(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210462461.5 (22)申请日 2022.04.28 (71)申请人 中国农业科 学院兰州畜牧与兽药研 究所 地址 730050 甘肃省兰州市七里河区硷沟 沿335号 (72)发明人 梁春年　任稳稳　马晓明　吴晓云　 阎萍　包鹏甲　郭宪　褚敏　 喇永福　裴杰　熊琳　 (74)专利代理 机构 北京力量专利代理事务所 (特殊普通 合伙) 11504 专利代理师 毛婷 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01)C12Q 1/6851(2018.01) (54)发明名称 一种牦牛HSF1基因CNV标记的检测方法与应 用 (57)摘要 本发明属于分子生物学检测技术领域， 具体 涉及一种牦 牛HSF1基因CNV标记的检测方法及其 应用。 本发 明提供了一种与牦牛生长性状相关的 CNV标记： 位于牦牛HSF1基因候选区域Chr  15： 80601963‑80623735； 并提供了检测CNV标记的方 法： 以牦牛的基因组DNA为模板， 以引物对P1和P2 分别通过QPCR扩增HSF 1基因的CNV区域以及内参 基因， 定量牦牛HSF1基因的拷贝数变异， 所述方 法准确可靠、 操作简便； 本发明可在DNA水平上检 测与牦牛生产性状密切相关的CNV标记， 用于牦 牛的早期选 育。 权利要求书1页 说明书6页 附图2页 CN 114686602 A 2022.07.01 CN 114686602 A 1.一种牦牛HSF1基因CNV标记， 其特征在于， 所述CNV标记为位于牦牛HSF1基因候选区 域Chr 15： 80601963‑80623735。 2.检测权利要求1所述CNV标记的试剂在检测牦牛生长性状中的应用。 3.检测权利要求1所述CNV标记的试剂在牦牛早期育种中的应用。 4.如权利 要求2或3所述的应用， 其特征在于， 根据2 ×2‑ΔΔCt法定量结果， 将所述拷贝数 变异分为三类： 2 ×2‑ΔΔCt≥2时， 为插入型； 2 ×2‑ΔΔCt<1时， 为缺失型； 1≤2 ×2‑ΔΔCt<2为正常 型； 所述正常型和缺失型的牦牛生长性状优于插 入型。 5.如权利 要求4所述的应用， 其特征在于， 所述试剂包括目标基因HSF1引物对P1和参照 基因引物对P2； 所述目标基因引物对P1为： 上游引物F1： TC CGGAGGTGGTCCACAT； 下游引物R 1： GAACTCGGTGTCATC CCTCTCT； 所述参照基因引物对P2为： 上游引物F2： AT TGCCGATGGTGATGAC； 下游引物R2： ACG GAGCGTGGCTACAG。 6.一种用于牦牛HSF1基因CNV标记检测的引物对， 其特征在于， 所述引物对包括目标基 因引物对P1和参照基因引物对P2； 所述目标基因引物对P1为： 上游引物F1： TC CGGAGGTGGTCCACAT； 下游引物R 1： GAACTCGGTGTCATC CCTCTCT； 所述参照基因引物对P2为： 上游引物F2： AT TGCCGATGGTGATGAC； 下游引物R2： ACG GAGCGTGGCTACAG。 7.用于QPCR检测权利要求1所述CNV标记的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒含有权利 要求5所述的引物对。 8.一种牦牛HSF1基因CNV标记的检测方法， 其特 征在于， 所述方法包括以下步骤： 以牦牛的基因组DNA为模板， 通过QPCR分别利用权利要求6所述的引物扩增牦牛HSF1基 因的CNV区域和参照基因β ‑actin； 根据2×2‑ΔΔCt法定量结果， 将所述拷贝数变异分为三类： 2 ×2‑ΔΔCt≥2时， 为插入型； 2 ×2‑ΔΔCt<1时， 为缺失型； 1≤2 ×2‑ΔΔCt<2为正常型； 所述正常型和缺失型的牦牛生长性状优 于插入型。 