(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210448114.7 (22)申请日 2022.04.26 (71)申请人 浙江大学 地址 310058 浙江省杭州市西湖区余杭塘 路866号 (72)发明人 金晓丽　张雨诗　 (74)专利代理 机构 杭州知闲专利代理事务所 (特殊普通 合伙) 33315 专利代理师 万静 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6827(2018.01) C12N 15/11(2006.01) A01H 1/02(2006.01) A01H 1/04(2006.01) (54)发明名称 与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标 记、 基因及其应用 (57)摘要 本发明公开了一种与水稻籽粒暗胚乳性状 相关的SSCP分子标记、 基因及其应用； 该SSCP分 子标记的碱基序列如SEQ  ID NO.1所示， SSCP位 点位于扩增片段的第91bp处， 碱基差异为A /G。 本 发明对通过暗胚乳水稻材料de6进行图位克隆， 并首次公开了一个与水稻暗胚乳相关联的SSCP1 分子标记。 该分子标记可用于分子标记辅助选择 育种， 具有检测效率高、 准确性高、 方便操作和成 本较低的优点。 权利要求书1页 说明书7页 序列表3页 附图3页 CN 115125318 A 2022.09.30 CN 115125318 A 1.一种与水稻籽粒暗胚乳性状相 关的SSCP分子标记， 其特征在于， 所述SSCP分子标记 的碱基序列如SEQ  ID NO.1所示， S SCP位点位于扩增片段的第91bp处， 碱基差异为A/G。 2.如权利要求1所述的与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标记， 其特征在于， 用于 扩增所述S SCP分子标记的引物对序列， 如下 所示： 上游引物F为： 5 ’ ‑GTGGAGGAAACCGATGGAGA‑3’； 下游引物R为： 5 ’ ‑CTAGGCTGGGAACGTTGGG‑3’； 扩增产物为158bp， 序列如SEQ  ID NO.1所示， S SCP位点位于扩增片段的第91bp处。 3.OsDE6基因在调控水稻籽粒胚乳品质中的应用， 其特征在于， 所述OsDE6基因开放阅 读框架的碱基序列如SEQ  ID NO.2所示。 4.如权利要求3所述的应用， 其特征在于， 所述水稻籽粒胚乳品质的表征指标为胚乳表 型、 直链淀粉 含量、 总淀粉 含量和总蛋白质含量。 5.一种用于扩增权利要求1所述S SCP分子标记的引物对， 其特 征在于， 序列如下 所示： 上游引物F为： 5 ’ ‑GTGGAGGAAACCGATGGAGA‑3’； 下游引物R为： 5 ’ ‑CTAGGCTGGGAACGTTGGG‑3’。 6.如权利要求 4所述的引物对在水稻分子标记辅助育种中的应用。 7.如权利要求3所述的OsDE6基因或权利要求5所述的引物对在筛选不同水稻籽粒品质 的种质资源中的应用。 8.如权利要求7所述的应用， 其特征在于， 所述水稻籽粒胚乳品质的表征指标为胚乳表 型、 直链淀粉 含量、 总淀粉 含量和总蛋白质含量。 9.如权利要求7 所述的应用， 其特 征在于， 包括以下步骤： (1)将待筛选水稻植株与突变体de6杂交后获得F1， F1进行自交， 构建得到F2群体； 所述 突变体de6的6号染色体RM340标记和RM439标记之间如SEQ  ID NO.2所示碱基序列的第80bp 处碱基由A突变为G； (2)取F2群体植株的基因 组DNA， 采用S SCP分子标记方法进行筛 选； 筛选规则为： 当条带为野生型或者父本一致时， 则判定为AA； 当条带为de6突变体一致 时， 则判定为a a； 当条带兼有两种类型， 则判定为Aa。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115125318 A 2与水稻籽粒暗胚乳性状相关的S SCP分子标记、 基因及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子生物学与遗传育种技术领域， 尤其涉及与水稻籽粒暗胚乳性状相 关的SSCP分子标记、 基因及其应用。 背景技术 [0002]水稻杂交技 术的应用已经实现水稻产量大幅度提高， 但杂交稻品质却普遍偏低。 [0003]稻米的外观品质包括主要包括粒形、 垩白和透明度等， 食味品质主要包括直链淀 粉含量、 胶稠度和糊化温度。 两者均与稻米胚乳淀粉含量及淀粉颗粒的理化特性相关。 调节 直链淀粉含量可以培育适口性更好的优质稻米， 而提高蛋白质含量可以培育营养价值高的 优质稻米。 通过挖掘调控直链淀粉含量和蛋白质含量的基因， 开发基于目标基因上 的分子 标记， 可以结合分子标记辅助技术， 提高水稻品质。 这样既可以满足消费者需求， 也具有重 要的生产意 义， 适应人们的消费新需求。 [0004]因此， 水稻暗胚乳相关的分子标记的开发可以快速、 精确筛选水稻胚乳和稻米食 味品质表型， 用于指导分子 辅助育种和优质稻米培 育。 发明内容 [0005]本发明的目的是提供了一种与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标记和基因， 同时提供了该SS CP分子标记用于筛选水稻籽粒， 该SS CP分子标记可应用于筛选水稻籽粒品 质的种质资源， 同时在水稻遗传育种领域可用于 培育籽粒具有暗胚乳性状的水稻新品种。 [0006]具体技术方案如下： [0007]本发明提供了一种与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标记， 所述单链构象多 态性(SSCP)分子标记的碱基序列如SEQ  ID NO.1所示， 野生型和突变体的多态性位点位于 扩增片段的第91bp处， 碱基差异为A/G。 [0008]本发明中暗胚乳的表征为： 与正常胚乳相比， 水稻籽粒的胚乳呈现半透明， 透光性 降低且颜色发暗， 直链淀粉含量显著降低， 总淀粉含量无显著变化， 总蛋白质含量显著升 高。 [0009]进一步地， 本发明根据上述SSCP分子标记的位点设计了扩增引物， 用于扩增 所述 SSCP分子标记的引物对序列， 如下 所示： [0010]上游引物F为： 5 ’ ‑GTGGAGGAAACCGATGGAGA‑3’； [0011]下游引物R为： 5 ’ ‑CTAGGCTGGGAACGTTGGG‑3’； [0012]扩增产物为158bp， 序列如SEQ  ID NO.1所示(GTGGAGGAAACCGATGGAG  ATGGAGTAGA AACTCAGGGAA GAGGCCACATGCCCTGGCCGTGGCCGCGGCCG  GCGGCGACGCGA GAGGTAACATAACATGGCCG TGGGCATTATTCCACTCTTATAT  CTAGCGAAATAACCCAACGTTCCCAGCCTAG)， SSCP位点位于扩增片段 的第91bp  处。 [0013]本发明还提供了OsDE6基因在调控水稻籽粒胚乳品质中的应用， 所述OsDE6基因开 放阅读框架的碱基序列如SEQ  ID NO.2所示。说　明　书 1/7 页 3 CN 115125318 A 3