻为或候选为感白叶枯病的水稻； 3)所述SNP位点的基因型为AA或AG的待测水稻的白叶枯病抗性高于所述SNP位点的基 因型为GG的待测水稻， 所述SNP位点的基因型为AA的待测水稻的 白叶枯病抗性高于所述SNP 位点的基因型为AG的待测水稻。 4.权利要求2或3所述的方法在水稻育种中的应用。 5.水稻育种的方法， 其特 征在于： 所述方法为M1或M2： M1、 所述方法包括检测水稻基因组中权利 要求1中所述SNP位点的基因型， 选择所述SNP 位点的基因型为AA或AG的水稻作为亲本进行育种， 所述AA是所述SNP位点为A的纯合型， 所 述AG是所述SNP位点为A和G 的杂合型， 所述方法 的育种的目包括选育具有白叶枯病抗性的 水稻； M2、 所述方法包括检测水稻基因组中权利 要求1中所述SNP位点的基因型， 选择所述SNP 位点的基因型为GG 的水稻作为亲本进行育种， 所述GG是所述SNP位点为G的纯合型， 所述方 法的育种的目包括选 育感白叶枯病的水稻。 6.用于检测水稻基因组中SNP位点的多态性或基因型的产品， 其特征在于： 所述产品为 权利要求1中所述物质， 所述产品为任一种： C1)检测水稻白叶枯病抗 性相关的单核苷酸多态性或基因型的产品； C2)鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗 性的产品； C3)用于水稻育种的产品； C4)筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品； C5)筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品。权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 115029466 A 27.根据权利要求1所述的应用或权利要求6所述的产品， 其特征在于： 所述物质为如下 D1)、 D2)或D3)： D1)所述物质为扩增包括所述SNP位 点在内的水稻基因 组DNA片段的引物组合物； D2)所述物质为含有D1)所述引物组合物的PCR试剂； D3)所述物质为含有D1)所述引物组合物或D2)所述PCR试剂的试剂盒。 8.根据权利要求7所述的应用或产品， 其特征在于： 所述引物组合物 由引物A、 引物B和 引物C组成； 所述引物A为核苷酸序列是序列表中序列1的单链DNA分子或核苷酸序列是序列表中序 列1的第2 2‑40位的单链DNA； 所述引物B为核苷酸序列是序列表中序列2的单链DNA分子或核苷酸序列是序列表中序 列2的第2 2‑40位的单链DNA； 所述引物C核苷酸序列是序列表中序列3的单链DNA分子 。 9.DNA分子， 其特 征在于： 所述DNA分子的核苷酸序列是序列表中的序列4。 10.权利要求9所述的DNA分子在 如下任一中的应用， (1)鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗 性； (2)筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种； (3)筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种； (4)水稻育种； (5)制备鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗 性的产品； (6)制备筛 选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品； (7)制备筛 选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品； (8)制备水稻育种的产品。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 115029466 A 3