9.如权利要求8所述的检测方法， 其特征在于， 所述QPCR扩增体系包括： 50ng/μL模板 DNA 1μL， 10pM的引物对P1或引物对P2所对应的上、 下游引物各1μL， SYBR  Premix Ex Taq  II 10 μL以及d dH2O 7 μL。 10.如权利要求8所述的检测方法， 其特 征在于， 所述 QPCR所用的反应程序为： (1)预变性： 95℃， 3 0s； (2)扩增反应： 95℃变性3 0s， 58℃退火3 0s， 45个循环。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114686602 A 2一种牦牛HSF1基因CNV标记的检测方 法与应用 技术领域 [0001]本发明属于分子生物学检测技术领域， 具体涉及一种牦牛HSF1基因CNV标记的检 测方法及其应用。 背景技术 [0002]分子育种是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择， 对畜禽的综合性 状进行品种改良。 在畜禽育种中， 通过对生长性状密切相关， 并且与数量性状紧密关联的 DNA标记的选择， 达到早期 选种和提高育种值准确性的目的， 从而在畜禽育种中获得更大的 遗传进展。 [0003]拷贝数变异(Copy  Number Variations， CNVs)， 作为一种新发现的基因组亚显微 水平结构 变异类型， 是指 基因组DNA中较大片段的缺 失或重复现象， 涉及的片段大小在50b p 到数Mb之间， 包括拷贝数增 加(Copy number gain)和拷贝数减少(Copy  number loss)。 [0004]CNV常用的检测 方法主要分为在全基因组范围内检测 未知CNV和用于定点检测或 验证已知CNV两类。 基因组未知CNV常用的检测方法有芯片法和测序法， 但是这两种方法受 检测平台的局限， 而且价格昂贵。 对于已确定的CNV的检测， 通常是采用基于P CR技术和杂交 技术的一些 方法。 其中， 实时荧 光定量PCR(QPCR)最 为常用。 [0005]热休克转录因子1(heat  shock factor 1， HSF1)是一种调节应激反应的转录调控 因子， 通过结合下游靶基因启动子区存在的HSE， 促进下游基因转录， 调控蛋白表达。 HSF1能 够调节热休克蛋白基因的诱导表达并发挥重要的作用， 通过对HSF1的结构和功能的研究, 进而控制热应激反应,使人类和动物表现最佳的生理机能,以及使人类和动物在高温环境 下保持正常的生理状态和健康体能,具有重要的理论意义和实际应用价值， 但HSF1与牦牛 生长性状的相关性研究未将 报道。 [0006]基于此， 本 发明提供了一种牦牛HSF1基因CNV标记， 并提供了一种方便、 准确、 大样 本量的检测牦牛HSF1 ‑CNV的检测方法， 为牦牛的生长性状的早期选 育提供了基础。 发明内容 [0007]针对现有技术存在的问题， 本 发明提供了一种与牦牛生长性状相关的CNV标记、 检 测方法及其应用， 尤其涉及一种基于QP CR技术检测牦牛HSF1基因CNV标记的方法及其应用。 具体包括以下内容： [0008]第一方面， 本发明提供了一种牦牛生长性状相关的CNV标记， 所述CNV标记为位于 牦牛HSF1基因候选区域C hr 15： 80601963‑80623735。 [0009]优选地， 根据2 ×2‑ΔΔCt法定量结果， 将所述拷贝数变异分为三类： 2 ×2‑ΔΔCt≥2时， 为插入型； 2 ×2‑ΔΔCt<1时， 为缺失型； 1≤2 ×2‑ΔΔCt<2为正常型； 所述正 常型和缺失型的牦牛 生长性状优于插 入型。 [0010]第二方面， 本发明提供了一种检测上述第一方面所述CNV标记的试剂在检测牦牛 生长性状中的应用。说　明　书 1/6 页 3 CN 114686602 A 3