(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210415311.9 (22)申请日 2022.04.20 (71)申请人 江苏省疾病预防控制中心 （江苏省 公共卫生研究院） 地址 210009 江苏省南京市江苏路172号 (72)发明人 付建光　艾静　邓斐　樊欢　 王慎骄　余慧燕　鲍倡俊　朱立国　 (74)专利代理 机构 南京正联知识产权代理有限 公司 32243 专利代理师 卢霞 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01) C12Q 1/686(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的 多重荧光检测引物探 针组及试剂盒 (57)摘要 本发明提供了一种用于新冠病毒奥密克戎 变异株分型的多重荧光检测引物探针组及试剂 盒。 本发明的用于新冠病毒奥密克戎变异株分型 的多重荧光检测引物探针组及试剂盒， 具有如下 技术效果： 1.造价低廉， 单个标本总体的试剂成 本为12元。 2.操作 简便， 结果判读清晰明了， 通用 试剂加上本发明的引物探针工作液即可上机检 测， 并能同时判断奥密克戎变异株BA.1型、 BA.2 型及其它奥密克戎型别感染， 总体检测时间约为 1.5小时。 简单的操作流程， 常规的荧光检测仪器 设备， 基层单位也可开展。 3.灵敏度高， 能够应用 于环境标本检测。 环境样本由于病毒载量低很难 开展高通量测序， 本发明的方法在对环境样本进 行检测时也可定性至奥密克戎具体型别。 权利要求书1页 说明书6页 序列表2页 附图7页 CN 114645101 A 2022.06.21 CN 114645101 A 1.用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针组， 其特征在于， 所述 的引物探针组的核苷酸序列如下表所示： 名称 序列 SEQ ID NO BA1‑F TTA TAG TGC GTG AGC CAG AAG 1 BA1‑R AGC TGT CCA ACC TGA AGA AGA A 2 BA1‑Probe TCT CCC TCA GGG TTT TTC GGC T 3 BA2‑F ATT GCC ACT AGT CTC TAG TCA GTG T 4 BA2‑R AGG TAA GAA CAA GTC CTG AGT TGA 5 BA2‑Probe ACC AGA ACT CAA TCA TAC ACT AAT TCT T6 Omicron‑F TGC ACT CCG CAT TAC GTT TG 7 Omicron‑R AGT GAG AGC GGT GAA CCA AG 8 Omicron‑Probe AAC CAG AAT GGT GGG GCG CG 9 所述荧光探针是一种寡核苷酸探针， 探针的5 ’末端连接有荧光基团， 探针的3 ’末端连 接有淬灭基团。 2.根据权利要求1所述的引物探针组， 其特 征在于， 所述检测BA1的探针的5 ’端连有荧 光基团FAM， 3 ’端连有淬灭基团DBQ1； 所述检测BA 2的探针的5 ’端连有荧 光基团VIC， 3 ’端连有淬灭基团DBQ1； 所述检测O micron的探针的5 ’端连有荧 光基团CY5， 3’端连有淬灭基团BHQ2。 3.包含如权利要求1或2所述的引物探针组的引物探针工作液的制备方法， 其特征在 于， 包括如下步骤： 1)将各个引物及探针的合成干粉加无RNA酶水配制成10微摩尔/ 升的工作浓度； 2)将三种用于检测BA1、 BA2和Omicron的引物探针组， 分别按照上游引物： 下游引物： 探 针的体积比为2:2:1的比例分别配置成三种探针引物混合液； 3)最后将三种探针引物混合液等体积混合制备为引物探针工作液。 4.用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测试剂盒， 其特征在于， 包括如权 利要求1或2所述引物探针组。 5.根据权利要求 4所述的试剂盒， 其特 征在于， 还 包括多重荧 光检测试剂。 6.根据权利要求5所述的试剂 盒， 其特征在于， 所述的多重荧光检测试剂为南京诺唯赞 的HiScript  II U+One Step qRT‑PCR Probe Kit试剂。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114645101 A 2一种用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物 探针组及 试剂盒 技术领域 [0001]本发明涉及一种用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针组 及试剂盒， 属于生物技 术领域。 背景技术 [0003]研究发现， 相比野生株或其他VOC， 奥密克戎变异株变异速度更快， 目前已有BA.1、 BA.2、 BA.3及BA.1.1四种主要型别， 在我国引起传播流行的主要是BA.1及B A.2型。 新冠疫情 出现时第一时间进行防控溯源已成为常态， 然而病毒 型别未知很难对其密接及来源进 行有 效判断， 使 得防控溯源比较被动。 但目前主流的奥密克戎分型检测方法是高通量测序， 经济 成本高耗时长。 同时很多基层检测单位没有高通量测序仪， 难以第一时间开展奥密克戎分 型的检测， 耽误了宝贵的防控时间及防控策略的制定 。 [0004]目前上市的奥密克戎分型荧光检测试剂盒针对特定的几个变异位点进行检测， 且 仅能检测一种基因型别， 造价昂贵， 操作复杂。 [0005]申请人于2022年2 月22日提交了一个发明专利申请 ， 专利申请号为 “2022101630826 ”， 专利名称为 “一种针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探 针组及试剂盒 ”。 此发明中的引物探针组及试剂盒主要用于同时判断是否感染SARS ‑CoV‑2 及是否感染 奥密克戎变异株， 未 涉及新冠病毒奥密克戎变异株的分型。 [0006]专利申请号为 “202111618758.8 ”， 名称为“检测SARS ‑CoV‑2变异株的组合物、 试剂 盒、 方法及其用途 ”的中国专利， 提供了包含所述组合物的试剂盒， 所述组合物的用途， 以及 用于检测SARS ‑CoV‑2变异株并分型的方法。 此专利中， 其所表述的分型是指新冠病毒其它 型别与奥密克戎型别的区分， 即此专利可区分该变异株是否为奥密克戎型别， 但是不能判 定病毒是奥密克戎的哪个亚型。 发明内容 [0007]本发明的目的是克服现有技术的不足， 提供一种用于新冠病毒奥密克戎变异株分 型的多重荧 光检测引物探针组及试剂盒。 [0008]本发明的发明人设计了一种用于奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针 组， 可同时检测SARS ‑CoV‑2的两个基因片段(S基因及N基因)， 分别是用于判断BA1感染及 BA2感染的S基因， 及用于判断奥密克戎变异株感染的N基因。 所有用于检测的引物探针均是 发明人自行设计的。 Omicron ‑F引物位于全基因组的28316 ‑28335核苷酸位点， Omicron ‑R引 物位于全基因组的28435 ‑28454核苷酸位点， Omicron ‑Probe引物位于全基因组的28362 ‑ 28381核苷酸位点； BA1 ‑F引物位于全基因组 的22191‑22211核苷酸位点， BA1 ‑R引物位于全 基因组的  22327‑22348核苷酸位点， B A1‑Probe引物位于全基因组的22213 ‑22234核苷酸位 点； BA2‑F引物位于全基因组的21583 ‑21607核苷酸位点， BA2 ‑R引物位于全基因组的21710 ‑ 21733核苷酸位点， BA2‑Probe引物位于全基因 组的21620 ‑21647核苷酸 位点。说　明　书 1/6 页 3 CN 114645101 A 3